https://www.nature.com/articles/nature25173Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans
J. Víctor Moreno-Mayar, Ben A. Potter, Lasse Vinner, Matthias Steinrücken, Simon Rasmussen, Jonathan Terhorst, John A. Kamm, Anders Albrechtsen, Anna-Sapfo Malaspinas, Martin Sikora, Joshua D. Reuther, Joel D. Irish, Ripan S. Malhi, Ludovic Orlando, Yun S. Song, Rasmus Nielsen, David J. Meltzer & Eske Willerslev
doi:10.1038/nature25173
Received: 29 March 2017
Accepted: 26 November 2017
Published online: 03 January 2018
Abstract
Despite broad agreement that the Americas were initially populated via Beringia, the land bridge that connected far northeast Asia with northwestern North America during the Pleistocene epoch, when and how the peopling of the Americas occurred remains unresolved1,2,3,4,5. Analyses of human remains from Late Pleistocene Alaska are important to resolving the timing and dispersal of these populations. The remains of two infants were recovered at Upward Sun River (USR), and have been dated to around 11.5 thousand years ago (ka)6. Here, by sequencing the USR1 genome to an average coverage of approximately 17 times, we show that USR1 is most closely related to Native Americans, but falls basal to all previously sequenced contemporary and ancient Native Americans1,7,8. As such, USR1 represents a distinct Ancient Beringian population. Using demographic modelling, we infer that the Ancient Beringian population and ancestors of other Native Americans descended from a single founding population that initially split from East Asians around 36 ± 1.5 ka, with gene flow persisting until around 25 ± 1.1 ka. Gene flow from ancient north Eurasians into all Native Americans took place 25–20 ka, with Ancient Beringians branching off around 22–18.1 ka. Our findings support a long-term genetic structure in ancestral Native Americans, consistent with the Beringian ‘standstill model’9. We show that the basal northern and southern Native American branches, to which all other Native Americans belong, diverged around 17.5–14.6 ka, and that this probably occurred south of the North American ice sheets. We also show that after 11.5 ka, some of the northern Native American populations received gene flow from a Siberian population most closely related to Koryaks, but not Palaeo-Eskimos1, Inuits or Kets10, and that Native American gene flow into Inuits was through northern and not southern Native American groups1. Our findings further suggest that the far-northern North American presence of northern Native Americans is from a back migration that replaced or absorbed the initial founding population of Ancient Beringians.
Несмотря на широкое согласие с тем, что Америка первоначально была заселена через Берингию, наземный мост, соединявший крайнюю Северо-Восточную Азию с северо-западной Северной Америкой в эпоху плейстоцена, когда и как происходило заселение Северной и Южной Америки, остается нерешенным. Анализ человеческих останков из позднеплейстоценовой Аляски имеет важное значение для решения вопросов датировку и путей расселения этих популяций. Останки двух младенцев были обнаружены на археологическом памятнике Upward Sun River(USR), их возраст был определён как примерно 11,5 тыс. лет назад(тлн). Здесь, путем секвенирования генома USR1 со средним покрытием примерно 17, мы показываем, что USR1 наиболее тесно связан с коренными американцами, но является базальным для всех ранее секвенированных современных и древних коренных американцев. Таким образом, USR1 представляет собой особое древнее берингийское население. Используя демографическое моделирование, мы делаем вывод о том, что древняя берингийская популяция и предки других коренных американцев произошли от одной начальной популяции, которое изначально отдеолилась от восточных азиатов примерно 36 ± 1,5 тлн, при этом поток генов сохранялся до 25 ± 1,1 тлн. Генный поток от древних северных евразийцев ко всем коренным американцам имел место 25-20 тлн, а древние берингийцы отделились от 22 до 18,1 тлн. Наши результаты подтверждают долгосрочную генетическую структуру у коренных индейцев, согласующуюся с берингийской «моделью застоя". Мы показываем, что базальные северные и южные индейские ветви, к которым относятся все другие коренные американцы, разошлись в районе 17,5-14,6 тлн и что это, вероятно, произошло к югу от североамериканских ледниковых щитов. Мы также показываем, что после 11,5 тлн некоторые из северных популяций индейцев получали поток генов из сибирской популяции, наиболее тесно связанной с коряками, но не с палео-эскимосоми, инуитами или кетами, и что индейские гены, попавшие к инуитам, проходили через северные а не через южные индейские группы. Наши результаты далее свидетельствуют о том, что северное североамериканское присутствие северных коренных американцев происходит от обратной миграции, которая заменила или поглотила первоначальную популяцию древних берингийцев.
Исследовались останки двух младенцев обнаруженных на Аляске несколько лет назад. Уже была статья про их мтДНК(C1b и B2):
http://www.pnas.org/content/112/45/13833.abstract , и были сообщения в российских СМИ:
https://www.vesti.ru/doc.html?id=2680107&cid=2161Теперь удалось сделать полные геномы, но: 1) оба ребёнка оказались девочками, так что Y-хромосом нет, 2) хорошо отсеквенировать удалость только первого ребёнка, покрытие 17, у второго качество гораздо хуже.