АвторТема: Generation of high-resolution a priori Y-chromosome phylogenies using “next-gene  (Прочитано 1550 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн smalАвтор темы

  • Сообщений: 1060
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Generation of high-resolution a priori Y-chromosome phylogenies using “next-generation” sequencing data
Gregory R Magoon, Raymond H Banks, Christian Rottensteiner, Bonnie E Schrack, Vincent O Tilroe, Andrew J Grierson
doi: 10.1101/000802

n approach for generating high-resolution a priori maximum parsimony Y-chromosome (“chrY”) phylogenies based on SNP and small INDEL variant data from massively-parallel short-read (“next-generation”) sequencing data is described; the tree-generation methodology produces annotations localizing mutations to individual branches of the tree, along with indications of mutation placement uncertainty in cases for which "no-calls" (through lack of mapped reads or otherwise) at particular site precludes a precise placement of the mutation. The approach leverages careful variant site filtering and a novel iterative reweighting procedure to generate high-accuracy trees while considering variants in regions of chrY that had previously been excluded from analyses based on short-read sequencing data. It is argued that the proposed approach is also superior to previous region-based filtering approaches in that it adapts to the quality of the underlying data and will automatically allow the scope of sites considered to expand as the underlying data quality (e.g. through longer read lengths) improves. Key related issues, including calling of genotypes for the hemizygous chrY, reliability of variant results, read mismappings and "heterozygous" genotype calls, and the mutational stability of different variants are discussed and taken into account. The methodology is demonstrated through application to a dataset consisting of 1292 male samples from diverse populations and haplogroups, with the majority coming from low-coverage sequencing by the 1000 Genomes Project. Application of the tree-generation approach to these data produces a tree involving over 120,000 chrY variant sites (about 45,000 sites if “singletons” are excluded). The utility of this approach in refining the Y-chromosome phylogenetic tree is demonstrated by examining results for several haplogroups. The results indicate a number of new branches on the Y-chromosome phylogenetic tree, many of them subdividing known branches, but also including some that inform the presence of additional levels along the “trunk” of the tree. Finally, opportunities for extensions of this phylogenetic analysis approach to other types of genetic data are examined.

Ссылка

Оффлайн sahaliyan

  • Сообщений: 427
  • Страна: 00
  • Рейтинг +90/-0
Good paper,so M is with P,what about S?Maybe M and S formed a branch,then grouped with P?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6219
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1085/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Good paper,so M is with P,what about S?Maybe M and S formed a branch,then grouped with P?

Они пишут, что ни одного образца гаплогруппы S в анализе не рассматривалось.
При этом, образец HG03742 (Indian Telugu from the United Kingdom) оказался с мутациями, которые выделяют его в отдельную гаплогруппу, которую они назвали Х.
Цитировать
the existence of a haplogroup (termed Hg-”X” here until a formal nomenclature can be assigned) upstream of the present haplogroup NO and parallel to the haplogroup “MP” (discussed above) under Hg-K(xLT).



Также ими подтвержден общий снип на уровне GHIJK
« Последнее редактирование: 26 Ноябрь 2013, 18:36:30 от Шад »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10080
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Good paper,so M is with P,what about S?Maybe M and S formed a branch,then grouped with P?

Они пишут, что ни одного образца гаплогруппы S в анализе не рассматривалось.
При этом, образец HG03742 (Indian Telugu from the United Kingdom) оказался с мутациями, которые выделяют его в отдельную гаплогруппу, которую они назвали Х.
Цитировать
the existence of a haplogroup (termed Hg-”X” here until a formal nomenclature can be assigned) upstream of the present haplogroup NO and parallel to the haplogroup “MP” (discussed above) under Hg-K(xLT).

Также ими подтвержден общий снип на уровне GHIJK
как они по 1 образцу HG03742 определили что есть новая ветка? ясен пень что у него есть приватные мутации.

зы статью не читал - ориентируюсь по вашему комменту
« Последнее редактирование: 26 Ноябрь 2013, 18:33:02 от Centurion »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6219
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1085/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
как они по 1 образцу HG03742 определили что есть новая ветка? ясен пень что у него есть приватные мутации.
зы статью не читал - ориентируюсь по вашему комменту

В статье указаны мутации
Цитировать
The data for HG03742 indicate that he is ancestral for the haplogroup NO defining SNPs  - M214, P188, P192, P193, P194, and P195.
However, he shares a number of mutations with the Hg-NO samples, as summarized in Table 3, with these mutations defining the Hg-”X” group. As is the case with Hg-”MP”, the position of Hg-S relative to this new “X” group cannot be determined here.
Table 3. Mutations defining Hg-”X”, upstream of Hg-NO. (italicized entries correspond to sites with more
than one mutation in the automatically-generated phylogeny)
GRCh37 position Mutation name(s)
3909630 T>C Z12216
7690182 A>T Z4842, M2308
8674808 C>T Z4858, M2313
9978055 C>A Z12176
21797754 T>C Z4952, M2339
23208284 G>A CTS11667
23617006 G>A F650, M2346

Оффлайн sahaliyan

  • Сообщений: 427
  • Страна: 00
  • Рейтинг +90/-0
Someone said NO and S shareF549 and F650,I don't know it's true or not

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
а данные доступны?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6219
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1085/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
а данные доступны?

Какие данные? Всё написано по материалам открытых проектов.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
ОК

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100