Вопросы про гаплогруппу, субклады и снипы

[DC]

Например, по гаплотипу определена гаплогруппа R1a . 1) Какие снипы нужно исследовать (М417, Z280, ... ), чтобы уточнить гаплогруппу до R1a1b, затем до R1a1b1c и т.д. ? 2) По каким критериям необходимо выбирать для исследования снипы  с целью уточнения группы на субклады? 3) Существуют ли для конкретных гаплогрупп  соответствующие  только им наборы снипов (т.е. для R1a один, второй и третий снипы нужно проверить; для R1b   - пятый, седьмой и десятый; для J2- такие и сякие...) ?

[Mukovnikov]

Например, по гаплотипу определена гаплогруппа R1a1 . 1) Какие снипы нужно исследовать (М417, Z280, ... ), чтобы уточнить гаплогруппу до R1a1b1, затем до R1a1b1c1 и т.д. ? 2) По каким критериям необходимо выбирать для исследования снипы  с целью уточнения группы на субклады? 3) Существуют ли для конкретных гаплогрупп  соответствующие  только им наборы снипов (т.е. для R1a один, второй и третий снипы нужно проверить; для R1b   - пятый, седьмой и десятый; для J2- такие и сякие...) ?

2) предикция по STR-маркерам помогает в этом; чем больше маркеров, тем точнее предикция.
3) да, существуют.

[Lesla]

Например, по гаплотипу определена гаплогруппа R1a1 . 1) Какие снипы нужно исследовать (М417, Z280, ... ), чтобы уточнить гаплогруппу до R1a1b1, затем до R1a1b1c1 и т.д. ?

Нужно, чтобы гаплотип посмотрели специалисты. Для этого гаплотип должен иметь 37 или лучше 67 маркеров.
Если будет 37-67 маркеров можно еще посмотреть по списку совпаденцев в базе Семаргла. Кто близок и настолько, и к какой группе (снипу) они уже отнесены.
Напишите свой номер в ФТДНА и проект в котором гаплотип можно увидеть.
Если 17 маркеров из Гентиса, то забейте гаплотип в базу http://www.ysearch.org/

[DC]

Нужно, чтобы гаплотип посмотрели специалисты. Для этого гаплотип должен иметь 37 или лучше 67 маркеров.
Если будет 37-67 маркеров можно еще посмотреть по списку совпаденцев в базе Семаргла. Кто близок и настолько, и к какой группе (снипу) они уже отнесены.

Спасибо за ответ. Ясно: если гаплотип 12- или 17-маркерный - его сразу в мусорку и до определения 37-, 67-маркерного дёргаться не стоит. И, если в ФТДНА заказан 111-маркерный, то дождаться его (одновременно с ним, для экономии  времени, исследования  ни на какие снипы пока не заказывать) и далее эмпирическим путем, по совпаденцам в базе, перебирать подходящие снипы? Т.е. одновременно с тестом на гаплотип тесты на снипы  делать нельзя - преждевременно.

[Lesla]

Есть пара ветвей у R1a по которым спецы могут предсказать и по 12-17 маркерам. Но, если принять во внимание, что всего ветвей несколько десятков, то шанс оказаться в их составе крайне мал. Поэтому 37-67 маркеров предпочтительнее.
Я бы дождался сначала результатов по STR-маркерам, а уж потом, по необходимости или по желанию делал снипы.

[zastrug]

Спасибо за ответ. Ясно: если гаплотип 12- или 17-маркерный - его сразу в мусорку и до определения 37-, 67-маркерного дёргаться не стоит.

Не обязательно. 37 маркеров или 67 конечно же лучше и в большинстве случаев без 37 трудно что-то предполагать, но бывает и по-другому. Все зависит от того, какая гаплогруппа вам "выпадет".

И, если в ФТДНА заказан 111-маркерный, то дождаться его (одновременно с ним, для экономии  времени, исследования  ни на какие снипы пока не заказывать) и далее эмпирическим путем, по совпаденцам в базе, перебирать подходящие снипы?

На мой взгляд конечно же если заказано 111 маркеров, то лучше дождаться.
Эмпирический путь конечно возможен, но лучше будет, если вы как вам советовали продемонстрируете свой гаплотип на форуме. Вероятность попадания в нужный снип возрастет в разы.

