Оценка TMRCA методом выборочных пар (МВП) на дереве, построенном методом UPGMA (Метод невзвешенного попарного среднего).http://www.semargl.me/tools/build-tree-and-asd-pairs/Запускаю бета версию. Интерфейс недоработан, но интуитивно понятен. По крайней мере надеюсь на это. Калькулятор предназначен для построения филогенетического дерева близких совпаденцев и отображением его в графическом формате с возрастом каждого узла. Расчет производится с помощью МВП (метода выборочных пар).
Из ограничений:
1) только для 37, 67, 111 маркерных гаплотипов. Версии для 12, 25 маркеров не будет.
2) Пока поставил ограничение в 20 гаплотипов. Гаплотипы сверх этого будут проигнорированы в расчете.
3) Гаплотипы, имеющие нулевое или отсутствующее значение маркера из стандартной панели будут пропущены в расчете. В планах сделать их обработку, путем подставления вместо отсутствующего маркера модального значения выборки.
4) Калькулятор очень чувствителен к многошаговым мутациям и реклохам.
5) Желательно исключать из расчетов известные гаплотипы с гомоплазией к основной части выборки. Снипы в расчет не принимаются.
Сразу скажу, что анализ идет с помощью кластеризации и значительно уступает таким популярным филогенетическим программам, как TNT, Мурка и др. В расчет не берутся значения снипов.
Калькулятор сделан для новичков, которые постоянно задаются вопросом - "когда жил общий предок с тем-то и тем-то", а также в помощь администраторам проектов, для быстрого принятия решения по тому или иному гаплотипу, без ковыряния в громоздких программах.
Данный калькулятор позволяет кроме подсчета ВБОП выявить группы близких гаплотипов и найти устойчивые кластеры.
В поле KITs вводить номера китов, разделенных запятой. Одной строкой.
Поля mrate и generation length можно оставить пустыми. В этом случае будут подставлены дефолтные значения параметров от Клесова/Рожанского, но советую для 67 маркерных гаплотипов ставить значения 0.0021 и 32 года.