АвторТема: U4b  (Прочитано 13157 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн nmashАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
U4b
« : 27 Апрель 2009, 23:22:25 »
И еще. У меня растет приемная дочь, ребенок-подкидыш,
которой определили U4b (оплатила тест на 23ANDme).

Самые близкие там для нее совпаденцы - 74,04% только.

Можно ли данные с этой базу перевести в другие базы?
СПАСИБО!!!!

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: U4b
« Ответ #1 : 28 Апрель 2009, 01:02:54 »
Надо Mich Glitch спросить. Он наверняка знает.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: U4b
« Ответ #2 : 28 Апрель 2009, 02:30:05 »
И еще. У меня растет приемная дочь, ребенок-подкидыш,
которой определили U4b (оплатила тест на 23ANDme).

Самые близкие там для нее совпаденцы - 74,04% только.

Можно ли данные с этой базу перевести в другие базы?
СПАСИБО!!!!


укажите пожалуйста ВСЕ мутации мтднк которые у нее обнаружили, 23 энд ми исследует не только контрольную область.

Оффлайн nmashАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: U4b
« Ответ #3 : 29 Апрель 2009, 14:45:00 »
укажите пожалуйста ВСЕ мутации мтднк которые у нее обнаружили, 23 энд ми исследует не только контрольную область.
От Балановских:
Проведено секвенирование (прямой анализ нуклеотидной последовательности) первого гипервариабельного сегмента митохондриальной ДНК в диапазоне 16000-16559, а также выборочный анализ информативных сайтов кодирующей части молекулы митохондриальной ДНК.
Секвенирование выявило отличия от эталонной кембриджской последовательности в трех позициях (указаны номера нуклеотидов): 16086, 16356, 16519, причем результаты анализы с прямого и обратного праймеров взаимно подтверждают друг друга.
Наличие характерной замены 356 позволяет предположить, что данный образец относится к гаплогруппе (группе родственных линий) обозначаемой как U4. Выборочный анализ сайтов кодирующей части молекулы митохондриальной ДНК доказал принадлежность образца к макрогаплогруппе U.

На этих основаниях результат анализа формулируется:
Гаплогруппа U4, гаплотип 16086-16356-16519


А что и как сюда выложить из 23 энд ми?
Там даже в текстовом файле 5 Мб информации!

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: U4b
« Ответ #4 : 29 Апрель 2009, 15:19:41 »
Из 23 эндМи нужно митохондриальные снипы. Я формата их файла не знаю. Можно затребовать у лаборатории 2 вещи:

1) file with mtdna SNPs they've checked
2) GB Accession number of the mtdna sequence they use as the reference

Оффлайн nmashАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: U4b
« Ответ #5 : 30 Апрель 2009, 08:11:18 »
Из 23 эндМи нужно митохондриальные снипы.
23andMe labs
Haplogroup Tree Mutation Mapper

This feature shows you which particular mutations in a person's mitochondrial DNA (maternal ancestry) or Y chromosome (paternal ancestry) were used to determine their haplogroup assignment.

The 23andMe Personal Genome Service uses thousands of SNPs to describe hundreds of mitochondrial DNA and Y chromosome haplogroups. This experimental feature will tell you which SNPs we use to define a given haplogroup. Just enter a haplogroup's name to retrieve the SNPs we use to define it. The list begins with the mutation that defines that haplogroup's most recent branch on the mitochondrial or Y chromosome tree and works backward to the root. Because the Haplogroup Tree Mutation Mapper is an experimental feature in 23andMe Labs, it may not work as well or provide as much documentation as our supported features.

Maternal (mitochondria)
Haplogroup:    
     Example: U4b
 
U4b defining mutations
rCRS=11339    i4001282
rCRS=7705    i3000647
 
U4 defining mutations
rCRS=14620    i3001309
rCRS=15693    i3001404
rCRS=43    i4000964
rCRS=4646    i3002179
rCRS=6047    i3000549
 
U defining mutations
rCRS=11467    rs2853493
rCRS=12308    rs2853498
rCRS=12372    rs2853499
 
R defining mutations
rCRS=12705    rs2854122
 
N defining mutations
rCRS=10398    rs2853826
rCRS=10873    rs2857284
rCRS=15301    rs28573847
rCRS=15301    i3001523
rCRS=8701    i3000759
rCRS=9540    rs2248727
rCRS=9540    i3001497

23andMe Labs is the experimental section of 23andMe, where you can find add-on features that are not (and may never be) fully integrated into the Personal Genome Service. These features may still be in development, require specialized knowledge or be of interest to only a subset of customers. At any time, we may revise an experimental feature or withdraw it. Conversely, we may evolve it into a supported, integrated product. All of our typical terms apply. See our terms of service, privacy statement and consent form.

Вам это что-то говорит??

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: U4b
« Ответ #6 : 30 Апрель 2009, 10:12:55 »
Это снипы дефинирующие гаплогруппу. Там должны быть приведены еще снипы или это все?

Оффлайн nmashАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: U4b
« Ответ #7 : 30 Апрель 2009, 16:44:30 »
С Ларкой (приемной дочкой) проще - 23 энд ми сделало ей полный анализ и на мтДНК и на аутосомные.

