GEDmatch.Com - инструменты для популяционного анализа

[FenriR]

я нашел, вероятно, оригинальную тему калька на антродженике:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&s=ac6fbb967cea4a4306261a36c78cb507

Что-то меня не пущають:

да, есть такое, надо зарегиться)

там уже за 40 страниц обсуждения, вот некоторые комментарии автора калька:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102449&viewfull=1#post102449

The Sintashta signal is solid and peaks at 100% in Sintashta, followed by NE Europeans in the 60-70% range. Also, just to remind everyone that your actual steppe derived ancestry would be greater than what you see under Sintashta, because some of the steppe ancestry is inferred through proxies such as caucasus.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102453&viewfull=1#post102453

Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102476&viewfull=1#post102476

Looking over the results of Europeans, I would say that the calculator has been more accurate than I had expected

результаты семьи одного норвежца (и не только)

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102468&viewfull=1#post102468

Код: [Выделить]

evon 
Senior Member

Location
Western Norway
Ethnicity
Norwegian
Nationality
Norwegian
Y-DNA
R1b-DF13*
mtDNA
U5b1b1(T16192C)

My family:

Me(23andme):
Population
S_INDIAN -
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 36.62%
SW_ASIAN 3.75%
W_SIBERIAN 0.68%
SE_ASIAN -
BALOCHI 4.94%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 41.86%
INDO_TIBETAN 1.01%
CAUCASUS 11.14%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -
Mother (FTDNA):
Population
S_INDIAN 2.16%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 35.77%
SW_ASIAN 2.63%
W_SIBERIAN 0.83%
SE_ASIAN -
BALOCHI 1.49%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 43.20%
INDO_TIBETAN 0.28%
CAUCASUS 13.10%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN 0.54%
Maternal Uncle(23andme):
Population
S_INDIAN 0.22%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 35.53%
SW_ASIAN 2.21%
W_SIBERIAN 0.82%
SE_ASIAN 0.98%
BALOCHI 4.63%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 41.00%
INDO_TIBETAN 0.84%
CAUCASUS 13.77%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -
Maternal grandmother(23andme):
Population
S_INDIAN 1.84%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 33.89%
SW_ASIAN 3.19%
W_SIBERIAN 0.69%
SE_ASIAN 0.54%
BALOCHI 4.63%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 41.29%
INDO_TIBETAN -
CAUCASUS 13.93%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -
Maternal great Uncle(FTDNA):
Population
S_INDIAN 0.21%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 34.86%
SW_ASIAN 3.37%
W_SIBERIAN 1.10%
SE_ASIAN -
BALOCHI 6.65%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 40.84%
INDO_TIBETAN 0.16%
CAUCASUS 12.81%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -
Paternal Aunt(23andme):
Population
S_INDIAN -
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 37.00%
SW_ASIAN 2.98%
W_SIBERIAN 0.42%
SE_ASIAN -
BALOCHI 3.66%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 42.54%
INDO_TIBETAN 1.63%
CAUCASUS 10.70%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN 1.06%

Some relatives of ours:


Norwegian Romani 1(FTDNA):
Population
S_INDIAN 1.58%
SUB_SAHARAN 0.51%
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 35.10%
SW_ASIAN 5.41%
W_SIBERIAN 1.16%
SE_ASIAN -
BALOCHI 4.55%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 40.48%
INDO_TIBETAN 0.45%
CAUCASUS 10.50%
E_AFRICAN 0.27%
E_SIBERIAN -

Norwegian Romani 2(FTDNA):
Population
S_INDIAN 2.36%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 34.34%
SW_ASIAN 3.96%
W_SIBERIAN 1.71%
SE_ASIAN -
BALOCHI 5.95%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 37.46%
INDO_TIBETAN -
CAUCASUS 13.59%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN 0.63%
Norwegian Romani 3(FTDNA):
Population
S_INDIAN 2.14%
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 31.54%
SW_ASIAN 6.95%
W_SIBERIAN 0.77%
SE_ASIAN -
BALOCHI 3.03%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 42.26%
INDO_TIBETAN -
CAUCASUS 13.30%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -

