АвторТема: Что еще я могу сделать с моими результатами ДНК-тестирования? Коллекция ссылок  (Прочитано 9684 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
отсюда: http://www.thegeneticgenealogist.com/2013/09/22/what-else-can-i-do-with-my-dna-test-results/
http://www.thegeneticgenealogist.com/

Apps, Extensions, Programs, and Websites:

23++
(http://23pp.david-web.co.uk/about/) (FREE) – An extension for the Google Chrome web browser that adds additional functionality to the 23andMe website. The extension especially adds a number of features to Relative Finder.

529andYou (http://goo.gl/FQSiwW) (FREE) – An extension for the Google Chrome web browser that works with 23andMe’s Family Inheritance: Advanced tool (found under Ancestry Labs or, in the new beta website design, under My Results, Ancestry Tools) to collect information about DNA matches.  The information, which includes shared segment data, is stored in a local database on your computer.

David Pike’s Utilities (http://www.math.mun.ca/~dapike/FF23utils) (FREE) – A comprehesive suite of tools for analyzing raw data, including searching for Runs of Homozygosity (ROHs), searching for shared DNA in two files, and several advanced phasing tools.

DNAGedcom (http://www.dnagedcom.com) (FREE) – A suite of tools for 23andMe and Family Tree DNA customers.  Users can download their matches, shared segments, and other data into a handy spreadsheet for further analysis.

DNAMatch4iPad (http://www.dnamatch4ipad.com) ($) – A app for the iPad that is an “alternative to the use of conventional spreadsheets for the processing of autosomal DNA data.” Users download their match data from one of the testing companies in the form of a .CSV file and upload it to DNAMatch4iPad.

GEDmatch (http://gedmatch.com/) (FREE) – A powerful suite of tools for 23andMe, AncestryDNA, and Family Tree DNA raw data.  Users can compare their DNA to everyone else in the database or to a specific individual in the database, or perform numerous admixture analyses, phase their DNA, and much more.

Genes & Us (http://www.genesand.us)  (FREE) – A website for 23andMe users to “combine their genomes in order to better understand what disease risks most affect their family.”  For example, a mother and father can link their 23andMe accounts to the site and determine the possible combinations for their children’s DNA.  Appears to work with 23andMe’s new API offering.

Genetic Genealogy Tools (http://www.y-str.org) (FREE) – An impressive and ever-growing list of advanced tools for analyzing raw data, including an X-DNA Relationship Path Finder, Ancestral Cousin Marriages, Autosomal Segment Analyzer, a DNA Cleaner, a SNP Extractor, My-Health, and many more!  A terrific resource from Felix Jeyareuben Chandrakumar, an Australian software professional.

Genetic Genie (http://geneticgenie.org/) (FREE) – A tool that analyzes your 23andMe results to perform a methylation gene analysis (“Methylation Analysis”).  The site also provides a tool for a “Detox Profile” which looks for defects in the Cytochrome P450 detox enzymes.  The site uses the 23andme API, so users can link their 23andMe account to the service.

Genetrainer (https://www.genetrainer.com/) ($) – Users of 23andMe and Family Tree DNA can link their results to the Genetrainer service, which will then provide you with training plans and exercises personalized to the user.

HIR Search (http://hirs.snpology.com) (FREE) – Once your raw data is entered in the database, you can find HIRs (half-identical regions) that you share with others in the database.

Imputation Tools (http://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/impute_v2.html) and (http://faculty.washington.edu/browning/beagle/b4.html) (FREE) – Sometimes you find a SNP in the literature that isn’t tested by any of the big testing companies.  Imputation allows you to determine the most probable genotype for that SNP based on the surrounding SNPs and a database of known sequencing results (such as the 1000 Genomes data).  IMPUTE2, for example, is a computer program for phasing observed genotypes and imputing missing genotypes.  See more about IMPUTE2 here, including a link to a script to convert your 23andMe raw data to a useable form.  BEAGLE4 is similarly performs genotype calling, genotype phasing, imputation of ungenotyped markers, and identity-by-descent segment detection.  Learn how to use BEAGLE4 here.

Interpretome (http://esquilax.stanford.edu/) (FREE) – A collection of tools for analyzing 23andMe raw data using only a web browser (i.e., raw data is not uploaded).  The tools include an admixture analysis, health information, and a Neanderthal calculator.

