Обсуждение: The First Peopling of S.America: New Evidence from Y-Chromosome Hg Q

[asan-kaygy]

The First Peopling of South America: New Evidence from Y-Chromosome Haplogroup Q

Vincenza Battaglia, Viola Grugni, Ugo Alessandro Perego, Norman Angerhofer, J. Edgar Gomez-Palmieri, Scott Ray Woodward, Alessandro Achilli, Natalie Myres, Antonio Torroni, Ornella Semino

Received: May 14, 2013; Accepted: July 3, 2013; Published: August 21, 2013

Abstract

Recent progress in the phylogenetic resolution of the Y-chromosome phylogeny permits the male demographic dynamics and migratory events that occurred in Central and Southern America after the initial human spread into the Americas to be investigated at the regional level. To delve further into this issue, we examined more than 400 Native American Y chromosomes (collected in the region ranging from Mexico to South America) belonging to haplogroup Q – virtually the only branch of the Y phylogeny observed in modern-day Amerindians of Central and South America – together with 27 from Mongolia and Kamchatka. Two main founding lineages, Q1a3a1a-M3 and Q1a3a1-L54(xM3), were detected along with novel sub-clades of younger age and more restricted geographic distributions. The first was also observed in Far East Asia while no Q1a3a1-L54(xM3) Y chromosome was found in Asia except the southern Siberian-specific sub-clade Q1a3a1c-L330. Our data not only confirm a southern Siberian origin of ancestral populations that gave rise to Paleo-Indians and the differentiation of both Native American Q founding lineages in Beringia, but support their concomitant arrival in Mesoamerica, where Mexico acted as recipient for the first wave of migration, followed by a rapid southward migration, along the Pacific coast, into the Andean region. Although Q1a3a1a-M3 and Q1a3a1-L54(xM3) display overlapping general distributions, they show different patterns of evolution in the Mexican plateau and the Andean area, which can be explained by local differentiations due to demographic events triggered by the introduction of agriculture and associated with the flourishing of the Great Empires.

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0071390;jsessionid=FC11E1AF7650FDD9719FA46FE7DACBCC

спасибо.

[JaG]

Если не ошибаюсь, первый раз выложены почти полные гаплотипы из базы Соренсена - более 400 аборигенных американских образцов Q с 33-STRs (без палиндромных DYS385, DYS459, DYS464, YCAII) + SNPs.

[Nimissin]

В который раз показана полная несостоятельность т.н. эволюционной скорости мутаций 0.00069 на локус на поколение 25 лет.
Для Q-M3 получена оценка TMRCA 21-22 тыс.лет. Это при том, что: 1) заселение Америки произошло около 15 тыс.лет назад; 2) законы Гальтона-Ватсона о постоянном вымирании мужских линий никто еще не отменял; 3) бутылочные горлышки для ранних обществ были постоянным явлением. Авторы сами-то хоть поняли, что насчитали?
На самом деле TMRCA линии Q-M3 около 7 тыс.лет, в три раза моложе.

[Шад]

На самом деле TMRCA линии Q-M3 около 7 тыс.лет, в три раза моложе.

У меня тоже так получалось. И всегда меня этот результат ставил в тупик, так как слишком уж молодой становилась эта ветвь. Возможно, что и мы в рамках своих моделей что-то недоучитываем и истина где-то посередине: между 7 и 15 тлн. Но никак не на 22 тлн. 

[Farroukh]

Для Q-M3 получена оценка TMRCA 21-22 тыс.лет. Это при том, что: 1) заселение Америки произошло около 15 тыс.лет назад; 2) законы Гальтона-Ватсона о постоянном вымирании мужских линий никто еще не отменял; 3) бутылочные горлышки для ранних обществ были постоянным явлением. Авторы сами-то хоть поняли, что насчитали?
На самом деле TMRCA линии Q-M3 около 7 тыс.лет, в три раза моложе.

Уважаемый Нимиссин, Вы не планируете ли посвятить заселению Америки отдельную статью с собственными датировками?

[Nimissin]

Уважаемый Farroukh, я делал прикидки по 17-маркерным гаплотипам Q-M3. Получается 6-7 тысяч лет. Как это интерпретировать, не знаю. То ли неправильно считаем, как уже предположил уважаемый Шад, то ли на самом деле так. Нужно еще какое-то время для осмысления, может быть, появятся новые данные.

