23andMe чип v.4

[Srkz]

Загрузил данные на "GEDmatch". Сравнил этих же людей (один-на-один) - получилось 4,5 сМ (1 сегмент)!  Номера хромосом и участки совпадают.

Точно совпадает участок? Может, Gedmatch отрезал часть сегмента из-за нехватки снипов. В 23andMe можно увидеть границы участка и другие параметры с помощью инструмента Ancestry Tools -> Family Inheritance: Advanced , режим View in a table

[Srkz]

[Один в один совпадает! Причем "23andme"  на 10,8 сМ  указывает 1004 #SNPs, а "GEDmatch" на 4,5 сМ - 846 #SNPs

А какие границы-то численно (начало на ... конец на ... )? И на какой хромосоме?

[Srkz]

Да, загадка    Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.

[Srkz]

Т.е. то, что один из указанных людей тестировался уже по новому чипу V4 в данном случае не имеет значения?!

С наскоку разобраться не удалось, поэтому не могу сделать вывод, дело в новом чипе или в чем-то другом.

[I2a1a]

Да, загадка    Гедматч пользуется генетической картой от Rutgers University, и по ней усредненная вероятность рекомбинации на этом участке чуть больше 4 сМ. Координаты снипов совпадают с версией 23andMe, здесь расхождения быть не может. Но возможно, у 23andMe и более правильная карта - все же участок довольно длинный. Тут разве что специалисты-генетики могут ответить.

23andme использует генетические карты от HapMap, имеющие существенные рассхождения с картами Rutgers:


"We used the June 2006 version of the HapMap genetic map for estimates of genetic distance"

В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.


~ 42 999 806 62.8 cM
~ 53 000 000 75.09 cM

[Srkz]

В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.

Спасибо. Вот и компетентное разъяснение 

[I2a1a]

В последней версии генетической карты HapMap (phase III) генетическая дистанция (в сантиморганидах) между  локусами 45 000 000 - 53 000 000 составляет  ~ 13 сM.

Спасибо. Вот и компетентное разъяснение 

I2a1a, и  от меня спасибо! Только объясните, пожалуйста, что это означает в данном случае? И чьи результаты точнее (правильнее) - "GEDmatch" или "23andme"?!   Расхождение уж очень большое.

Что означает более правильные? Процесс создания генетических карт рекомбинации начался совсем недавно, а Вы требуете точности как в аптеке. Как мне кажется, эти карты будут переделываться еще много раз, по мере появления новой информации

[kirroid]

Что означает более правильные?

Т.е. чьи результаты - "GEDmatch" или "23andme" - более точные (пусть даже относительно) в данном контексте?

Я слышал от многих людей, что результаты сравнения на GEDmatch уж слишком оптимистичные. Думаю это из-за того, что при расчете дистанции учитываются куски размером меньше 5сМ.

[vnik]

Самое печальное в чипе V4 в том, что его трансферт в Family Finder FTDNA уже невозможен. Это означает, что тест Autosomal DNA Transfer FTDNA клиенты 23andMe в настоящее время могу не заказывать, поскольку в противном случае придется требовать возврата денег.

[Srkz]

Самое печальное в чипе V4 в том, что его трансферт в Family Finder FTDNA уже невозможен. Это означает, что тест Autosomal DNA Transfer FTDNA клиенты 23andMe в настоящее время могу не заказывать, поскольку в противном случае придется требовать возврата денег.

Это уже подтвержденный факт? Подозрения-то изначально были.

[vnik]

Это уже подтвержденный факт? Подозрения-то изначально были.

Прилагаю текст письма из техподдержки FTDNA в ответ на мой запрос, что не могу загрузить raw data с 23andMe на сайт FTDNA:
"Thank you for your email. Unfortunately, 23andme switched to the V4 chip, and we are discovering that it is not compatible with our Autosomal DNA Transfer. I would be happy to change your Autosomal DNA Transfer to a Family Finder, and you would owe an additional $30, or we can cancel the transfer and issue a refund of $67.
Ashley Coursey
Family Tree DNA
Information Specialist
713-868-1438" 

[Srkz]

Прилагаю текст письма из техподдержки FTDNA в ответ на мой запрос, что не могу загрузить raw data с 23andMe на сайт FTDNA:

Спасибо! Как и ожидалось, хотя была надежда, что придумают какой-то костыль.

[митохондрия]

Обидно. И при этом 23andme после проблем с FDA делают акцент именно на генеалогические исследования.
То есть ни здоровье и генеалогию как следует не делают.
Нужно ли заказывать к 23andme какие-то еще варианты?

[Елена Александровна]

Тут дело в совсем другом!  В данном случае "23andme" показывает длину УПСа как - 11 сМ, а у "GEDmatch" - длина того же УПСа - 4 сМ ! Разница достаточно существенная!

Так кому больше верить?

И если были сделаны аутосомы в прошлом году, нужно  ли всё равно лучше ещё сделать заказ и у FTDNA?

Кузена одна делала. Закачала обоих в Гедматч.
С одним вариантом  у меня сегментов больше, с другим меньше.

[митохондрия]

Гаплогруппы определили как R1a1a* и H11a.
По Geno2 у меня R1a1a1b2 Z93 и H11a1.

Ну так и ожидалось. Намеренно "затуплённый" продукт. В целях снижения себестоимости и ориентации на массового потребителя. Которому достаточно "буквы" и нарратива с картинками на одну страницу, а все тонкости с субкладами малопонятны.

Так что делать-то?
Я уже четыре набора заказала. Скоро придут...