Minor Allele Program (http://www.ianlogan.co.uk/23andme/23andMe_index2.htm) (FREE) – A tool to identify rare SNPs in your 23andMe or Family Tree DNA raw data.  My own results are available here.

mtDNA Haplogroup Analysis (http://dna.jameslick.com/mthap/) (FREE) – A terrific tool for predicting your maternal haplogroup using a variety of formats, including 23andMe raw data.

NAT2PRED (http://nat2pred.rit.albany.edu) (FREE) – a tool for inferring human N-acetyltransferase-2 (NAT2) enzymatic phenotype from NAT2 genotype.  In other words, a tool for predicting the function of your NAT2 enzyme (either slow, rapid, or intermediate) based on your DNA.  The NAT2 enzyme is involved in activating and deactivating arylamine and hydrazine drugs and carcinogens, among other things.

Promethease (https://promethease.com/ondemand) ($5) – Analyze your 23andMe, Family Tree DNA, or AncestryDNA raw data and build a report based on SNPedia. Reports contain information about health and ancestry as well as several other new options.  A sample report is here.

Segment Mapper (http://kittymunson.com/dna/SegmentMapper.php) (FREE) – A tool to show specific DNA segments in a graphic chromosome-style chart.  This is a clever and powerful “mapping” tool.  Learn more about the tool here.

SNPTips (http://snptips.5amsolutions.com/) (FREE) – A Firefox browser extension that allows 23andMe customers to access their SNP genotype information without logging into their 23andMe account or leave the webpage they are browsing.  Users can simply hover their mouse cursor over a SNP RSID on a webpage and, if that was tested by 23andMe, the SNPTips extension will provide a popup with the user’s genotype and some relevant links.

SPA (http://genetics.cs.ucla.edu/spa/index.html) (FREE) – Spatial Ancestry analysis (SPA) is a method for predicting ancestry or where an individual is from using the individual’s DNA. 23andMe users can download the software and analyze their results with this admixture tool.

The 23andMe Gene App at Livewello (https://livewello.com/23andme) ($19.95) – a Variance Report Software analyzes 23andMe Raw Data are reports on 300 SNPs for things like “Methylation Detox, Immune Factors, IgE, IgG disorders and much more.”  Livewello is a Social Health Management Platform with customized App.


http://www.thegeneticgenealogist.com/wp-content/uploads/InterpretingTheResultsofGeneticGenealogyTests.PDF

____________________________________

http://www.eupedia.com/genetics/genetic_diseases.shtml

EUPEDIA

Genes and mutations causing genetic diseases

Можно самим в Raw data в 23andme проштудировать свои результаты по каждому SNP.
« Последнее редактирование: 15 Март 2015, 19:33:33 от митохондрия »

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Предлагаю в данном топе делиться полезными ссылками и отзывами на них.

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Tools for Everyone

GEDmatch
http://gedmatch.com/

Family Inheritance
Publicly Available App to Locate DNA Cousins

Y-Chromosome Genome Comparison
http://daver.info/ysub/

Doug McDonald's BGA
(Email contact only, search 23andMe forums for details.)

Promethease
http://snpedia.com/index.php/Promethease

HIR Search
http://hirs.snpology.com/

David Pike's DNA Comparison Utilities
http://www.math.mun.ca/~dapike/FF23utils/

mtDNA Haplogroup Analysis
http://vps1.jameslick.com/dna/mthap/

myKaryoView
http://mykaryoview.com

Enlis Genomics
http://www.enlis.com/personal_edition.html

My Cousins Cousins
https://spreadsheets.google.com/ccc?key=tnlsK8gCB00SiRrdY05JB5w

Genomera
http://www.genomera.com

Interpretome
http://esquilax.stanford.edu/


Special Interest Tools

Mennonite DNA (Mennonite/Amish/Brethren ancestry required)
http://kquilting.homeserver.com/23andme/index.html

Dodecad (All four grandparents must be from the same European, Asian, or North African ethnic group or country.)
http://dodecad.blogspot.com/

African Ancestry Project (At least 5% African ancestry required)
http://africanancestryproject.org/

Harappa Ancestry Project (South Asian Ancestry required)
http://www.zackvision.com/harappa/

Eurogenes 500K SNP BioGeographicAncestry Project
http://www.bga101.blogspot.com/

Fennoscandia biographic project (All grandparents must be born in Norway, Sweden or Finland)
http://archiver.rootsweb.ancestry.com/th/read/GENEALOGY-DNA/2010-10/1286348059