Russian Romani(23andme):
Population
S_INDIAN 25.41%
SUB_SAHARAN 0.31%
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 20.68%
SW_ASIAN 8.62%
W_SIBERIAN 1.55%
SE_ASIAN 1.07%
BALOCHI 10.12%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 14.62%
INDO_TIBETAN 0.50%
CAUCASUS 17.11%
E_AFRICAN -
E_SIBERIAN -
Western Norwegian(23andme):
Population
S_INDIAN -
SUB_SAHARAN -
EARLY_EUROPEAN_FARMERS 36.12%
SW_ASIAN 2.34%
W_SIBERIAN 0.96%
SE_ASIAN -
BALOCHI 5.60%
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS 41.97%
INDO_TIBETAN -
CAUCASUS 11.56%
E_AFRICAN 0.07%
E_SIBERIAN 1.37%

[сармат]

Single Population Sharing:

#   Population (source)   Distance
1   Turks_Istanbul   11.04
2   Kurds_N   11.11
3   Turks_Aydin   11.97
4   Turks_Kayseri   13.17
5   Kurds_C   13.4
6   Kurds_F   13.57
7   Turks_Adana   13.67
8   Kurds_E   13.79
9   Turks_Balikesir   14.26
10   Iranian   15.73
11   Armenian   15.83
12   Iraqi_Chaldeans   16.71
13   Iraqi_Arab_Baghdad   17.73
14   Assyrian   19.24
15   Iraqi_Mandaeans   19.42
16   Iraqi_Jew   20.36
17   Tajik_Afghan   23.48
18   Tajik_Pomiri   25.44
19   Turkmen_Afghan   26.06
20   Uzbek_Afghan   26.18

Значит осетину самые близкие курды и таджики - то есть ираноязычные этносы. Это хорошо.

[Arsen]

    Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

Ну вот, о чем и речь.

[Arsen]

Там кстати интересный белудж из Кашмира с R-Z282 и 26% белуджского компонента всего (при 7,5% Синташты) и 33% южно-индийского.

Как бы действительно Out of India-цы не оказались правыми, по итогу. 

UPD: хотя он из США, так что может мать у него коренная индусска. )

UPD2: еще американский курд с южно-индийскими компонентами:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102480&viewfull=1#post102480

еще курды (но с малой долей ЮИ - 3 - 5.5%):
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102489&viewfull=1#post102489

[FenriR]

    Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

Ну вот, о чем и речь.

в особенности это относится к западным европейцам:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102552&viewfull=1#post102552

Precisely what I expected. Since I did not use High WHG low ANE European pops to source allele frequencies, WHG is underestimated and ANE/Steppe overestimated in Europeans, especially W Europeans

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102556&viewfull=1#post102556

That is what I have mentioned. Sintashta does not account for all steppe ancestry in S and W Asians. Some steppe ancestry is inferred via proxies such as Caucasus and Balochi.
As expected Tajik Pomiris scored the highest Sintashta at around 25%

Там надо тему читать, может автор еще что-нибудь скажет.

[Yaroslav]

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102453&viewfull=1#post102453

Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

Так это сам автор калькулятора писал, получается? Тогда жаль, значит всё-таки искажённая картинка получается.

[Arsen]

Вот потому и сложно воспринимать аутосомные калькуляторы как надежное основание для выводов.

Если по технологии автора мне, например, приплюсовывать proxies-ных белуджей и Кавказ, как раз получается общеевропейские ~42%.

Но тогда при подобном подходе, чем западно-сибирцы хуже? А с ними результаты уйдут вообще за 65%. 

Игра в наперстки. )

[Yaroslav]

Стоп машина!

Как я и опасался:

Если, конечно же, в теме не появятся аутосомные экперты, и не скажут, что этот калькулятор - праздное времяпрепровождение

Вот такие новости:

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102453&viewfull=1#post102453

Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

в особенности это относится к западным европейцам:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102552&viewfull=1#post102552

Precisely what I expected. Since I did not use High WHG low ANE European pops to source allele frequencies, WHG is underestimated and ANE/Steppe overestimated in Europeans, especially W Europeans

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102556&viewfull=1#post102556

[FenriR]

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102453&viewfull=1#post102453

Sintashta in Europeans is exagerated, because I did not use western or NW European populations to source allele frequencies, since the goal for this calculator was something different. As a result non-Sintashta, non-EEF, and non-E Eurasian derived ancestry in Europeans is forced into the Sintashta component.