По мтДНК их сделано ТАК много, что здесь все привести просто немыслимо.
Выложу -ка пока только те, что rs от 15630 до конца:
(их-то хватит? ;-))
rs28357373   MT   15630   T
rs3094280   MT   15663   A
rs28357374   MT   15671   T
rs41337244   MT   15759   A
rs28357376   MT   15825   A
rs41504845   MT   15834   C
rs3094281   MT   15852   A
rs28617642   MT   15885   G
rs35788393   MT   15905   C
rs41383248   MT   15908   A
rs2853510            MT   15925   A
rs3094282            MT   15928   G
rs28357377   MT   15929   G
rs41441949   MT   15931   G
rs28601282   MT   15933   T
rs28535186   MT   15943   T
rs5005270            MT   16130   G
rs3134562            MT   16141   T
rs41505649   MT   16145   T
rs41419246   MT   16146   G
rs2854125           MT   16149   C
rs2853512           MT   16154   G
rs41466049   MT   16163   A
rs41479950   MT   16164   A
rs2853817        MT   16173   T
rs28671493   MT   16184   A
rs34100702   MT   16186   C
rs35134837   MT   16219   T
rs2853514           MT   16232   A
rs2857290           MT   16272   C
rs34799580   MT   16313   T
rs41355449   MT   16329   C
rs34301918   MT   16393   G
rs4881651           MT   16529   C



Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: U4b
« Ответ #8 : 30 Апрель 2009, 17:37:09 »
уже выяснилось что бессмысленно искать, потому что в Генбанке мало полных U4b, и они мало друг от друга отличаются. Почти все кстати из Средиземноморья. Так что пока придется отложить поиски до лучших времен.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34864
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3017/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: U4b
« Ответ #9 : 30 Апрель 2009, 22:25:48 »
Это снипы дефинирующие гаплогруппу. Там должны быть приведены еще снипы или это все?
Valery, 23andMe рассматривает около 3 тысячи снипов из 16 тысяч с хвостиком.
Получается как-бы 1/5 полного сиквенса. (А не только одни быстромутирующие регионы.)

Другая проблема, метод менее точный. Поэтому много расхождений со значениями, полученными, скажем, через ФТДНА.

Снипы некоторых гаплогрупп не определяют. Поэтому, например, мою Н6а1 позиционируют как Н6а*.

Для того, чтобы выдернуть значения, разнящиеся с CRS есть специальная утилитка.

Если Вас интресуют детали, то можете создать демо-аккаунт на 23эндМи и заслать мне приглашение на совместное изучение генома. Или просто посмотреть описание всех рассматриваемых снипов.

После того, как благодаря и Вашим объяснениям я понял, что мито (без полного сиквенса) на расстоянии до 500 лет - инструмент сам по себе не очень полезный, я слегка охладел к данному виду тестирования.
:)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: U4b
« Ответ #10 : 30 Апрель 2009, 22:32:25 »
Михаил, спасибо за предложение, думаю в их формате еще стоит повозиться.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34864
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3017/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: U4b
« Ответ #11 : 30 Апрель 2009, 22:54:58 »
Михаил, спасибо за предложение, думаю в их формате еще стоит повозиться.
Формат (после прогона через утилиту) самый обычный.
Просто некоторые значения отсутствуют. А кое-какие определены неверно.

То есть если ФТДНА мне дало результат:

HVR1 differences from CRS
16362C, 16482G

HVR2 differences from CRS
239C, 263G, 309.1C, 309.2C, 315.1C, 524.1C,524.2A,

CR differences from CRS
750G, 1438G, 3915A, 4727G, 4769G, 5302C

То 23эндМи может его немножечко усечь (нечто вроде):

HVR1 differences from CRS
16362C, 16482G

HVR2 differences from CRS
239C, 263G, 315.1C

CR differences from CRS
750G, 1438G, 3915A, 4727G, 5302C

Как уже говорил, мне мало того, что крылья подрезали, так еще дали одно отличное от ФТДНА значение.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34864
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3017/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: U4b
« Ответ #12 : 30 Апрель 2009, 23:10:38 »
проблема только в том чтобы понять какой референсный сиквенс они юзают. То что Вы привели - по CRS. А вот индивидуальные снипы данные nmash - по какому-то другому риференсу.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34864
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3017/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: U4b
« Ответ #13 : 30 Апрель 2009, 23:11:47 »
проблема только в том чтобы понять какой референсный сиквенс они юзают. То что Вы привели - по CRS. А вот индивидуальные снипы данные nmash - по какому-то другому риференсу.

Утилитка (написанная, кстати, в формате Эксел простым юзером) использует для сравнения CRS и Yoruba.

Хотите дам Вам ссылку (её надо поискать, правда)  и свой геном.

У меня руки до мито- не доходят. Да и не очень как-то интересно. :(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34864
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3017/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: U4b
« Ответ #14 : 30 Апрель 2009, 23:12:51 »
Блин, понапутал кнопки. Теперь сообщение от Valery висит вроде как от меня.

Извиняюсь.  :-[

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100