Hawkins DNA project (All males with the Hawkins surname)
http://freepages.genealogy.rootsweb.ancestry.com/~hawkinsdnaproject/

Browser Tools

SNPTips Firefox Extension
 
23++ Chrome Extension (Requires the Google Chrome Browser)

Ancestry.com / FamilySearch.org Chrome Extension (Requires the Google Chrome Browser)

Mobile Apps

DIYgenomics
http://www.diygenomics.org/index.php


отсюда:
http://www.23andyou.com/3rdparty

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
https://opensnp.org/

openSNP allows customers of direct-to-customer genetic tests to publish their test results, find others with similar genetic variations, learn more about their results, get the latest primary literature on their variations and help scientists find new associations.

Upload the raw genotyping or exome data you got from 23andMe, deCODEme or FamilyTreeDNA to the database of openSNP to make it available for everybody.

Phenotypes are the observable characteristics of your body, such as height, eye color or preference for coffee. Share as many phenotypes, characteristics and traits with other openSNP users and find others with similar characteristics.
Maybe you will help scientists discover new genetic associations!

Phenotypes are the observable characteristics of your body, such as height, eye color or preference for coffee. Share as many phenotypes, characteristics and traits with other openSNP users and find others with similar characteristics.
Maybe you will help scientists discover new genetic associations!
« Последнее редактирование: 24 Апрель 2014, 12:23:30 от митохондрия »

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Как определить свои патогенные мутации и соот-но предрасположенность к болезням по FullMito с FTDNA.
Смотрим митохондриальные болезни.

1.Скачать файл fullMito с  сайта FTDNA
2.СкачатьMitoTool, запустить  http://www.mitotool.org/software.html
3.На сайте
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Загрузить файл Fullmito
4.Submit file - >нажать на самую верхнюю гиперссылку "details"-> выделить и скопировать целиком (ок. 16 тыс оснований) последовательность
такого вида (Genomic chrM ):

GATCACAGGT CTATCACCCT ATTAACCACT CACGGGAGCT CTCCATGCAT  50
TTGGTATTTT CGTCTGGGGG GTgTGCACGC GATAGCATTG CGAGACGCTG  100
GAGCCGGAGC ACCcTATGTC GCAGTATCTG TCTTTGATTC CTGCCtCATt  150
CtATTATTTA TCGCACCTAC GTTCAATATT ACAGGCGAAC ATACCTACTA  200
AAGTGTGTTA ATTAATTAAT GCTTGTAGGA CATAATAATA ACAATTGAAT  250
и т.д.

5.Открыть Mitotool
6. Открыть вкладку.Detailed Parsing - в верхнее  окошко  вставить скопированную последовательность - > выбрать анализ - потенциальную патогенность, кодирующий эффект и т.д.
7. submit
8. Внизу в таблицах появится результат. При нажатии на каждую мутацию (два клика) можно видеть ее значение или название патологии. Если информации недостаточно, пользуемся базами митохондриальных болезней.

https://www.mitomap.org/bin/view.pl/Main/SearchAllele
тут в каждое из двух окошек вставляем номер нуклеотидного основания, в котором имеется замена. И нажимаем поиск.
Там же можно найти публикации про обнаруженные мутации.

Таким образом, теперь, имея fullMito из familyTreeDNA мы можем не только найти наших наиболее близких" совпаденцев" по материнской линии, но и провести относительно недорогую (только стоимость анализа в FTDNA) полноМИТОгеномную диагностику. :)
Только следует помнить, что большая часть мутаций довольно редко встречается и если в семейном анамнезе нет проявлений данного "страшного" заболевания, паниковать не стоит. Все же, думается, это болезни предрасположенности. Настоящие - серьезные митохондриальные болезни проявляются в младенчестве.
А можно на всякий случай проконсультироваться с доктором.  :) Мне тут дали одну ссылку - http://www.labnbo.narod.ru/
Там, как можно видеть, также, в основном, "младенческие" болезни.
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2014, 22:38:21 от митохондрия »

Оффлайн Leilamrf

  • mtDNA H23 (Прабабушка Хадича FTDNA kit #284052) Y N-M232 (прадед Арифулла? FTDNA #282027)
  • Сообщений: 296
  • Страна: ru
  • Рейтинг +31/-0
  • мтДНК: H23
Many LIKES!  :)

Вопрос. На третьем этапе в Assembly, Query type, Sort output, Output type - оставляем значения как есть изначально? Ничего не меняем?