[Farroukh]

Ясно: если гаплотип 12- или 17-маркерный - его сразу в мусорку и до определения 37-, 67-маркерного дёргаться не стоит.

Всё зависит от гаплогруппы. "У нас на раёне" иногда можно и по 12 маркёрам вычислить

[Andymeon]

А чтоб не играть в лотерею можно купить этот продукт http://shop.nationalgeographic.com/ngs/browse/productDetail.jsp?productId=2001246&gsk&code=MR20936

Вот тема  http://forum.molgen.org/index.php/topic,4536.msg148001.html#msg148001

[DC]

Всё зависит от гаплогруппы. "У нас на раёне" иногда можно и по 12 маркёрам вычислить

Акпер, не в том вопрос. По 12, 17, 25, 67, 111 маркерам базовую группу предиктор вычислит на 95-100 процентов без проблем. Но какова метода (критерии) выбора снипов для дальнейших уточнений субкладов?
Например, определили R1a. Какие снипы нужно проверить, чтобы стало R1a1b или 2b ? Проверили нужный снип, выяснили: R1a2b. Затем следующая итерация:  какие снипы нужно проверить на следующем этапе , чтобы стало R1a2b1с или 2с? И так далее, пока не будет достигнута "*", завершающая субклад.
Т.е., если верно разумею, должна существовать  некая таблица (матрица, древо) соответствий гаплогрупп и соответствующих им снипов: для группы R такой-то набор снипов нужно исследовать (прочие нет смысла проверять), для Е - другой, для J - третий, для  Q - четвертый... Вопрос в том, где эту таблицу (древо) соответствий групп, субкладов и определяющих их снипов можно наблюдать?

[Andymeon]

http://isogg.org/tree/index.html

[zastrug]

Например, определили R1a. Какие снипы нужно проверить, чтобы стало R1a1b или 2b ? Проверили нужный снип, выяснили: R1a2b. Затем следующая итерация:  какие снипы нужно проверить на следующем этапе , чтобы стало R1a2b1с или 2с? И так далее, пока не будет достигнута "*", завершающая субклад.

Не совсем так. Показываете свои 67 маркеров, вам советуют какой снип сделать. Может это сразу будет "конечный", возможный на данный момент снип. Но все это зависит от конкретного гаплотипа. Например мне уже на 12 маркерах предсказали мой снип Р-78+, ниже которого на данный момент не существует.

Т.е., если верно разумею, должна существовать  некая таблица (матрица, древо) соответствий гаплогрупп и соответствующих им снипов: для группы R такой-то набор снипов нужно исследовать (прочие нет смысла проверять), для Е - другой, для J - третий, для  Q - четвертый... Вопрос в том, где эту таблицу (древо) соответствий групп, субкладов и определяющих их снипов можно наблюдать?

Древо ISOGG http://www.isogg.org/tree/ISOGG_YDNATreeTrunk.html

[DC]

А чтоб не играть в лотерею можно купить этот продукт http://shop.nationalgeographic.com/ngs/browse/productDetail.jsp?productId=2001246&gsk&code=MR20936

Странно, но ни один из двух предлагаемых китов (1 для Европы и Австралии, 2 -для прочих стран) не предназначен для поставки в Россию.  Так прямо и пишут: Not available for shipment to Russia.

[пенелопа]

Странно, но ни один из двух предлагаемых китов (1 для Европы и Австралии, 2 -для прочих стран) не предназначен для поставки в Россию.  Так прямо и пишут: Not available for shipment to Russia.

В этом нет ничего странного, в России существует закон о невывозе биообразцов, если Вы читаете форум... дискуссии на этот счет рассыпаны везде и всюду

[Andymeon]

В России существует закон о невывозе биообразцов

Точнее...существует законодательная неопределенность, но прямого запрета для физ. лиц нет.

[DC]

Древо ISOGG http://www.isogg.org/tree/ISOGG_YDNATreeTrunk.html

http://isogg.org/tree/index.html

zastrug и Andymeon! Спасибо большое обоим за ссылки!    Именно эта информация интересовала.