АвторТема: Google инициирует создание программного обеспечения для изучения генома в облаке  (Прочитано 1901 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6266
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1141/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Google joins the Global Alliance for Genomics and Health

Posted by Jonathan Bingham, Product Manager

Generating research data is easier than ever before, but interpreting and analyzing it is still hard, and getting harder as the volume increases. This is especially true of genomics. Sequencing the whole genome of a single person produces more than 100 gigabytes of raw data, and a million genomes will add up to more than 100 petabytes. In 2003, the Human Genome Project completed after 15 years and $3 billion. Today, it takes closer to one day and $1,000 to sequence a human genome.

This abundance of new information carries great potential for research and human health -- and requires new standards, policies and technology. That’s why Google has joined the Global Alliance for Genomics and Health. The Alliance is an international effort to develop harmonized approaches to enable responsible, secure, and effective sharing of genomic and clinical information in the cloud with the research and healthcare communities, meeting the highest standards of ethics and privacy. Members of the Global Alliance include leading technology, healthcare, research, and disease advocacy organizations from around the world.

To contribute to the genomics community and help meet the data-intensive needs of the life sciences, we are introducing:

a proposal for a simple web-based API to import, process, store, and search genomic data at scale
a preview implementation of the API built on Google’s cloud infrastructure, including sample data from public datasets like the 1,000 Genomes Project
a collection of in-progress open-source sample projects built around the common API

Interoperability: One API, Many Apps

Any of the apps at the top (one graphical, one command-line, and one for batch processing) can work with information in any of the repositories at the bottom (one using cloud-based storage and one using local files). As the ecosystem grows, all developers and researchers benefit from each individual developer’s work.

With these first steps, it is our goal to support the global research community in bringing the vision of the Global Alliance for Genomics and Health to fruition. Imagine the impact if researchers everywhere had larger sample sizes to distinguish between people who become sick and those who remain healthy, between patients who respond to treatment and those whose condition worsens, between pathogens that cause outbreaks and those that are harmless. Imagine if they could test biological hypotheses in seconds instead of days, without owning a supercomputer.

We are honored to be part of the community, working together to refine the technology and evolve the ecosystem, and aligning with appropriate standards as they arise.

How you can be involved

To request access to the API for your research, please fill out this simple form to tell us about yourself and your research interests, and we will let you know when we’re ready to work with more partners.

Together with the members of the Global Alliance for Genomics and Health, we believe we are at the beginning of a transformation in medicine and basic research, driven by advances in genome sequencing and huge-scale computing. We invite you to contact us and share your ideas about how to bring data science and life science together.

http://googleresearch.blogspot.ru/2014/02/google-joins-global-alliance-for.html

Вот собственно страница проекта:
What Is Google Genomics?
https://developers.google.com/genomics/what-is-google-genomics

Оффлайн kbg

  • Сообщений: 761
  • Страна: ua
  • Рейтинг +103/-0
  • Днипро
А теперь и ложку, пожалуйста, для чайников!
Что это значит?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6266
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1141/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
А теперь и ложку, пожалуйста, для чайников!
Что это значит?

Думаю, что люди сведущие в программировании более меня прокомментировать это должны...
:)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5526
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2313/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Как я понял из анонса, Google будет собирать у себя на серверах базу данных (геномы и другая информация), и предоставлять к ней доступ заинтересованным лицам. API это технические правила подключения к базе для сторонних программ, желающих использовать ее информацию. Подключаться можно будет через Интернет.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 808
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
kbg, я так понял, что Google, в составе этого самого "Global Alliance for Genomics and Health", начал или уже давно работает над тем, чтобы унифицировать формат хранения генетических данных и программные методы обработки этой информации. Иными словами, они хотят, чтобы отрасль, в части обработки информации, работала по одним принципам и работа с генетическими материалами стала доступна упомянутым чайником.
Сейчас, к примеру, для получения дополнительной информации мы обращаемся к semargl.me, gedmatch.com и другим ресурсам, разработчики которых используют самостоятельные методы и способы работы с геномом. А в перспективе будем обращаться в Google или опять же к Semargl или Gedmatch, но они уже будут использовать API от Google (только мы этого не увидим).
Хотя и подразумевается, но совсем необязательно, что геном придётся хранить на серверах Google, думаю, что API будет предусматривать и самостоятельную работу на домашнем компьютере (другое дело, что вычислительных возможностей домашнего компьютера может не хватить, да и библиотек для самостоятельной работы ещё никаких нет).
В общем, штука хорошая: даже если не заменит базы Semargl и Gedmatch, то упростит им обработку данных, если Google не зажмёт исходные коды. Представьте, что данных обработки аутосом с Gedmatch не придётся ждать месяцами, а ваш друг-программист сможет при помощи простой программы найти вам всех совпаденцев не имея никаких специальных знаний (это самое главное) о генетике и генеалогии. Например, написав что-то такое:
import com.google.api.services.genomics.Genomics;
public static void СтартПрограммы(String[] args)
{
      Если удалось (ПодключитьсяКБазеДанныхГугль('гугль.ру')), то:
     {
          ГеномKbg=ОткрытьФайлСГеномом('c:\Пользователи\kbg\МойГеном\genom.fasta');
         СсылкаНаГеномKbgНаСервереГугль=ЗагрузитьГеномНаСервер(ГеномKbg);
         СписокСовпаденцев=ПолучитьСписокСовпаденцев(СсылкаНаГеномKbgНаСервереГугль,'Минимальный_сегмент_7сМ','Формат_таблица_xls');
        РаспечататьСовпаденцевНаПринтере(СписокСовпаденцев);     
     }
}
В реальности будет посложнее, конечно, но при желании за пару месяцев можно будет разобраться и какие-то вещи просчитывать самостоятельно. Вот я это как-то так вижу.:) Лет через пять.:) Сейчас они набросали рабочий макет, и неизвестно, что из этого получится вообще. Я так краем глаза посмотрел. Похоже эта штука сейчас умеет только импортировать BAM-файлы куда-то в облако Google и получать содержимое этого файла по запросу.
« Последнее редактирование: 28 Февраль 2014, 19:25:52 от rLin »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5526
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2313/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Еще один шажок Google к достижению власти над всей мировой информацией - а значит, и над миром  ;D

Оффлайн Крутъ

  • Сообщений: 199
  • Страна: ru
  • Рейтинг +39/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP1144+ ] (UA)
  • мтДНК: H27a (FIN)
по теме

http://geektimes.ru/post/241092/

Google активно продвигает «Google Drive для генетиков»

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6266
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1141/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
по теме

http://geektimes.ru/post/241092/

Google активно продвигает «Google Drive для генетиков»

У кого-то уже есть практический опыт по данному приложению?
Вот здесь все описано https://cloud.google.com/genomics/
« Последнее редактирование: 08 Ноябрь 2014, 20:26:05 от Шад »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100