АвторТема: GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа  (Прочитано 74252 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
С помощью базы данных GED Match полиции США опять удалось поймать убийцу-насильника после 30-ти лет бузуспешного поиска:
https://www.gazeta.ru/science/2018/05/21_a_11758933.shtml

Оффлайн Feroce

  • Сообщений: 901
  • Страна: ru
  • Рейтинг +207/-0
    • Бессоновы/Безсоновы
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP6504->BY30750)
У gedmath нашлось мобильное приложение:

GEDmatch, Kirill Kudin
https://itunes.apple.com/ru/app/gedmatch/id1215112695?mt=8




А вопрос такой: как интерпретировать "total cM " и largest cM  в программе?
Полгода не заходил в приложение и сегодня обнаружил, что оно давно уже не обновляет совпадения и пропало из iTunes.
Может кто знаком с разработчиком приложения?

Оффлайн Станислава Терещенко

  • Сообщений: 6
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
Добрый день! У меня вопрос по поводу дистанций в Oracle и Оr4.  Насколько важно смотреть на дистанцию в различных калькуляторах? Например, в 3 калькуляторах мне выдаются довольно близкие и одинаковые названия и популяции, но самая ближайшие дистанции 5, 5,6,8,8,10 и тд тп.
То есть цифра изначально большая.
А на других калькуляторах самое близкое значение уже меньше, например 3 или 4, а в последнем калькуляторе  и самые дальние значение  ближе, чем в других калькуляторах первые.

Eurogenes EUtest
1 Southwest_Russian @ 6.464371
2 Estonian_Polish @ 7.435607
3 Ukrainian_Belgorod @ 7.441883
4 Kargopol_Russian @ 7.855106
5 Belorussian @ 7.979885
6 Erzya @ 8.210104
7 Russian_Smolensk @ 8.374781
8 Lithuanian @ 9.905124
9 Polish @ 11.475938
10 Ukrainian @ 12.687358

MDLP K23b
1 Russian-Upper-Volga_ @ 5.601648
2 Erzya_ @ 5.651031
3 Russian_Vologda_ @ 6.051419
4 Russian-North_ @ 6.228769
5 Russian_Meshtchyora_ @ 6.267435
6 Mordovian_ @ 6.591326
7 Russian_North_ @ 6.641616
8 Russian-West_ @ 7.419563
9 Finn_East_ @ 7.867873
10 Finnish_FIN_ @ 7.937615

Вот последние 2 калькулятора, тут все значения ближе, чем в парвых, значит ориентироваться на них? Первые калькуляторы мне не подходят?

MDLP World
1 Mordovian_V @ 3.954214
2 Ukrainian_V @ 5.097991
3 Ukrainian-Center @ 6.196055
4 Ukrainian-West @ 6.319921
5 Ukrainian-East @ 6.636633
6 Russian_cossack @ 6.644701
7 Russian_South @ 6.844413
8 Ukrainian @ 7.144650
9 Russian_V @ 7.579736

MDLP K16 Modern
1 Cossack_Kuban @ 3.795999
2 Russian_CentralRussia @ 4.228504
3 Russian_Tver @ 4.481949
4 Belarusian_Kobryn_Brest @ 4.498834
5 Russian_Kostroma @ 4.684186
6 Belarusian_East_EastBelarus @ 4.693571
7 Russian_CentralRussia @ 4.814293
8 Russian_SouthRussia @ 4.862890
9 Pole_Poland @ 5.004658
10 Russian_cossack_Kuban @ 5.062016
11 Ukrainians_east_EastUkraine @ 5.279266
12 Ukrainians_north_NorthUkraine @ 5.397770
13 Belarusian_Belarus @ 5.458704
14 Finn_WestFinland @ 5.798429
15 Ukrainian_Ukraine @ 5.808726
16 Erzya_Moksha_Mordovia @ 5.907428
17 Pole_Wroclaw @ 5.947031
18 Pole_WestPoland @ 6.199608
19 Belarusian_West_WestBelarus @ 6.215925
20 Ingrians_Ingermanland @ 6.484031

С этим вопрос. Дистанции важно учитывать независимо от калькулятора, например все дистанции во всех калькуляторах в пределах значения 5 к вам близки? Или в каждом калькуляторе важны не значения дистанции, а порядковый номер, ну допустим 1 десять популяций к вам близки?
Заранее большое спасибо за ответ!

