АвторТема: Проект R1a на YFull.com  (Прочитано 5843 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5486
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2873/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Проект R1a на YFull.com
« : 30 Октябрь 2013, 11:08:20 »
На сайте YFull появилась возможность создания тематических проектов для участников с полным сиквенсом.
В тестовом режиме создан публичный гаплогруппный проект R1a. В проект были добавлены образцы R1a из "1000 геномов", в количестве 87 (без STR), для возможности сравнения с ними участников проекта. Также в проект вступил первый участник с коммерческим полным сиквенсом.
Реализована возможность сравнивать все образцы по STR (более 470) и по всем известным снипам (более 40000), а также возможность сравнения всех образцов по любому участку Y-хромосомы.
Цели проекта: построение максимально точного и подробного филогенетического дерева всех субкладов R1a.
Для вступления в проект необходимо иметь "сырые" данные (файл с расширением ".BAM") полного сиквенса и учетную запись на сайте YFull.


Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8772
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #1 : 30 Октябрь 2013, 11:18:50 »
Замечательно

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5870
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2089/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #2 : 30 Октябрь 2013, 11:20:06 »
Поздравляю всех R1a!  :D

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1051
  • Рейтинг +148/-1
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #3 : 30 Октябрь 2013, 11:23:51 »
Semargl
Цитировать
На сайте YFull
...
 а как зайти туда?
« Последнее редактирование: 30 Октябрь 2013, 11:25:07 от пенелопа »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9787
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #4 : 30 Октябрь 2013, 11:27:06 »
Semargl
Цитировать
На сайте YFull
...
 а как зайти туда?
куда? на проект? http://www.yfull.com/groups/r1a/

Оффлайн Володимеръ

  • Сообщений: 622
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • भग: नसुपनयति
  • Y-ДНК: R1a-Y52*
  • мтДНК: W6a
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #5 : 30 Октябрь 2013, 12:48:53 »
На сайте YFull появилась возможность создания тематических проектов для участников с полным сиквенсом.

Отличная новость! Искренняя за нее благодарность Semargl'у!

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2329/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #6 : 30 Октябрь 2013, 15:42:41 »
Успеха!!!

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8662
  • Страна: kz
  • Рейтинг +835/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #7 : 30 Октябрь 2013, 15:53:32 »
Хороший проект.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2690
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #8 : 31 Октябрь 2013, 21:49:59 »
Там  2 гт с STR-маркерами. Определены ли значения STR-маркеров для остальных гт? Будут ли они на сайте проекта в открытом доступе? DYS447 из-за чего не смогли определить?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5486
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2873/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #9 : 31 Октябрь 2013, 22:35:50 »
Там  2 гт с STR-маркерами. Определены ли значения STR-маркеров для остальных гт? Будут ли они на сайте проекта в открытом доступе? DYS447 из-за чего не смогли определить?
Второй добавили для сравнения. Посмотрите на разницу самого качественного образца R1a из "1000 геномов" и простого коммерческого образца.
Разница в длине рида. Чем длинее рид (read = длина прочтения), тем лучше определяются все СТР. В образцах из FGC длина прочтения = 100bp. В образцах из "1000 геномов" встречаются строки длиной 30bp, 50bp, 75bp.
Можно долго рассказывать о технических нюансах, но вывод один - DYS447 почти не определяется при длине чтения в 100bp, но такая длина - разумный компромисс цена/качество, потому что тест с ридом в 250bp стоит в _разы_ дороже.

Маловероятно, что STR маркеры для остальных образцов из "1000 геномов" будут внесены в проект. Уж очень плохое качество у них. :(

Зато есть интересная новость для R1a (благодарности Вадиму и Роману) - есть один STR маркер, значение которого пока уникально только для R1a. Это DYS393 = 13.c. Букву после значения маркера можно считать снипом. Значение DYS393=13.c характерно для всех R1a, но отсутствует у R1b.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1051
  • Рейтинг +148/-1
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #10 : 31 Октябрь 2013, 23:05:31 »
Цитировать
Значение DYS393=13.c характерно для всех R1a, но отсутствует у R1b.
Самая первая мутация, значит, при разделении этих гаплогрупп?

Оффлайн SemarglАвтор темы

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5486
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2873/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #11 : 31 Октябрь 2013, 23:18:44 »
Цитировать
Значение DYS393=13.c характерно для всех R1a, но отсутствует у R1b.
Самая первая мутация, значит, при разделении этих гаплогрупп?
Необязательно. Эта мутация характерна для Z645 и L644, это говорит о том, что она произошла приблизительно около M417 или выше, но после разделения гг R1b и R1a.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1051
  • Рейтинг +148/-1
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #12 : 31 Октябрь 2013, 23:55:53 »
Не особенно внимательно слежу за изменением Древа. Вы имели в виду L664? (так на Вашем Рисунке). Т.е. DYS393=13.c вместе с М417, Z85, Y170-Y221. Очередность неизвестна. А тире между Y170-221 это количество снипов между ними? 

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2690
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #13 : 01 Ноябрь 2013, 03:42:56 »
Разница в длине рида. Чем длинее рид (read = длина прочтения), тем лучше определяются все СТР. В образцах из FGC длина прочтения = 100bp. В образцах из "1000 геномов" встречаются строки длиной 30bp, 50bp, 75bp.
Можно долго рассказывать о технических нюансах, но вывод один - DYS447 почти не определяется при длине чтения в 100bp, но такая длина - разумный компромисс цена/качество, потому что тест с ридом в 250bp стоит в _разы_ дороже.
Спасибо за пояснение.А можно кратенько о технических нюансах. Комплексные(составные) маркеры действительно длинные. За один раз не прочтёшь. Но FGS ЕМНИП делает 50 прочтений. В локусе DYS447 фактически 3 маркера с повторами ТААТА плюс 2 промежуточных повтора ТАААА, которые тоже считают. Используя эти промежуточные повторы, как ориентиры, можно определить все 3 маркера и сплюсовать всё. Или где-то в моих рассуждениях ошибка? Ведь локус DYS449 ещё длиннее.Там фактически 2 маркера разделённые промежутком в полсотни нуклеотидов. Его вы определили. Как я понимаю, посчитав обе части локуса и просуммировав их.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9787
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Проект R1a на YFull.com
« Ответ #14 : 01 Ноябрь 2013, 11:18:53 »
минуя техн подробности работы алгоритма (которые не разглашаются) вас устроит вариант >25 скажем? нельзя определить полное колво повторов, а обрезанное нет смысла выдавать, поэтому там X

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100