Y-хромосома.

[Cirill]

как они могли не сохраниться??
это ведь не аутосомы, которые могут размываться последующими скрещеваниями, это "чистые" линии, изменчивость, которых определяется только их внутренними процессами

Генетический дрейф.
А аутосомные кусочки сохранились, потому что кодировали некоторые полезные признаки и облегчали тем самым своим носителям выживание.

т.е. хотите сказать, что современными методами невозможно отличить мтДНК и У-линии сапиенсов и неандеров 40тыс лет назад и после??
т.е. вся история дивергенции (порядка 1 млн. лет ) не привела к сколь-нибудь существенным изменениям, которые бы не были помножены на ноль за несколько десятков тысячелетий??

[Cirill]

Cirill, у человека все хромосомы существуют парами - две первых, две вторых, и т.д. В паре одна из хромосом получена от отца, одна от матери, и обе они рабочие. Слегка отличается ситуация с половыми хромосомами. У мужчины в паре одна из половых хромосом - Y (получена от отца), одна - X (получена от матери), обе они рабочие. У женщины в паре две X - хромосомы (от отца и от матери), но в каждой клетке "работает" лишь одна X-хромосома, выбранная случайным образом.
Y и мито линии неандертальцев могли не сохраниться, например, при таком варианте - у папы-неандертальца и мамы - кроманьонки родилась дочка. Мито получена от мамы, Y нет. Но скорее тут, как верно заметил Mukovnikov, поработал генетический дрейф.
Судя по всему, большинство полученных от неандертальцев генов оказались плохо совместимыми с нашими, поэтому против них действовал отбор и они "вымылись". Сохранились лишь отдельные полезные участки.

не приводит ли это к тому, что экспрессия генов может отличаться в организме от клетки к клетке, раз в каждой клетке работает случайно выбранная Х - хромосома?

можно ли утверждать в свете приведенной вами информации, что Х полностью бесполезна в плане генетических реконструкций???, ведь можно определить ее происхождение (от отца или матери и далее к другим поколениям)

Самое главное: поскольку в диплоидных клетках по 2 неодинаковые хромосомы одного типа, то должна существовать какая-то выборочная система их считывания, для того, чтобы ребенок имел смешанные черты родителей,

получается, что тот информационный балласт объемом эквивалентным 1 хромосоме все таки существует, хотя и в рассредоточенном виде

[Farroukh]

современными методами невозможно отличить мтДНК и У-линии сапиенсов и неандеров 40тыс лет назад и после??

Ещё как можно было бы. Только прямых линий неандертальцев и денисовцев не сохранилось у современных людей. Есть лишь их фон.

[Valery]

На самом деле у Cirill'а вполне логичное рассуждение - если кросс происходит после встречи родительских хромосом, то почему тогда всего одна версия генома? )) В том и дело что не после а до.

получается кросс, это такой предварительный процесс перемешивания, т.е. у носителя две различные хромосомы одного типа, кросс перемешивает их, потом отделяется одна из версий (именно на этом этапе) и сливается в пару с хромосомой супруга-супруги. так??

но тогда остаются непонятные такие моменты: на фотографиях хромосомы в парах весьма не похожи, не может ли быть, что перемешивание участков опасно или этот кросс как-то сбалансирован, с тем чтобы избегать таких ситуаций??

получается, что отцовская и материнская "сосиски" просто стыкуются в районе центромеры
процесс представлялся более сложным, в плане какого-то активного смешения отцовского-материнского генома,

или все определяется спецификой считывания хромосомной пары??
 т.е. считываются они обе, но каждая фрагментарно, но тогда все равно остается тот балласт - половина

точки рекомбинации выбираются случайно из множества наиболее вероятных (т.н. хотспотов рекомбинации). Вопрос о безопасности, точнее "эффективности" такого обмена в общем случае не решается никак, ну для конкретных цепочек рядом лежащих генов разбиваемых рекомбинацией можно иногда говорить о том что гаплотип такой-то проявляет себя иначе чем другой (рекомбинантный) гаплотип, но это частные особенности.

[smal]

не приводит ли это к тому, что экспрессия генов может отличаться в организме от клетки к клетке, раз в каждой клетке работает случайно выбранная Х - хромосома?

