Автор публикации [Урасин В., 2008] рассчитал относительные скорости (относительные частоты) мутаций маркеров гаплотипов Y-хромосомы по массивам ДНК-данных. Как я понял, для расчета использованы только уникальные гаплотипы. Так ли это? Если это так, то метод вполне корректный. Но, тем не менее, интересно сравнить полученные данные со скоростями мутаций маркеров, оцененных по парам отец-сын [Sánchez-Diz P., 2008].

Первый столбец – маркеры; второй – количество маркеров при оценке скорости мутаций; третий – скорость мутаций (х 10-3) [Sánchez-Diz P., 2008]; четвертый – частоты (относительные скорости) по [Урасин В., 2008].

DYS19_9658_2.381_0.0144
DYS389 I_7862_1.781_0.0133
DYS389 II_7849_2.803_0.0274
DYS390_9140_2.298_0.0162
DYS391_9089_3.081_0.0113
DYS392_9053_0.552_0.0049
DYS393_7842_0.893_0.0095
DYS437_4672_1.498_0.0056
DYS438_4709_0.425_0.0053
DYS439_4686_5.762_0.0196
DYS448_1258_1.590_0.0104
DYS456_1258_4.769_0.0259
DYS458_1258_6.359_0.032
GATA H4.1_2294_2.180_0.0145

Уважаемые господа! Я не смогу грамотно выполнить это сопоставление. Может, кто-то его сделает для общей пользы. Может быть ув. В. Урасин сделает?
Спасибо.

Урасин В. Веса, или относительные скорости мутаций маркеров. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии. Том 1, № 2 2008 июль. Michael Temosh's Storefront. http://stores.lulu.com/temosh

Sánchez-Diz P., Alves C., Carvalho E., Carvalho M., Espinheira R., García O., Pinheiro M.F., Pontes L., Porto M.J., Santapa O., Silva C., Sumita D., Valente S., Whittle M., Yurrebaso I., Carracedo A.,  Amorim A., Gusmão L. Population and segregation data on 17 Y-STRs: results of a GEP-ISFG collaborative study. Int J Legal Med (2008) 122:529–533. http://www.gep-isfg.org/documentos/sanchez-diz%20et%20al%202008_y-mutations.pdf  GEP-ISFG. http://www.gep-isfg.org/

Составлять -сопоставляйте сами.
Могу, исключительно, представить (чтобы нагнать страху) дерево гаплогруппы N1 без учёта  этих весов.
С учетом весов Урасина, дерево  выложено в соответствующей ветке.

Составлять -сопоставляйте сами.
Могу, исключительно, представить (чтобы нагнать страху) дерево гаплогруппы N1 без учёта  этих весов.
С учетом весов Урасина, дерево  выложено в соответствующей ветке.

Меня пока не интересует прикладной аспект этой проблемы. Я знакомлюсь со способами оценок скорости мутаций. А то, что веса маркеров по В. Урасину повышают степень корректности построения деревьев, это продемонстрировано в его статье. Да и Вам я верю на слово.

Конечно, сопоствлю. Но у меня коряво получится. А хотелось бы увидеть грамотное сопоставление. Данные В. Урасина этого заслуживают.

Цитата: mouglley от 28 Сентября 2009, 18:41:20

Составлять -сопоставляйте сами.
Могу, исключительно, представить (чтобы нагнать страху) дерево гаплогруппы N1 без учёта  этих весов.
С учетом весов Урасина, дерево  выложено в соответствующей ветке.

Меня пока не интересует прикладной аспект этой проблемы. Я знакомлюсь со способами оценок скорости мутаций. А то, что веса маркеров по В. Урасину повышают степень корректности построения деревьев, это продемонстрировано в его статье. Да и Вам я верю на слово.

Конечно, сопоствлю. Но у меня коряво получится. А хотелось бы увидеть грамотное сопоставление. Данные В. Урасина этого заслуживают.

Chào buổi sáng,Việt Nam! 

АнТюр, на глазок видно, что они на столько различны, что и сравнивать невозможно
Когда буду снова возвращаться к теме скоростей, то изучу и эту статью [Sánchez-Diz P., 2008]. Но я все делаю медленно   

АнТюр, на глазок видно, что они на столько различны, что и сравнивать невозможно
Когда буду снова возвращаться к теме скоростей, то изучу и эту статью [Sánchez-Diz P., 2008]. Но я все делаю медленно  

Ладно. Сегодня вечером сам посмотрю корреляцию двух массивов в Exel. Но на глаз корреляция видна. Честно говоря меня интересует другое. При расчете частот взяты только уникальные гаплотипы. Но часть одинаковых гаплотипов восходит к общему "промежуточному" предку, то есть к 1 мутации. Другая часть - к разным, но однотипным мутациям маркеров. Последние из расчета исключены. Конечно, это не вполне корректно, но понятно, что такое "усекновение" малосущественно для рвсчета взаимных частот мутаций. Так вот, я не пойму последствия исключения из выборки, принятой для расчета, однотипных мутаций.  Эта процедура линейно действует на разные частоты (большие и маленькие) или нелинейно.

