Кому интересно для статистики - данные по разбросу длин полученных по байесовской интерференции деревьев J, отображенные на точечной диаграмме

Красиво и интересно. Я пока еще детально не все рассмотрела, но обратила внимание на свой субклад J1c4. На дереве для этой ветки приведены мутации 12085 T:G и 9634 A:G, у меня в fgs 12083 T:G и 9632 A:G, которые вроде и являются определяющими для этого субклада. Это опечатка на дереве или я что-то не поняла?
В ближайшее время отправлю свой fgs Я.Логану.

Вадим, Вы у нас становитесь экспертом по мито.
 
Методы - передовые. Поздравляю. И +1.

Красиво и интересно. Я пока еще детально не все рассмотрела, но обратила внимание на свой субклад J1c4. На дереве для этой ветки приведены мутации 12085 T:G и 9634 A:G, у меня в fgs 12083 T:G и 9632 A:G, которые вроде и являются определяющими для этого субклада. Это опечатка на дереве или я что-то не поняла?
В ближайшее время отправлю свой fgs Я.Логану.

Спасибо, я уже выше указывал на досадную ошибку. Дело в том, что при выравнивании сиквенсов, они либо сдвинулись на две позиции, либо филогенетические программы принимают первые две колонки сиквенсов в качестве зарезервированных под особые значения колонки. В следущий раз я заполню эти колонки нулями во всех сиквенсах. Это просто баг, поэтому для правильного получения определюящей мутации нужно отнять от всех "локусов", указанного на графике 2 или 1 позиции, (например,вместо  12085 - 10283, а вместо 9634 -9632). Тогда, в общих чертах , мутации найденные программой Муркой, должны соответствовать мутациям субкладов J в филогенетическом дереве.

На своем опыте убедился, что лучше посредственное выравнивание, чем хорошо оформленное дерево.
Ну да ладно, рано или поздно добьюсь качественного выравнивания митоксиквенсов.


А пока -эксперимент с применением расчета возраста корня J (J1+J2) с использованием модуля ро-статистики в программе Мурка.

Теперь вопрос -насколько точно совпадает расчитаный по ро-статистике возраст субкладов mitoJ c общепринятыми? На википедии устаревшие данные, и названия субкладов там несколько иные.

Расчет по ро-статистике.
За значение одного rho принято 2750 лет.
В первой колонке название субклада, во второй - данные из работы Пирет Серк Serk P. mtDNA Haplogroup J Thesis; в третьей - мои расчеты.

J (корень)	45,000 (?)	41,000 +-2,600
J1a	27,300 years (+/− 8,000 years)	28,200 +-2,300
J1a	27,300 years (+/− 8,000 years)	28,200 +-2,300
J1c	? (не расчитан, так как во врамя написания диссертации J1c не был определен)	19,500 +-2,000
J1b	5,000 years (+/− 2,200 years)	4,125 +-2,340
J2a	19,200 years(+/− 6,900 years)	? (для J2a не расчитан)

Очень хорошое совпадение по результатам. Нам бы по игреку такое меж разными авторами.
 
А на основании чего бралась стоимость одной мутации (в года) - 1 ро? У нас в среднем для 67-маркерного гаплотипа - порядка 180 лет. Известно, что мито мутирует примерно на порядок реже тандемов.
 
А какой для мито - какой принималась длина "гаплотипа" , т.е. сколько базовых пар учитывалось?

Наша J1b ведь по старой классификации. Так?

Вадим, респект тебе за то, что наконец-то реабилитируешь истинное назначение нашего форума - "митопоклонничество"  как сказал один персонаж

Очень хорошое совпадение по результатам. Нам бы по игреку такое меж разными авторами.
 
А на основании чего бралась стоимость одной мутации (в года) - 1 ро? У нас в среднем для 67-маркерного гаплотипа - порядка 180 лет. Известно, что мито мутирует примерно на порядок реже тандемов.
 
А какой для мито - какой принималась длина "гаплотипа" , т.е. сколько базовых пар учитывалось?

Только те позиции, по которым были выявленны синапоморфии (т.е отличия в полиморфизме) - то есть из
начальных 16571 пар расчет производился по 92 позициям. Возраст корня в среднем числе мутаций на одну предковую позицию (в ро-единицах)13. Калибровка производилась по периоду LGM (20 000 -25 000 лет).

У Серк в диссертации для филогении внутри субкладов J использовались главным образом позиции кодирующего региона и HVR1 (причем в основном 16***). Там действительно получается, что ее классификация Серк сильно отличается от последней классификаций ван Овена-Кайзера (2009) и Логана (2009). При чем самое досадное, что их трудно привести к общему знаменателю. 

Имхо, всё-таки наду учитывать длину всего доступного "гаплотипа" мито, а не только вариабельный регион, тем более - синапоморфичные его участки.
 
Хотя, не будучи здесь "в теме", не рискну спорить. Вот Валерия бы сюда... Всё-таки по мито как-то раньше воздерживались от расчёта возрастов в силу редкости однонуклкотидных мутаций. А тут получается такое хорошее совпадение ... прям один в один.
 
Очень интересно. Вадим, +1.
 
Поставил бы больше, но карма не велит.

Сегодня был плохой день для филогений. Не удалось бинаризовать файл с сиквенсами в Нетворке, а затем пропустить его через Мурку. Как мне это удалось в понедельник, ума не приложу.

Зато я добавил в выборку сиквенс CRS, R*, и T1, чтобы проанализировать предковые состояния позиций митосиквенса. Вроде бы на этот раз выравнивание опять подкачало, сиквенсы сдвинулись на одну или даже две позиции (вместо положенных),что сразу бросается в глаза. Надо бы конечно попробывать выравнивать по медленному(аккуратному)алгоритму в Кластале, но в итоге время расчетов возрастает в 10-16 раз (то есть на это ушло бы суток двое непрерывных вычислений).

Резюме> Надо срочно искать нормальную прогу для бинаризации элайнментов, причем в формате, требуемом для Мурка. У Valery она есть, но по каким-то причинам, он со мной делится ею не хочет. А прогер из меня никудышный. Либо покупать за 100 дол. США программу Флюксуса для выравнивания и бинаризации.

В качестве небольшого утешения
 

Застолбите, пожалуйста, Ваши наработки на dna-forums.
Наша школа (в Вашем лице) должна быть на виду.

Застолбить пока нечего. Да, в Мурке разделение на субклады указано правильно, также как и мутации.
Но позиции указаны неправильно (но это конечно результат плохого выравнивания).
Не хочу позориться перед людьми.