АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 51464 раз)

0 Пользователей и 3 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35645
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3194/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1200 : 15 Февраль 2020, 23:04:47 »
После 80 часов отработки - остановил программу.    :-\

Не уверен, что WGS Extractor вообще работает с long reads данными.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35645
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3194/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1201 : 15 Февраль 2020, 23:05:55 »
На том же самом компьютере, с той же самой программой, WGS данные свёрстывало в аутосомный файл где-то часа за 3-4.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35645
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3194/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1202 : 15 Февраль 2020, 23:21:58 »
Написал письмо непосредственно в ГедМатч.
Может насоветуют чего.

::)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1203 : 16 Февраль 2020, 03:10:55 »
Не уверен, что WGS Extractor вообще работает с long reads данными.
Под капотом используется samtools mpileup, который формально поддерживает длинные чтения, пусть и не учитывает их специфику.

Можно попробовать запустить для небольшого количества снипов, оставив в файле шаблона строк 100. Просто чтобы оценить скорость обработки.

Например, для формата FTDNA v2 файл шаблона:
...\WGSExtract\programs\extract23\raw_file_templates\body\FTDNA_V2.csv

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35645
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3194/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1204 : 16 Февраль 2020, 03:14:30 »
Спрошу с наглой простотой (той самой, что хуже воровства).      :-X

А не посмотрите, пожалуйста, мой файл? (Я бы Вам отправил имя пользователя и пароль в YSEQ.)    ::)


У Вас и техника, и опыт.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1205 : 16 Февраль 2020, 04:00:25 »
К сожалению, сейчас у меня нет для этого технических возможностей. Даже чтобы просто в буквальном смысле его посмотреть, то есть скачать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 35645
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3194/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1206 : 16 Февраль 2020, 05:52:50 »
К сожалению, сейчас у меня нет для этого технических возможностей. Даже чтобы просто в буквальном смысле его посмотреть, то есть скачать.

Извините. Как-то много попросил.     :-X

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 245
  • Страна: fi
  • Рейтинг +126/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1207 : 18 Февраль 2020, 17:01:47 »
Создатель https://ydna-warehouse.org/ анонсировал своё будущее Y дерево, пока ранняя альфа выглядит так:


Пока думают запустить бесплатно для постящих, для этого надо сильно убыстрить алгоритмы им.
Если запустят - может будет удобно.
(вообще у меня лично мнение об этом сайте довольно отрицательное, но может дерево они осилят всё-таки)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-30
Компания Nebula Genomics
« Ответ #1208 : Сегодня в 01:39:44 »
Nebula Genomics в партнерстве с FTDNA предлагает серьезную альтернативу Dante Labs. По обычной, неакционной цене в 299 $ (плюс обязательная подписка Nebula Explore хотя бы на месяц за 19,99 $) прямо сейчас можно заказать тест WGS 30x. Тесты делаются компанией BGI в Гонконге на машинах MGI DNBSEQ-T7 (150 п. н., парноконцевое секвенирование). В скором времени обещается подключение североамериканских и европейских лабораторий. Данные выравниваются на референсный геном hg38 при помощи рабочего процесса GATK (наверно, лучший доступный вариант). Все исходные данные доступны для загрузки. Во втором квартале обещается возможность прямого экспорта данных по Y-хромосоме и мтДНК в соответствующие базы FTDNA.

Также у Nebula бывают и акции (по крайней мере, бывали в прошлом).

Подробности:
https://nebula.org/faqs/

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 494
  • Страна: ru
  • Рейтинг +510/-2
  • Y-ДНК: G2a1
Re:Компания Nebula Genomics
« Ответ #1209 : Сегодня в 03:23:02 »
Хорошо бы выделить Небулагеномикс в отдельную ветку?

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 494
  • Страна: ru
  • Рейтинг +510/-2
  • Y-ДНК: G2a1
Re:Компания Nebula Genomics
« Ответ #1210 : Сегодня в 03:45:24 »
Опять только по США бесплатная почта, остальным странам  за свой счёт? Принимают не только свои тестовые ватные щётки?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 250
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-30
Re:Компания Nebula Genomics
« Ответ #1211 : Сегодня в 04:34:31 »
Опять только по США бесплатная почта, остальным странам  за свой счёт? Принимают не только свои тестовые ватные щётки?
Доставка тестового набора (щечный мазок) бесплатная для всех стран, с которыми они работают (практически все). Обратная доставка предоплачена только для США. Насчет своего тестового набора, если только попытаться договориться в частном порядке. Обычно тестирующие компании это не практикуют.

Первый платеж за подписку Nebula Explore списывается, когда секвенирование закончено. Ее можно сразу отменить, но за первый платеж деньги не возвращаются. Как я понял, для экспорта данных в FTDNA подписка должна быть активна. Возможность скачать данные остается и без подписки.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100