Сегодня был плохой день для филогений. Не удалось бинаризовать файл с сиквенсами в Нетворке, а затем пропустить его через Мурку. Как мне это удалось в понедельник, ума не приложу.

Зато я добавил в выборку сиквенс CRS, R*, и T1, чтобы проанализировать предковые состояния позиций митосиквенса. Вроде бы на этот раз выравнивание опять подкачало, сиквенсы сдвинулись на одну или даже две позиции (вместо положенных),что сразу бросается в глаза. Надо бы конечно попробывать выравнивать по медленному(аккуратному)алгоритму в Кластале, но в итоге время расчетов возрастает в 10-16 раз (то есть на это ушло бы суток двое непрерывных вычислений).

Резюме> Надо срочно искать нормальную прогу для бинаризации
элайнментов, причем в формате, требуемом для Мурка. У Valery она есть, но по каким-то причинам, он со мной делится ею не хочет. А прогер из меня никудышный.

Либо покупать за 100 дол. США программу Флюксуса для выравнивания и бинаризации.
В качестве небольшого утешения