АвторТема: Критерии ISOGG для признания снипов  (Прочитано 2385 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Критерии ISOGG для признания снипов
« : 05 Декабрь 2013, 10:53:18 »
ISOGG для принятия решения о признании снипа и размещении его на дерево, руководствуется следующими критериями:
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_SNP_Requirements.html

Кто-нибудь из форумчан проходил эту процедуру?
Прошу поделиться опытом.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #1 : 08 Январь 2014, 09:10:47 »
Цитировать
"Impending SNP Tsunami in 2014": Posting New SNPs to the ISOGG YBrowse

I believe this has not been or has only had very little discussion to date. All the "Tsunami in 2014" of new YDNA SNPs will need officially posted some where. I posed this question to Thomas Krahn who maintains ISOGG YBrowse database.

Q: "What is the process to get newly discovered SNPs ei FGC, S, and others added to the ISOGG YBrowser? I assume they have to be Sanger Sequenced as standard method to get them added?"

A: "No Sanger confirmation needed for Ybrowse. As you know I'm maintaining Ybrowse for ISOGG and I try to pool all the knowledge about new SNP positions in my database which is then synchronized with Ybrowse. I will upload everything that I get from a reputable source and where the owner (usually the person who was tested) gives me permission to make it Public. (emphases added) I am not interested in maintaining confidential information that is supposed to be released at a later time, though. Whoever wants his markers to show up on Ybrowse should send me an email (Thomas@tkrahn.com) with the marker information, preferably in a spreadsheet."

Unless someone wants to keep their Y Seq data private, this would be the best method to get it into the information pipe line.

MJost

https://www.facebook.com/groups/isogg/permalink/10152152956537922/

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #2 : 01 Май 2014, 19:13:42 »
Ray Banks пишет об изменении критериев:

Цитировать
Last night new listing criteria were posted for the ISOGG Y-DNA trees. http://www.isogg.org/tree/ISOGG_SNP_Requirements.html
I am not a spokesman for these, but I can provide an overview.
The old criteria provided only for adding mutations tested by Sanger sequencing (the $39 individualized test at Family Tree DNA and $35 at ySeq -- usual prices). The criteria never said Sanger sequencing, but in essence this was what was described.
The new criteria again allow for items from such testing, but have criteria also for items from next generation sequencing (such as Full Genomes and Big Y) as well as certain testing using chip genotyping as done in Geno 2.0 and Chromo 2.0.
The resulting tree is two in one. On the one hand items from Sanger sequencing or validations using tests such as Geno 2.0 are shown in normal font. But items from next generation sequencing are shown in italics. Some of the NG sequenced items are not amenable to Sanger sequencing and the criteria for these is consistent, quality reads.
Other changes include eliminating new insertions/deletions as submissions when alternatives are available and simpler wording. The criteria for a new terminal branch escaping being categorized as a private SNP has been reduced to at least 5 STR marker differences, instead of 7 in the two submitted samples. An alternative is a certain minimum number of unique unshared SNPs in the samples.
The ISOGG tree is in the process of being converted to a database system. Only one page has been fully converted to the new critieria. http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpG.html
Note that the older tree branches have many italicized items from NG sequencing, and the terminal branches in regular font have been confirmed by Sanger sequencing. In addition there are several S items that were validations by Chromo 2.0. microarray genotyping.
There are surely items from the new Family Tree DNA tree that will qualify, but there are problems integrating certain categories in a number of haplogroups with the many Sanger sequenced subgroups from the last two years which were excluded from the new FTDNA tree ... as well as with some traditional ones excluded from the FTDNA tree. In the case of haplogroup G, there is very good concordance between the selected items in the Family Tree tree and the ISOGG tree for the older root branches. This is not the case, for example, with haplogroups F and H where ISOGG has validated the info in recent studies and with feedback from external researchers involved in the early published trees moved the old F3 to a new H branch which is not yet recognized by Family Tree.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #3 : 01 Май 2014, 22:11:59 »
иссог это уже прошлый век

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +930/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #4 : 01 Май 2014, 23:44:05 »
иссог это уже прошлый век
Не смешите. ISOGG это сообщество и оно мобилизуется под текущие изменения. То что Вы наковыряли снипы в определенных гаплогруппах не отменяет всего ранее достигнутого.

П.С. Это примерно как сказать что Молген- это прошлый век.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +930/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #5 : 02 Май 2014, 01:03:11 »
Просто ISOGG это некоммерческая организация с самого начала.
А Вы сейчас с коммерческой подоплеки хотите заявить что все что ранее неторопливо было открыто - безнадежно устарело.  :o
При этом именно с этого некоммерческого и были построены азы. Естественно у Вас стимул другой.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #6 : 02 Май 2014, 12:54:21 »
Просто ISOGG это некоммерческая организация с самого начала.
А Вы сейчас с коммерческой подоплеки хотите заявить что все что ранее неторопливо было открыто - безнадежно устарело.  :o
При этом именно с этого некоммерческого и были построены азы. Естественно у Вас стимул другой.
успокойтесь, уважаемый.
то что я сказал это мое мнение. исогг малоповортолив, безнадежно отстал от реалий. какие "коммерческие подоплеки"? какой стимул? о чем речь то?
дерево исогг это одно из многих деревьев, которое увы не может конкурировать с другими по полноте информации, оперативности, акуальности, вот и вся подоплека.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #7 : 02 Май 2014, 12:55:20 »
Цитировать
То что Вы наковыряли снипы в определенных гаплогруппах
идите, "наковыряйте", пока только ляля

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Критерии ISOGG для признания снипов
« Ответ #8 : 01 Январь 2016, 17:48:15 »
Вот пример обновленного подхода к формированию дерева снипов ISOGG в 2016 году, предложенный Роем Бэнксом
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpG.html

Цветом выделяются четыре категории:
Not on 2015 tree - новые снипы, отсутствовавшие на дереве в 2015 году
Confirmed within subclade  - подтвержденные
Provisional  - предварительные
Investigational items with only approximate tree position - приватные снипы (фактически они будут отражаться по этому разделу)

Таким образом, любые качественные приватные снипы теперь можно помещать на дерево, в ожидании, что они когда-нибудь станут ветвеообразующими.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100