Что такое гаплотип?

[Аббат Бузони]

Вадим Вернич откомментировал нашу дискуссию в своём блоге.
О понятиях ДНК-генеалогии и популяционный генетики (продолжение)

Очень благодарю. Очень интересно. Как я поняла, гаплотип просто сокращение от полного названия STR-гаплотип. Видимо, также и с термином гаплогруппа, под которым понимается SNP-гаплогруппа. Как я поняла, это сложилось исторически, но вот почему именно так мне не понятно.

STR это короткий тандемный повтор, набор нескольких таких повторов называется гаплотипом.

Гаплогруппа  — группа схожих гаплотипов (STR), имеющих общего предка, у которого в обоих гаплотипах имела место одна и та же мутация — однонуклеотидный полиморфизм (SNP).

[irenav]

Я спрашивала не то что такое гаплотип и гаплогруппа, их определения я знаю, и повторять не надо. А почему в генетической генеологии и в генетике эти понятия расходятся.

У меня есть собственная версия. Вначале в ген.генеологии эти понятия были как в генетике, потом STR гаплотипы потребовалось группировать  вокруг объективного критерия и этим критерием стали SNP.А поскольку такое происходило всегда, то уточняющие префиксы отпали и стали использовать просто термины гаплогруппа и гаплотип.
Насколько это правдоподобно?

[Аббат Бузони]

Я спрашивала не то что такое гаплотип и гаплогруппа, их определения я знаю, и повторять не надо.

Но отчего-то написали то, что написали выше.   

У меня есть собственная версия. Вначале в ген.генеологии эти понятия были как в генетике, потом STR гаплотипы потребовалось группировать  вокруг объективного критерия и этим критерием стали SNP.А поскольку такое происходило всегда, то уточняющие префиксы отпали и стали использовать просто термины гаплогруппа и гаплотип.
Насколько это правдоподобно?

Ну а на кой ляд все время писать Y-STR гаплотип? Или вы все время вместо слова город пишите "город - крупный населённый пункт, жители которого заняты, как правило, вне сельского хозяйства."?

[irenav]

Я спрашивала не то что такое гаплотип и гаплогруппа, их определения я знаю, и повторять не надо.

Но отчего-то написали то, что написали выше.   

Я написала свой вопрос и получила ответ ответ от уважаемого Шад. На что написала благодарность. От вас я на свой вопрос ответа не получала.

У меня есть собственная версия. Вначале в ген.генеологии эти понятия были как в генетике, потом STR гаплотипы потребовалось группировать  вокруг объективного критерия и этим критерием стали SNP.А поскольку такое происходило всегда, то уточняющие префиксы отпали и стали использовать просто термины гаплогруппа и гаплотип.
Насколько это правдоподобно?

Ну а на кой ляд все время писать Y-STR гаплотип? Или вы все время вместо слова город пишите "город - крупный населённый пункт, жители которого заняты, как правило, вне сельского хозяйства."?

Потому что в генетике есть STR-гаплогруппы  STR-гаплотипы SNP-гаплотипы SNP-Гаплогруппы

[smal]

Потому что в генетике есть STR-гаплогруппы  STR-гаплотипы SNP-гаплотипы SNP-Гаплогруппы

Вы еще забыли написать, что могут быть и комбинации того и другого: STR+SNP гаплотип, STR+SNP гаплогруппа. Что есть в генетике, есть и в молекулярной генеалогии. Так в чем проблема?

[Аббат Бузони]

Я написала свой вопрос и получила ответ ответ от уважаемого Шад. На что написала благодарность.

И?

От вас я на свой вопрос ответа не получала.

Получили, см. ниже

Вы написали вот это:

Видимо, также и с термином гаплогруппа, под которым понимается SNP-гаплогруппа.

И это не верно, поэтому я дал вам определение, которые вы типа знаете

Гаплогруппа  — группа схожих гаплотипов (STR), имеющих общего предка, у которого в обоих гаплотипах имела место одна и та же мутация — однонуклеотидный полиморфизм (SNP).

А в нем как можно заметить речь идет не только о SNP. Сложно признать этот факт?

Потому что в генетике есть STR-гаплогруппы  STR-гаплотипы SNP-гаплотипы SNP-Гаплогруппы

Т.е. вы можете показать на примере про STR-гаплогруппы и SNP-гаплотипы?

[smal]

Например, мой Y-SNP гаплотип: L150+, Z2105+, L277-, L584-.

[Аббат Бузони]

Например, мой Y-SNP гаплотип: L150+, Z2105+, L277-, L584-.

Неа, вы мне покажите где такая запись употребляется в генетике или еще где-нибудь кроме вашей записи.

[smal]

Ну вот вам с первой страницы Scholar Y-chromosome SNP haplotypes suggest evidence...

[Аббат Бузони]

Ну вот вам с первой страницы Scholar Y-chromosome SNP haplotypes suggest evidence...

Отлично, оценили количество работ с таким названием? 

А теперь давайте найдем Y STR haplogroup

[smal]

Оценил, их тысячи. Термин SNP гаплотип используется гораздо шире чем STR гаплотип. Большинство, конечно, занимается аутосомными гаплотипами, а не такой узкой областью как Y-хромосома.

Термин же STR гаплогруппа, конечно, не используется после введения номенклатуры наименования гаплогрупп по снипам. Однако, когда нет известных снипов, а устойчивые кластеры, выявленные по STRам есть, их также часто называют гаплогруппами (до выявления своих снипов). Например, N-P43-A и N-P43-E.

[Аббат Бузони]

Оценил, их тысячи. Термин SNP гаплотип используется гораздо шире чем STR гаплотип. Большинство, конечно, занимается аутосомными гаплотипами, а не такой узкой областью как Y-хромосома.

Вот именно, что аутосомными, а гг выросла в той отрасли поп.генетики. которая изучает однородительские гены, а там данная терминология представлена весьма скудно, вот и весь сказ.

Термин же STR гаплогруппа, конечно, не используется после введения номенклатуры наименования гаплогрупп по снипам. Однако, когда нет известных снипов, а устойчивые кластеры, выявленные по STRам есть, их также часто называют гаплогруппами (до выявления своих снипов). Например, N-P43-A и N-P43-E.

Тот же вывод.

[kbg]

Можно итог дискуссии по-русски?

[Аббат Бузони]

Гг в данном случае отталкивается от терминологии поп.генетиков.

[Людмила]

Все правильно написал  smal.