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5466
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2241/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Дистанции важно учитывать независимо от калькулятора, например все дистанции во всех калькуляторах в пределах значения 5 к вам близки? Или в каждом калькуляторе важны не значения дистанции, а порядковый номер, ну допустим 1 десять популяций к вам близки?
Заранее большое спасибо за ответ!
Скорее второе. Вы ещё попробуйте сделать К36 и закинуть в тему с оракулами

Оффлайн Эллен

  • Сообщений: 19
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Добрый вечер!
Залила результаты аутосомного теста на Майхеритаж на Гедматч, кит DB5785495. Мама - северная русская, отец - узбек (таджик?), а по легенде - даже с арабскими корнями из селения Сайрам (в Казахстане, но не казахского, два часа от Ташкента). Так как по тем краям совпаденцев почти нет, сконцентрировалась на Оракулах. Из просмотренных все показывают далекие расстояния. И вдруг - Гедросия К-3, просто настолько идеально, что подозрительно. Вот так:

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Tajik @ 1.716648
2 Sindhi @ 2.601123
3 Pathan @ 3.128019
4 Pashtun_Afghan @ 4.424450
5 GujaratiA @ 4.473433
6 Kurd_SE @ 4.675029
7 Kshatriya @ 4.878806
8 Kalash @ 5.839139
9 Kashmiri_Pandit @ 6.002068
10 Uzbek_Afghan @ 6.189687
Потом так:
Using 2 populations approximation:
1 50% Finnish +50% Hazara_Afghan @ 0.000000
2 50% Hazara_Afghan +50% Mordovian @ 0.000000
3 50% Hazara_Afghan +50% Russian @ 0.000000
4 50% Kalash +50% Kashmiri_Pandit @ 0.000000
5 50% Kalash +50% Uzbek_Afghan @ 0.000000
6 50% Belarusian +50% Bengali @ 0.561672
7 50% Tajik_Pomiri +50% UP_Brahmin @ 0.574230
8 50% Adygei +50% Uzbek @ 0.577412
9 50% Burusho +50% Tajik_Pomiri @ 0.581835
10 50% Bengali +50% Estonian @ 0.710505
и вдруг вот так:
Using 3 populations approximation:
1 50% Abkhasian +25% Altaian +25% Kalash @ 0.000000
Подскажите, не глюк ли эти нули? Можно ли ориентирвоаться на этот оракул? Или стоит все же попробовать что-то другое? (Абхазия откуда в третьем - не понимаю). Арабов нет, значит про арабов легенда. Но, возможно, все же какие-то пришлые в них трансформировались...

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +149/-0
Добрый вечер!
Залила результаты аутосомного теста на Майхеритаж на Гедматч, кит DB5785495. Мама - северная русская, отец - узбек (таджик?), а по легенде - даже с арабскими корнями из селения Сайрам (в Казахстане, но не казахского, два часа от Ташкента). Так как по тем краям совпаденцев почти нет, сконцентрировалась на Оракулах. Из просмотренных все показывают далекие расстояния. И вдруг - Гедросия К-3, просто настолько идеально, что подозрительно. Вот так:

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Tajik @ 1.716648
2 Sindhi @ 2.601123
3 Pathan @ 3.128019
4 Pashtun_Afghan @ 4.424450
5 GujaratiA @ 4.473433
6 Kurd_SE @ 4.675029
7 Kshatriya @ 4.878806
8 Kalash @ 5.839139
9 Kashmiri_Pandit @ 6.002068
10 Uzbek_Afghan @ 6.189687
Потом так:
Using 2 populations approximation:
1 50% Finnish +50% Hazara_Afghan @ 0.000000
2 50% Hazara_Afghan +50% Mordovian @ 0.000000
3 50% Hazara_Afghan +50% Russian @ 0.000000
4 50% Kalash +50% Kashmiri_Pandit @ 0.000000
5 50% Kalash +50% Uzbek_Afghan @ 0.000000
6 50% Belarusian +50% Bengali @ 0.561672
7 50% Tajik_Pomiri +50% UP_Brahmin @ 0.574230
8 50% Adygei +50% Uzbek @ 0.577412
9 50% Burusho +50% Tajik_Pomiri @ 0.581835
10 50% Bengali +50% Estonian @ 0.710505
и вдруг вот так:
Using 3 populations approximation:
1 50% Abkhasian +25% Altaian +25% Kalash @ 0.000000
Подскажите, не глюк ли эти нули? Можно ли ориентирвоаться на этот оракул? Или стоит все же попробовать что-то другое? (Абхазия откуда в третьем - не понимаю). Арабов нет, значит про арабов легенда. Но, возможно, все же какие-то пришлые в них трансформировались...
Этот вопрос уже поднимался: у это калькулятора всего три компонента, отсюда и нулевые дистанции

Оффлайн Эллен

  • Сообщений: 19
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Добрый вечер!
Залила результаты аутосомного теста на Майхеритаж на Гедматч, кит DB5785495. Мама - северная русская, отец - узбек (таджик?), а по легенде - даже с арабскими корнями из селения Сайрам (в Казахстане, но не казахского, два часа от Ташкента). Так как по тем краям совпаденцев почти нет, сконцентрировалась на Оракулах. Из просмотренных все показывают далекие расстояния. И вдруг - Гедросия К-3, просто настолько идеально, что подозрительно. Вот так:

