АвторТема: Сложить мозаику  (Прочитано 1555 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн aakАвтор темы

  • Сообщений: 21
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Сложить мозаику
« : 11 Декабрь 2013, 05:53:10 »
Всем привет! Генетической (молекулярной) генеалогией заинтересовался недавно,после прочтения различных источников в голове небольшая "каша" :). Интересуют главным образом алгоритмы сравнения образцов mtDNA и Y-DNA. Есть некоторые непонятки:

1) В одних источниках для сравнения mtDNA используется только HVR1,в других + еще HVR2. Насколько я понял,достаточно HVR1 и расхождение в 1 мутацию (SNP) в принципе не говорит о несовпадении?

2) Для Y-DNA берется часть локусов нерекомбинантной части,сравнение производиться по кол-ву повторов (STR). Это в одних источниках. В других используется еще какой-то статистический аппарат.

Вот пример для чайниов как я :) : http://www.iajgs.org/jgscv/pdf/GG%20Understanding%20Results%20Handout.pdf

Не ткнете носом в литературку,где есть детальное описание алгоритма сравнения?

3) В электронном виде как на практике результаты чтения DNA оформляются? В курсе,что есть различные форматы (FASTA итд.),но вот если у меня,гипотетически,есть база,н-р,в формате FASTA,как мне определить,что в текстах mtDNA/Y-DNA?


Оффлайн smal

  • Сообщений: 1059
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Сложить мозаику
« Ответ #1 : 11 Декабрь 2013, 12:21:35 »
Чтобы на ваши вопросы ответить надо 5 книг написать...
1) В одних источниках для сравнения mtDNA используется только HVR1,в других + еще HVR2. Насколько я понял,достаточно HVR1 и расхождение в 1 мутацию (SNP) в принципе не говорит о несовпадении?
mtDNA надо по полным сиквенсам сравнивать. Даже так данных маловато, а кусочки эти  - баловство одно.
2) Для Y-DNA берется часть локусов нерекомбинантной части,сравнение производиться по кол-ву повторов (STR). Это в одних источниках. В других используется еще какой-то статистический аппарат.
Кроме STR (повторы) маркеров есть еще SNP (однонуклеотидный полиморфизм). О статистическом аппарате на форуме целый раздел Математика в ДНК-генеалогии. Читайте.
3) В электронном виде как на практике результаты чтения DNA оформляются? В курсе,что есть различные форматы (FASTA итд.),но вот если у меня,гипотетически,есть база,н-р,в формате FASTA,как мне определить,что в текстах mtDNA/Y-DNA?
FASTA - это формат для сиквенсов. Обычные Y тесты - маркерный анализ, а не секвенирование. Вот их новый тест BigY (NGS секвенирование) - там будет FASTA, точнее FASTQ.

Оффлайн aakАвтор темы

  • Сообщений: 21
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Сложить мозаику
« Ответ #2 : 11 Декабрь 2013, 12:28:33 »
Цитировать
mtDNA надо по полным сиквенсам сравнивать. Даже так данных маловато, а кусочки эти  - баловство одно.

 ??? Поясните,пожалуйста,а смысл? Если у индивидуумов только эти регионы отличаются.

Цитировать
Обычные Y тесты - маркерный анализ, а не секвенирование.

Есть образец,чтобы глянуть? (как маркеры оформлены,формат текста итд.)

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1059
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Сложить мозаику
« Ответ #3 : 11 Декабрь 2013, 12:42:29 »
Цитировать
mtDNA надо по полным сиквенсам сравнивать. Даже так данных маловато, а кусочки эти  - баловство одно.

 ??? Поясните,пожалуйста,а смысл? Если у индивидуумов только эти регионы отличаются.
Чтобы об этом можно было говорить, надо иметь полный сиквенс, а не только его фрагмент.

Цитировать
Обычные Y тесты - маркерный анализ, а не секвенирование.
Цитировать
Есть образец,чтобы глянуть? (как маркеры оформлены,формат текста итд.)

Посмотрите любой проект ftdna. Формат для STR - обычный набор цифр (число повторов), для SNP - присутствие (+)/ отсутствие (-).
« Последнее редактирование: 11 Декабрь 2013, 15:02:40 от пенелопа »

Оффлайн aakАвтор темы

  • Сообщений: 21
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Сложить мозаику
« Ответ #4 : 11 Декабрь 2013, 12:46:47 »
Цитировать
mtDNA надо по полным сиквенсам сравнивать. Даже так данных маловато, а кусочки эти  - баловство одно.

 ??? Поясните,пожалуйста,а смысл? Если у индивидуумов только эти регионы отличаются.
Чтобы об этом можно было говорить, надо иметь полный сиквенс, а не только его фрагмент.

Т.е. на практике попадаются случаи,при которых не только эти регионы очень отличаются (за исключением SNP),я правильно понял?

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1059
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Сложить мозаику
« Ответ #5 : 11 Декабрь 2013, 12:53:20 »
Конечно.

Оффлайн aakАвтор темы

  • Сообщений: 21
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Сложить мозаику
« Ответ #6 : 11 Декабрь 2013, 13:07:29 »
Конечно.

Пока я не запутался окончательно,дайте ссылки на какую-нибудь адекватную литературу.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100