"Редкий" может как врЕменный фактор, тот, что Вы указали - мало протестированных и в будущем, при увеличении базы, ситуация может улучшиться.
И также может означать, что возможно, в результате какого-то события, линия Y-днк, родственная Вам, существенно сузилась (а не разветвилась, как, к примеру, у других) и из-за этого Ваш гаплотип одинокий, в окружении других, далеких кузенов, и редок в основной массе R1b-P312. И тогда ситуация останется прежней.