Естественно экспрессия отличается, иначе все клетки были бы идентичны, не было бы ни тканей ни органов.

можно ли утверждать в свете приведенной вами информации, что Х полностью бесполезна в плане генетических реконструкций???, ведь можно определить ее происхождение (от отца или матери и далее к другим поколениям)

Все хромосомы полезны для генеалогии.

Самое главное: поскольку в диплоидных клетках по 2 неодинаковые хромосомы одного типа, то должна существовать какая-то выборочная система их считывания, для того, чтобы ребенок имел смешанные черты родителей,

Вы даже не представляете, насколько многоуровнева и сложна регуляция экспрессии, но почему вы считаете, что должна экспрессироваться только одна копия. Они обе прекрасно экспрессируются.

получается, что тот информационный балласт объемом эквивалентным 1 хромосоме все таки существует, хотя и в рассредоточенном виде

Никаких балластов нет, почитайте учебник.

[Cirill]

Никаких балластов нет, почитайте учебник.

какой учебник?? мне уже рекомендовали "Гены" Льюина, но ничего вразумительного там не обнаружил

[Farroukh]

Кирилл, ознакомьтесь с этой книгой:
https://dl.dropboxusercontent.com/u/18527863/DNA/Interpreting-Genetic-Genealogy-Results-Russian-translation.docx

[Ян Янов]

Хотелось бы приобрести понимание некоторых фундаментальных моментов.
Хромосома, как носитель информации представляет, из себя непрерывную цепочку нуклеотидов. Последовательное расположение разных нуклеотидов в различном сочетании и определяет конкретность информации. Надеюсь это так? Хотя может быть есть нюансы?
Если это цепочка, то в связи с этим следующие вопросы: (Для конкретики речь идёт только об Y - хромосоме)
1.   Число звеньев в цепи. Может ли оно увеличиваться или уменьшаться?
2.   Линейность информации. Есть ли в этой линии условное начало и условный конец? Информация записывается от конца с более старой информации к более новой и можно определять по расположению на линии возраст записи?
Наследственное и индивидуальное. Для начальной точки координат возьмём генетического Адама. Информация Y – хромосомы Адама представляет из себя следующее: Прошлый код мутаций его предков, включая шимпанзе, горилл, и других живых существ участвовавших в его рождении и его индивидуальный код который определяет его генетическое отличие от прародителей. Надеюсь это так?
Каким образом информация хранится на носителе:
1.   Наследуемая часть информации полностью без изменений перекопировалась в Y – хромосому  Адама.
2.   Индивидуальная часть Адама привела к увеличению числа звеньев в Y - хромосоме.
3.   Индивидуальная часть Адама записалась на свободное место в Y – хромосоме, в которой ещё осталось свободное пространство для последующих записей, для каждого из потомков. Есть ли вообще так называемое свободное от записи пространство.
3.1.   Индивидуальная часть Адама встроилась в существующую запись, затерев только ту часть, в которую ей пришлось записаться.
3.2.   Индивидуальная часть Адама полностью изменила всё оставшееся место после старой наследуемой части.
Сыновья Адама перекопируют в свои  Y – хромосомы полный код отца и уже добавят свой каждый из сыновей индивидуальный код или их индивидуальность не постоянна и уже дети детей Адама перезапишут коды отцов на свои оставив лишь постоянный код дедушки, пока не произойдёт постоянная мутация?

Очень хотелось бы услышать ответы. Заранее спасибо.

[Srkz]

Вы себе представляете хромосому в виде флэшки в фотоаппарате - есть свободное место под запись, можно заполнить его своей информацией - фотографиями. Потом, когда место заканчивается, для добавления новых фотографий нужно стереть что-то из старых, или скопировать их на другую, побольше.
Никакая информация на хромосому не записывается, она там уже есть. Нет "пустых" хромосом, подготовленных под запись (собственно, и флэшка на самом деле вовсе не пуста, но это уже другой вопрос). Ребенку от отца передается копия Y-хромосомы от одной из его клеток. При копировании происходят сбои, и новая копия чуть отличается от старой. С разных точек зрения, эти отличия могут являться информацией, могут не являться (допустим, какая-то мутация значима для генеалогии, но никак не влияет на организм носителя).