Так это сам автор калькулятора писал, получается? Тогда жаль, значит всё-таки искажённая картинка получается.

ага, но у него и цель была другая:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?5174-Post-your-Gedmatch-calculator-Gedrosia-12-results&p=102638&viewfull=1#post102638

Just to remind Europeans again, the oracles are not informative because of the lack of European populations. European Populations can be added to the oracle, but that will not cure the inherent limitation with the calculator, namely the lack of high WHG/ low ANE pops in sourcing allele frequencies.

My goal for this calculator was primarily gedrosian shared ancestry for W and S Asians.

тут, видимо, надо ждать, когда или Веренич или Поляко сделают новые кальки, заточенные под Европу или общие для Евразии)

[Yaroslav]

Там кстати интересный белудж из Кашмира с R-Z282 и 26% белуджского компонента всего (при 7,5% Синташты) и 33% южно-индийского.

Как бы действительно Out of India-цы не оказались правыми, по итогу. 

UPD: хотя он из США, так что может мать у него коренная индусска. )

Ох, и охота ж Вам нас в цыгане записать

Почему Вы думаете, что белудж из Кашмира - это эталонный индо-европеец? Даже если у него мама белудж (-ка?)

[Arsen]

Да меня больше собственные результаты волнуют:

6   BALOCHI   8.76
7   E_SIBERIAN   5.96
8   S_INDIAN   3.95
9   INDO_TIBETAN   3.42

Почти 9% белуджских, и совокупно за 7% индусских.

Это вот откуда? Столько башкир понаехать в Индию физически не могло. 

[FenriR]

Там кстати интересный белудж из Кашмира с R-Z282 и 26% белуджского компонента всего (при 7,5% Синташты) и 33% южно-индийского.

Как бы действительно Out of India-цы не оказались правыми, по итогу. 

UPD: хотя он из США, так что может мать у него коренная индусска. )

Ох, и охота ж Вам нас в цыгане записать

Почему Вы думаете, что белудж из Кашмира - это эталонный индо-европеец? Даже если у него мама белудж (-ка?)

кстати, у меня на 23andme есть лахоро-сринагарский (читай из Кашмира) "родственник"

[Yaroslav]

Если по технологии автора мне, например, приплюсовывать proxies-ных белуджей и Кавказ, как раз получается общеевропейские ~42%.

Но тогда при подобном подходе, чем западно-сибирцы хуже? А с ними результаты уйдут вообще за 65%. 

У меня тогда получалось

SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   47.40 + CAUCASUS   10.02 + W_SIBERIAN   3.17 + BALOCHI   1.18 = 61,77%

Почти 9% белуджских, и совокупно за 7% индусских.

Это вот откуда? Столько башкир понаехать в Индию физически не могло. 

Подбил свою Индию:

4   S_INDIAN   3.34
6   INDO_TIBETAN   1.21
7   BALOCHI   1.18
------------------------------------------

Итого: 5,73%

Джимми, Джимми, Джимми,
Ача, ача, ача (с)

[ankr21]

А как такие результаты объяснить? Кит F999917.
Population   
S_INDIAN   0.32%
SUB_SAHARAN   0.07%
EARLY_EUROPEAN_FARMERS   23.68%
SW_ASIAN   -   
W_SIBERIAN   1.18%
SE_ASIAN   -   
BALOCHI   -   
SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   73.58%
INDO_TIBETAN   -   
CAUCASUS   -   
E_AFRICAN   -   
E_SIBERIAN   1.17%

[Yaroslav]

SINTASHTA_STEPPE_HERDERS   73.58%

 

Жесть! Рекорд в моём списке Шиндлера Волкова однозначно поставили бы

Но, выше пишут, что калькулятор левый