Что до сути сообщения, то сдаётся мне, что цепочка снипов по значимости сильно перевешивает любое филогенетическое построение.
Хотя бы потому, что цепочка она одна (пусть даже и с поправками на гомоплазию), а вариантов построений - бесконечное множество.