[Шад]

Уважаемый Farroukh, я делал прикидки по 17-маркерным гаплотипам Q-M3. Получается 6-7 тысяч лет. Как это интерпретировать, не знаю. То ли неправильно считаем, как уже предположил уважаемый Шад, то ли на самом деле так. Нужно еще какое-то время для осмысления, может быть, появятся новые данные.

У меня есть набор 67-маркерных...
Могу переслать, если уважаемый Nimissin готов над ними поработать.

[Nimissin]

Давайте посмотрим.

[VVR]

Советую не мучаться. Будет существенное занижение. Полтора года назад мы с Каржавиным пытались выяснить откуда постоянное занижение в методе Адамова-Каржавина (в других методах аналогично, но они хуже). Меняли условия моделирования, но ничего не нашли. На модельных выборках всё отлично.
Сейчас причина выяснена. Я при моделировании получил аналогичное занижение. Пытаюсь писать статью, только очень медленно.
Уже считал для своего субклада по своей новой методике здесь. В методике есть ещё некоторые нюансы, которые никем не учитываются.
До 1000, максимум 1,5 тыс. лет занижения ещё практически нет. Можно считать по-старому. С возрастом занижение увеличивается. Надеюсь моя методика позволит считать где-то до 15т.л. Глубже решения проблемы по STR пока не вижу.

[Nimissin]

Будем ждать статьи, уважаемый VVR.

[zastrug]

У меня тоже так получалось. И всегда меня этот результат ставил в тупик, так как слишком уж молодой становилась эта ветвь. Возможно, что и мы в рамках своих моделей что-то недоучитываем и истина где-то посередине: между 7 и 15 тлн. Но никак не на 22 тлн.

Интуитивно с вами согласен - истина где-то посередине.

[Nimissin]

Уважаемый Farroukh, я делал прикидки по 17-маркерным гаплотипам Q-M3. Получается 6-7 тысяч лет. Как это интерпретировать, не знаю. То ли неправильно считаем, как уже предположил уважаемый Шад, то ли на самом деле так. Нужно еще какое-то время для осмысления, может быть, появятся новые данные.

У меня есть набор 67-маркерных...
Могу переслать, если уважаемый Nimissin готов над ними поработать.

Сделал расчеты TMRCA генеалогической линии коренных американцев Q-M3 по единой методике ASD0. Средняя скорость мутаций определялась по современным данным "отец-сын" в зависимости от набора STR локусов расчетной выборки гаплотипов, интервал одного поколения 31.5 лет.

1. Battaglia et al. (2013). n = 335, 33 STR локуса, средняя скорость мутаций 0.00279. TMRCA = 7000 +/- 1200 лет.

2. Roewer et al. (2013). n менялся от 799 до 921 в зависимости от STR маркера ( в среднем 860), 15 STR локусов, средняя скорость мутаций 0.00264. TMRCA = 7000 +/- 1100 лет.

3. Regueiro et al. (2013). n = 71, 15 STR локусов, средняя скорость мутаций 0.00264. TMRCA = 7100 +/- 1600 лет.

4. Данные FTDNA, любезно присланные уважаемым Шадом. n = 83, 61 STR локус, средняя скорость мутаций 0.00226. TMRCA = 7900 +/- 1300 лет.
Примечание. Расчет может быть не совсем корректен, так как часть образцов М3 была предоставлена родственниками (судя по фамилиям).

5.Bortolini et al. (2003). n = 117, 6 STR локусов, средняя скорость мутаций 0.00148. TMRCA = 7800 +/- 1600 лет.

В пределах статистической погрешности все оценки согласуются друг с другом.



 

[Eugene]

Nimissin,
И как это согласуется с предполагаемым заселением 13-15 тыс. лет назад? 

[Centurion]

Nimissin,
И как это согласуется с предполагаемым заселением 13-15 тыс. лет назад? 

никак. потому что 7 тыс это только время общего предка для всех современных америндов M3
и все

[Nimissin]

Nimissin,
И как это согласуется с предполагаемым заселением 13-15 тыс. лет назад? 

Можно предположить, что популяции коренных американцев проходили ряд бутылочных горлышек. Это подтверждается и расчетами TMRCA гаплотипов Q-L54(xM3). Размеры выборок меньше, но возраст оценивается примерно как 8 тыс.лет назад.

Оценка времени общего предка гаплотипов Q-M3 и Q-L54 (xM3) методом выборочных пар 8.1 тыс.лет назад. Если это так, то у первых переселенцев Нового Света гаплогруппа Q-M3 вообще отсутствовала. Это более поздняя мутация, произошедшая через 7 тыс.лет.