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Tajik @ 1.716648
2 Sindhi @ 2.601123
3 Pathan @ 3.128019
4 Pashtun_Afghan @ 4.424450
5 GujaratiA @ 4.473433
6 Kurd_SE @ 4.675029
7 Kshatriya @ 4.878806
8 Kalash @ 5.839139
9 Kashmiri_Pandit @ 6.002068
10 Uzbek_Afghan @ 6.189687
Потом так:
Using 2 populations approximation:
1 50% Finnish +50% Hazara_Afghan @ 0.000000
2 50% Hazara_Afghan +50% Mordovian @ 0.000000
3 50% Hazara_Afghan +50% Russian @ 0.000000
4 50% Kalash +50% Kashmiri_Pandit @ 0.000000
5 50% Kalash +50% Uzbek_Afghan @ 0.000000
6 50% Belarusian +50% Bengali @ 0.561672
7 50% Tajik_Pomiri +50% UP_Brahmin @ 0.574230
8 50% Adygei +50% Uzbek @ 0.577412
9 50% Burusho +50% Tajik_Pomiri @ 0.581835
10 50% Bengali +50% Estonian @ 0.710505
и вдруг вот так:
Using 3 populations approximation:
1 50% Abkhasian +25% Altaian +25% Kalash @ 0.000000
Подскажите, не глюк ли эти нули? Можно ли ориентирвоаться на этот оракул? Или стоит все же попробовать что-то другое? (Абхазия откуда в третьем - не понимаю). Арабов нет, значит про арабов легенда. Но, возможно, все же какие-то пришлые в них трансформировались...
Этот вопрос уже поднимался: у это калькулятора всего три компонента, отсюда и нулевые дистанции
Извините, а не могли бы пояснить?Сколько компонентов у других? Чем плохи три? Он из-за этого недействителен вообще? Просто читала, что для смешанных с востоком вроде как раз Гедросия подходит. И если он негоден, что посоветуете в моей ситуации?

Оффлайн Эллен

  • Сообщений: 19
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
В Гедросии к-12:
Метод наименьших квадратов.

Используя приближение 1 населения:
1 Узбекский @ 23,654602
2 Turkmen_Afghan @ 23,842463
3 греческий @ 29.614771
4 Turks_Istanbul @ 30.530478
5 Tajik_Pomiri @ 31,035761
6 Turks_Aydin @ 31,525496
7 Tajik_Afghan @ 32,017342
8 Turks_Balikesir @ 32.857937
9 Норвежский @ 33,087658
10 Uzbek_Afghan @ 33,609650
Мне это кажется слишком далеким.


Использование приближения 2 популяций:
1 50% норвежский + 50% узбекский @ 6.639793


Использование приближения 3 популяций:
1 50% норвежский + 25% узбекский + 25% узбекский @ 6,639


Приближение 4 популяций:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Финский + Греческий + узбекский + узбекский @ 4.799209
2 финский + греческий + туркменский афганский + узбекский @ 5.115442
3 греческий + литовский + пуштунский афганский + юкагирский @ 5.129591
4 греческий + литовский + пуштунский афганский + юкагирский @ 5.129591
5 эстонский + греческий + узбекский + узбекский @ 5.276757
6 эстонский + греческий + пуштунский афганец + юкагир @ 5.350933
7 эстонский + греческий + пуштунский афганец + юкагир @ 5.350933
8 греческий + литовский + таджикский афганец + юкагир @ 5.416470
9 греческий + литовский + таджикский_фганец + юкагир @ 5.416470
10-й юр.
Ну и узбекский хотелось бы разложить, так как отец говорил - мать его точно узбечка, а у отца арабская линия (предполагаю, что просто не узбекская, а откуда-то).
« Последнее редактирование: 23 Октябрь 2019, 22:57:33 от Эллен »

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +149/-0
Извините, а не могли бы пояснить?Сколько компонентов у других? Чем плохи три? Он из-за этого недействителен вообще?
Я не знаю с какой целью создавался этот калькулятор, но трех компонентов слишком мало, чтобы хорошо дифференцировать популяции.
Представьте если был бы калькулятор, который распределял бы компоненты по трем группам - европейцы, азиаты и африканцы.
В таком бы калькуляторе почти все европейцы имели бы по 100% европейского компонента, и для любого европейца Oracle выдавал бы нулевую дистанцию ко всем европейским популяциям.
Количество компонентов обычно в названии калькулятора, например, в Eurogenes K36 - 36 компонентов
« Последнее редактирование: 24 Октябрь 2019, 03:55:28 от Ankor »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100