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Many LIKES!  :)

Вопрос. На третьем этапе в Assembly, Query type, Sort output, Output type - оставляем значения как есть изначально? Ничего не меняем?

Ничего не меняем. Я просто нашла первый попавшийся доступный способ перевести fasta файл  (в котором хранится fullMito) в  текстовый формат, который можно легко скопипастить и далее использовать.

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 68
  • Страна: am
  • Рейтинг +21/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Many LIKES!  :)

Вопрос. На третьем этапе в Assembly, Query type, Sort output, Output type - оставляем значения как есть изначально? Ничего не меняем?

fasta файл, это обычный текстовой файл, его можно открыть с помощью Windows Блокнота или даже Word.  Только для этого надо не щелкать мышью по файлу, а открыть через меню - файл-открыть-  и т.д.

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Many LIKES!  :)

Вопрос. На третьем этапе в Assembly, Query type, Sort output, Output type - оставляем значения как есть изначально? Ничего не меняем?

fasta файл, это обычный текстовой файл, его можно открыть с помощью Windows Блокнота или даже Word.  Только для этого надо не щелкать мышью по файлу, а открыть через меню - файл-открыть-  и т.д.

С помощью Openoffice тоже открывается?

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 68
  • Страна: am
  • Рейтинг +21/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Many LIKES!  :)

Вопрос. На третьем этапе в Assembly, Query type, Sort output, Output type - оставляем значения как есть изначально? Ничего не меняем?

fasta файл, это обычный текстовой файл, его можно открыть с помощью Windows Блокнота или даже Word.  Только для этого надо не щелкать мышью по файлу, а открыть через меню - файл-открыть-  и т.д.

С помощью Openoffice тоже открывается?
Word-ом я открывал, OpenOffice не знаю, что там за кодировка. ( По крайней мере NCBI рекомендует именно Notepad or WordPad. Word я использовал только для copy/past,  а редактировал fasta в Блокноте.)

Вот про fasta на страничке NCBI
FASTA file help
Programs and File Saving:

Use a text editor (for example: Notepad or WordPad) to prepare a file containing the set of nucleotide sequences in FASTA format.
Be sure to save your file as Plain text or Text.
If you are not sure that the "Save" option in your program will save as plain text, use "Save As..." and in the "Save as type:" pull-down menu select
"Text Document" (WordPad)
"Plain Text" (Word)

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Прекрасный вариант!
И не нужно "светить" своим митогеномом в интернете: только скачать Mitotool и файл с митогеномом и дальше уже на своем компьютере делаешь остальные манипуляции.

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +81/-4
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Не совсем. Когда я подставлял скопированные значения , то в них не хватало некой нумерации которую присваивает тот сайт.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5044
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1780/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Фелиск Чандракумар прямо-таки расписался - выложил уже 16 утилит для определения генетических предрасположенностей, от безобидных веснушек до рака молочной железы (BRCA1).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11072
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Фелиск Чандракумар прямо-таки расписался - выложил уже 16 утилит для определения генетических предрасположенностей, от безобидных веснушек до рака молочной железы (BRCA1).


Феликс молодец, но к интерпретации результатов этих утилит нужно относиться острожно. Да, в микроматрицах Illumina (и пр.) выбраны тэг-снипы, благодаря которым при точном фазировании можно точно определить гаплотип ассоциированный с определенным заболеванием. Эти микроматрицы можно сравнить с набором складных ножей и прочих инструментов от Victorinox Swiss - удобно, компактно и дешево для простых действий, но дерево пилить такими инструментами уже бессмысленно, также как и определять предрасположеность к риску рака молочной груди по нескольким снипам.  По-хорошему, для серьезного анализа медицинского генетического риска необходимы специализированные продукты - типа продукта компании Myriad для молекулярной диагностики рака молочной груди, а еще лучше - обследование сигнальных путей и путей взаимодействия протеинов - продуктов разных генов, влияющих на риск развития онкологических заболеваний. В противном случае удаление молочных желез (как нам показали на примере одной селебрити) будет ничем не мотивировано.   

Оффлайн митохондрияАвтор темы

  • Сообщений: 864
  • Страна: 00
  • Рейтинг +95/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a2 'Dinaric-N' (I-CTS10228)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A
Этот ваш Феликс, говорят, креационист. ::)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100