АвторТема: Похромосомный вид  (Прочитано 1215 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн valera27Автор темы

  • Сообщений: 655
  • Страна: ru
  • Рейтинг +118/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Похромосомный вид
« : 31 Август 2013, 02:12:32 »
Не знаю, может мой вопрос дилетантский и я чего-то не догоняю...
Почему большинство калькуляторов (например все с Гедматча) при выборе похромосомных вариантов показывают процентную раскладку по ПАРЕ хромосом целиком?
И только Ancestry composition (23andme), Макдональд и мутный Интерпретом выдают этническую картину по КАЖДОЙ хромосоме из пары отдельно
А это может быть важно, особенно людям с неоднородным происхождением
Почему часть программ может рассматривать каждую хромосому в отдельности, а другие нет?
И есть ли еще какие калькуляторы с раздельными хромосомами кроме вышеназванных?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5377
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Похромосомный вид
« Ответ #1 : 31 Август 2013, 07:19:20 »
И только Ancestry composition (23andme), Макдональд и мутный Интерпретом выдают этническую картину по КАЖДОЙ хромосоме из пары отдельно
При генотипировании нельзя точно узнать, какой снип относится к какой хромосоме из пары. Вышеперечисленные просто строят предположения исходя из статистики. Однако если протестировать родителей, то можно отфазировать свои данные и действительно определить отцовскую и материнскую стороны. Но тогда уже логичнее анализировать самих родителей.
Если протестирован лишь один родитель, сгенерированный вариант для второго в калькуляторах может получиться странноватым.

Оффлайн valera27Автор темы

  • Сообщений: 655
  • Страна: ru
  • Рейтинг +118/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Re: Похромосомный вид
« Ответ #2 : 31 Август 2013, 11:29:55 »
1) То есть, если я в АС вижу, что в паре одна хромосома целиком восточноевропейская, а другая - без Восточной Европы, строить предположения, что первая (пример гипотетический) - от мамы, не имевшей известных примесей, а вторая - от отца, национальность бабушки которого точно неизвестна, не стоит? И "растащили" участки разного цвета по разным хромосомам только исходя из того, что так вероятнее?

2) Ладно, а хотя бы начало-конец хромосомы соблюдены? То есть снипы все-таки идут последовательно, в порядке "продвижения" по хромосоме, или результат выглядит, как в похромосомном варианте в Гедматче (т.е. на 2-ой хромосоме 20% Восточной Европы, 10% Южной Европы и т.д.), а расположение внутри хромосомы участков разного цвета 23andme "додумывает" опять же по собственному вкусу?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5377
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Похромосомный вид
« Ответ #3 : 31 Август 2013, 11:59:02 »
1) То есть, если я в АС вижу, что в паре одна хромосома целиком восточноевропейская, а другая - без Восточной Европы, строить предположения, что первая (пример гипотетический) - от мамы, не имевшей известных примесей, а вторая - от отца, национальность бабушки которого точно неизвестна, не стоит? И "растащили" участки разного цвета по разным хромосомам только исходя из того, что так вероятнее?
Ну почему, можно строить предположения. Все же вероятность не на пустом месте считается. Однако у меня после тестирования мамы картинку пересчитали заметно по-другому (хотя изменения не принципиальные).
Думаю, разделение "Целиком Восточная Европа"/"Целиком не Восточная Европа" должно определяться хорошо.
Цитировать
2) Ладно, а хотя бы начало-конец хромосомы соблюдены? То есть снипы все-таки идут последовательно, в порядке "продвижения" по хромосоме, или результат выглядит, как в похромосомном варианте в Гедматче (т.е. на 2-ой хромосоме 20% Восточной Европы, 10% Южной Европы и т.д.), а расположение внутри хромосомы участков разного цвета 23andme "додумывает" опять же по собственному вкусу?
Участки соблюдены и в 23andMe и в Gedmatch, просто в Gedmatch немножко другой подход, там пытаются показать более древние компоненты, чем в 23andMe

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 487
  • Страна: by
  • Рейтинг +244/-1
  • Y-ДНК: R1a-Y2902* - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H29* - Умань, Україна
Re: Похромосомный вид
« Ответ #4 : 23 Февраль 2019, 12:38:58 »
Я не особо разбираюсь в хромосомном браузере, но интересно сравнить 23andme и Gedmatch. На 6 хромосоме 23andme у меня ашкеназский участок - соответственно эта хромосома с отрывом на первом месте по итальянскому компоненту в Eurogenes K36 . Несмотря на тот факт что у меня на Gedmatch загружен аутосомный файл MH не а 23andme . То же самое и с другими экзотическими компонентами: греки/балканы в 23andme = Восточное Сридеземноморье в Eurogenes K36, южная Европа в 23andme = на первом месте по сравнению с другими хромосомами баски в Eurogenes K36.

Всегда думал что эти данные взяты с потолка для небольших %, шум, но если такие совпадения - может это что-то в этом есть.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100