[Ян Янов]

Вы знаете информация есть информацией, как она хранится или передаётся, это всё условные моменты. Ну конечно не как на флешке. Я и спрашиваю про нуклеотиды. Может быть есть последовательность которых, не несут ни какую информацию и являются как бы условно пустым пространством. Как это на самом деле, вот я и пытаюсь выяснить. Ну объясните тогда с точки зрения информационной механики как это устроено в хроматиде,  её же как то получают анализируют, информация имеет размер, количество, если хроматида конечна в своих звеньях то всё может рано или поздно уже не умещаться например.)))

[Srkz]

Если в рамках вашей системы, то более правильный вариант вот этот:

3.1.   Индивидуальная часть Адама встроилась в существующую запись, затерев только ту часть, в которую ей пришлось записаться.

[Ян Янов]

Если в рамках вашей системы, то более правильный вариант вот этот:

3.1.   Индивидуальная часть Адама встроилась в существующую запись, затерев только ту часть, в которую ей пришлось записаться.

Вот спасибо уже кое что.)))
А как с индивидуальностью?
1. Индивидуальность сына Адама проявится в Y - хромосоме уже у сына Адама и закрепится на всегда и перейдёт к сыну сына Адама.
2. В Y- хромосоме не проявится у сына Адама.
3. Индивидуальность сына Адама проявится в  Y- хромосоме, но будет не постоянна и её заместит сын сына Адама.
4.Что означает необратимая мутация через 500 поколений?
5. Может, всё же хроматида менять свой размер, если да то есть ли пределы таких изменений. (Разумеется речь идёт о не поталогических случаях)
Пасибо.

[Ян Янов]

Ну хорошо, перейдём на уровень механизма.
Поправьте меня, если я где то не точен в рассуждениях.
1.   В Y – хромосоме 58 милн нуклеотидов. По статистике у каждого живущего мужчины может произойти одна мутация за период его жизни в одном из 58 мил нуклеотидов. Но может и несколько и может не одной не произойти.
2.   Изменение или мутация считается условно постоянной, для последующих поколений так как по статистике снаряд дважды не попадает в один нуклеотид и мутации следующих поколений происходят в других местах из 58 мил возможных вариантов.
Вопросы:
1. Мутация вещь индивидуальная для каждой клетки. Y – хромосома передаётся только половой клеткой. Возможна ли ситуация когда Y – хромосома клеток слюны, которые возьмут для анализа, не совпадать с Y – хромосомой половой клетки, которая передаст свой код потомку?
2. Новорождённый от отца получает абсолютно идентичную Y – хромосому отца. И только в процессе своей жизни может приобрести индивидуальную мутацию?
3. Могут ли всё же существовать мужчины индивидуальная мутация которых изменила постоянную родовую мутацию? И есть ли такие выявленные?
4. Могут ли существовать потомки от одного отца с разной Y – хромосомой, если первый родился до мутации у отца, а второй после индивидуальной мутации отца?
5. Какая мутация произошла раньше, а значит принадлежит более древнему, можно только получив Y – хромосому древнего и оценить его возраст другими методами?

[smal]

...одна мутация за период его жизни...

Как то вы странно рассуждаете, во время жизни человека мутации возникают в отдельных его клетках (в любых), а не у всего человека как целого.

[Ян Янов]

...одна мутация за период его жизни...

Как то вы странно рассуждаете, во время жизни человека мутации возникают в отдельных его клетках (в любых), а не у всего человека как целого.

А разве это не так? Это же вроде бы такой защитный механизм даже. Наши внешние боевые клетки мутируют, каждая в отдельности и только очень навязчивая мутация может перейти в половую клетку. Не все же облучённые получают необратимые изменения и в передаваемые гены.
И наоборот если у вас после облучения нет видимых изменений, то это не гарантия того, что не пострадал ваш генетический материал который вы передадите. В каждой клетке своё ядро, свои хромосомы, который индивидуально чему то подвергаются. Рак например не все же клетки сразу поражает.