Всем привет! Генетической (молекулярной) генеалогией заинтересовался недавно,после прочтения различных источников в голове небольшая "каша"
. Интересуют главным образом алгоритмы сравнения образцов mtDNA и Y-DNA. Есть некоторые непонятки:
1) В одних источниках для сравнения mtDNA используется только HVR1,в других + еще HVR2. Насколько я понял,достаточно HVR1 и расхождение в 1 мутацию (SNP) в принципе не говорит о несовпадении?
2) Для Y-DNA берется часть локусов нерекомбинантной части,сравнение производиться по кол-ву повторов (STR). Это в одних источниках. В других используется еще какой-то статистический аппарат.
Вот пример для чайниов как я
:
http://www.iajgs.org/jgscv/pdf/GG%20Understanding%20Results%20Handout.pdfНе ткнете носом в литературку,где есть детальное описание алгоритма сравнения?
3) В электронном виде как на практике результаты чтения DNA оформляются? В курсе,что есть различные форматы (FASTA итд.),но вот если у меня,гипотетически,есть база,н-р,в формате FASTA,как мне определить,что в текстах mtDNA/Y-DNA?