Цитата: татиа от 02 Февраля 2010, 01:13:07

А я мамулю нашла!

Пошлю-ка я Вам свой сиквенс  Ну, самый полный, конечно.

Это хорошо, конечно. Только я использую бесплатную программу ClustalX, где выравнивание даже 4 полных сиквенсов J (взятых из GenBank) шло мучительно долго. В Меге эта же процедура занимает примерно минут 30.
Правда, у Fluxus выравниватель более быстрый и продвинутый, зато платный.
Есть еще утилита для выравнивания от Валерия, но мне так и не удалось увидеть ее в действии.

В какой форме посылать?

Я чуть позже дам знать

Я чуть позже дам знать

Хор.
Я еще других фэгээсов постараюсь подоставать...

Разумеется, можно. Только точная кластеризация по HVR1+HVR2 иногда под большим вопросом.
Кстати, ты не в курсе, насколько отличается формат FGS от используемого в Генетическом банке формата?

Проще всего спросить Яна Логана, он помогает подготовить FGS данные для засылки в ГенБанк. 
В принципе ничего сложного, можно освоить конвертирование самим.
Всех призываю посылать FGS туда.

Всех призываю посылать FGS туда.

napobo3, я Вас, конечно, слушаюсь, но интересно узнать почему призываете? .

Всех призываю посылать FGS туда.

napobo3, я Вас, конечно, слушаюсь, но интересно узнать почему призываете? .

Потому что ГенБанк - это серьезно. Не зависит от коммерческих фирм.
Что будет с митосерчем когда ФТДНА закроется?
Кроме того, не ни одной базы данных, которая содержит ФГС данные. Больше данных - больше возможности найти совпаденцев.

napobo3, гран мерси, весьма убедительно...

napobo3, гран мерси, весьма убедительно...

Да, и эти Генбанковские данные еще используются при написании серьезных научных исследований.
Так что, войдете в историю.

Так что, войдете в историю.

Вадим, в историю не очень хочется  , а вот науке послужить, типа, можно...
А Вы уже вошли?

Цитировать

Так что, войдете в историю.

Вадим, в историю не очень хочется  , а вот науке послужить, типа, можно...
А Вы уже вошли?

Нет, и вряд ли войду 

Обработал сегодня в Меге сегодня первых 7 полных жасминсовских митосиквенсов из Генбанка (код доступа к сиквенсу в Генбанку указан в начале заголовка каждого сиквенса).
В принципе на этот раз доволен своим результатом, так что жду от Вас FGS.
Выравнивание производилось прямиком в модуле Меге. Построил два дерева - по методу максимальной парсимонии и по методу maximum parsinomy bootstrap (в нем указана вероятность линка, т.е ветви в этом месте кладограммы).

Плюс статистика, расчитанная в той же Меге:


Maximum Composite Likelihood Estimate of the Pattern of Nucleotide Substitution [1]
ATCG
A-0.030.0415.17
T0.04-27.330.02
C0.0421.6-0.02
G35.670.030.04-
NOTE: Each entry shows the probability of substitution from one base (row) to another base (column) instantaneously. Only entries within a row should be compared. Rates of different transitional substitutions are shown in bold and those of transversional substitutions are shown in italics. The nucleotide frequencies are 0.309 (A), 0.247 (T/U), 0.313 (C), and 0.131 (G). The transition/transversion rate ratios are k1 = 1000 (purines) and k2 = 757.006 (pyrimidines). The overall transition/transversion bias is R = 346.627, where R = [A*G*k1 + T*C*k2]/[(A+G)*(T+C)]. Codon positions included were 1st+2nd+3rd+Noncoding. All positions containing gaps and missing data were eliminated from the dataset (Complete-deletion option). There were a total of 16568 positions in the final dataset. All calcuations were conducted in MEGA4 [2].


1. Tamura K, Nei M & Kumar S (2004) Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method. Proceedings of the National Academy of Sciences (USA) 101:11030-11035.
2. Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24:1596-1599.
Disclaimer: Although utmost care has been taken to ensure the correctness of the caption, the caption text is provided "as is" without any warranty of any kind. Authors advise the user to carefully check the caption prior to its use for any purpose and report any errors or problems to the authors immediately (www.megasoftware.net). In no event shall the authors and their employers be liable for any damages, including but not limited to special, consequential, or other damages. Authors specifically disclaim all other warranties expressed or implied, including but not limited to the determination of suitability of this caption text for a specific purpose, use, or application.

Table. Results from the Tajima test for 3 Sequences [1].
ConfigurationCount
Identical sites in all three sequences (miii)16541
Divergent sites in all three sequences (mijk)0
Unique differences in Sequence A (mijj)1
Unique differences in Sequence B (miji)2
Unique differences in Sequence C (miij)24
Note: The equality of evolutionary rate between gi|32894759|gb|AY339577.1| Homo sapie... and gi|32894773|gb|AY339578.1| Homo sapie... is tested using gi|32894787|gb|AY339579.1| Homo sapie... as an outgroup in Tajima' relative rate test in MEGA4 [1, 2]. The chi-2 test statistic was 0.33 (P = 0.56370 with 1 degrees of freedom). P-value less than 0.05 is often used to reject the null hypothesis of equal rates between lineages.


1. Tajima F (1993) Simple methods for testing molecular clock hypothesis. Genetics 135:599-607.
2. Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution 24:1596-1599.
Disclaimer: Although utmost care has been taken to ensure the correctness of the caption, the caption text is provided "as is" without any warranty of any kind. Authors advise the user to carefully check the caption prior to its use for any purpose and report any errors or problems to the authors immediately (www.megasoftware.net). In no event shall the authors and their employers be liable for any damages, including but not limited to special, consequential, or other damages. Authors specifically disclaim all other warranties expressed or implied, including but not limited to the determination of suitability of this caption text for a specific purpose, use, or application.

Вадим, послала в личку.
Если формат не подходит, - гоните мыло  .

Вадим, послала в личку.
Если формат не подходит, - гоните мыло  .

Я думаю, что лучше сначала отправить Логану, он уж точно подгонит FTDNA-вский сиквенс под формат Генбанка