Цитата: wertner от 29 Сентября 2009, 00:40:09

АнТюр, на глазок видно, что они на столько различны, что и сравнивать невозможно
Когда буду снова возвращаться к теме скоростей, то изучу и эту статью [Sánchez-Diz P., 2008]. Но я все делаю медленно   

Ладно. Сегодня вечером сам посмотрю корреляцию двух массивов в Exel. Но на глаз корреляция видна. Честно говоря меня интересует другое. При расчете частот взяты только уникальные гаплотипы. Но часть одинаковых гаплотипов восходит к общему "промежуточному" предку, то есть к 1 мутации. Другая часть - к разным, но однотипным мутациям маркеров. Последние из расчета исключены. Конечно, это не вполне корректно, но понятно, что такое "усекновение" малосущественно для рвсчета взаимных частот мутаций. Так вот, я не пойму последствия исключения из выборки, принятой для расчета, однотипных мутаций.  Эта процедура линейно действует на разные частоты (большие и маленькие) или нелинейно.

Bạn không hiểu người Việt Nam?

Что-то вьетнамское?

АнТюр, расчеты проводились по 67-маркерным гаплотипам. И отбор только уникальных гаплотипов несущественно влияет на расчет относительных скоростей (это близко к выбору для научных выборок людей, не являющимися родственниками в третьем поколении).

Там есть гораздо большая ошибка: учет всех сторон квадратов в сети. Хотя надо учитывать только 3 стороны.
Поэтому я планирую со временем посчитать относительные скорости по деревьям, а не по сетям.

Bạn không hiểu người Việt Nam?

И тоже не понял, что сие означает, а ведь тема-то важная

Цитата: Vadim Verenich от 29 Сентября 2009, 08:08:56

Bạn không hiểu người Việt Nam?

И тоже не понял, что сие означает, а ведь тема-то важная

Это означает детскую обиду. Что здесь непонятного?

Означает сие вот что:

Тюрин Анатолий Матвеевич (г. Вунгтау, Вьетнам), кандидат геолого-минералогических наук, изобретатель Республики Узбекистан.

Из уважения к творчеству автора хотел обсудить с ним вопрос сабжа на родном (sic!) для него языке. В узбекском, -увы мне- несилен .

Тюрин Анатолий Матвеевич (г. Вунгтау, Вьетнам), кандидат геолого-минералогических наук, изобретатель Республики Узбекистан

Надо же, а я и не знал, что Узбекистан изобрёл г-н Тюрин, думал - хан Узбек.
 
А оно вона как... Респект.

Надо же, а я и не знал, что Узбекистан изобрёл г-н Тюрин, думал - хан Узбек.
 
А оно вона как... Респект.

 

Я тут тему зафлудил. Извиняюсь перед уважаемым wertnerом.

Автор публикации рассчитал относительные скорости (относительные частоты) мутаций маркеров гаплотипов Y-хромосомы по массивам ДНК-данных. Как я понял, для расчета использованы только уникальные гаплотипы. Так ли это? Если это так, то метод вполне корректный. Но, тем не менее, интересно сравнить полученные данные со скоростями мутаций маркеров, оцененных по парам отец-сын [Sánchez-Diz P., 2008].

Первый столбец – маркеры; второй – количество маркеров при оценке скорости мутаций; третий – скорость мутаций (х 10-3) [Sánchez-Diz P., 2008]; четвертый – частоты (относительные скорости) по [Урасин В., 2008].

DYS19_9658_2.381_0.0144
DYS389 I_7862_1.781_0.0133
DYS389 II_7849_2.803_0.0274
DYS390_9140_2.298_0.0162
DYS391_9089_3.081_0.0113
DYS392_9053_0.552_0.0049
DYS393_7842_0.893_0.0095
DYS437_4672_1.498_0.0056
DYS438_4709_0.425_0.0053
DYS439_4686_5.762_0.0196
DYS448_1258_1.590_0.0104
DYS456_1258_4.769_0.0259
DYS458_1258_6.359_0.032
GATA H4.1_2294_2.180_0.0145

Уважаемые господа! Я не смогу грамотно выполнить это сопоставление. Может, кто-то его сделает для общей пользы. Может быть ув. В. Урасин сделает?
Спасибо.

Урасин В. Веса, или относительные скорости мутаций маркеров. Вестник Российской Академии ДНК-генеалогии. Том 1, № 2 2008 июль. Michael Temosh's Storefront. http://stores.lulu.com/temosh

Sánchez-Diz P., Alves C., Carvalho E., Carvalho M., Espinheira R., García O., Pinheiro M.F., Pontes L., Porto M.J., Santapa O., Silva C., Sumita D., Valente S., Whittle M., Yurrebaso I., Carracedo A.,  Amorim A., Gusmão L. Population and segregation data on 17 Y-STRs: results of a GEP-ISFG collaborative study. Int J Legal Med (2008) 122:529–533. http://www.gep-isfg.org/documentos/sanchez-diz%20et%20al%202008_y-mutations.pdf  GEP-ISFG. http://www.gep-isfg.org/

Визуально посмотрел корреляцию оценок скоростей мутаций маркеров гаплотипов из [Урасин В., 2008] и [Sánchez-Diz P., 2008]. Корреляция (на графике точек) в целом хорошая. Выскочили (в разные стороны) маркеры DYS389 II и DYS439. Остальные 12 точек «сидят» около  аппроксимирующей прямой. Ее наклон (если уровнять «ширину» разбросов) примерно 45 градусов. Но оценки скоростей [Урасин В., 2008] системно смещены на +0,005. Причем, это смещение выделяется довольно надежно.

Я подправляю ув. В. Урасина!
Метод оценки относительных скоростей мутаций работает. Дает хорошие результаты. По крайней мере, точность вполне приемлемая для кардинального улучшения формального алгоритма построения деревьев.
Наверно, имеет смысл эталонировать относительные скорости мутаций на скорости, полученные по парам отец-сын (по большим выборкам).