YFull. Филогенетическое дерево Q.

[Шад]

YF04274 - это действительно научный образец.
Вы, кстати, поставили хороший вопрос. Я уточню у донора второго образца из этой ветви - участвовал ли он в анонимном сборе образцов для научных исследований? Если участвовал - то это объяснит уникальную близость по возрасту. Если нет - то действительно не исключено, что случайно нашлись достаточно близкие родственники.

Касательно образца из Перу. Не факт, что это индеец. Далеко не факт. Так как это научный образец, то у меня нет возможности взглянуть на аутосомы. Хотя, может уважаемый Srkz поможет. Может HG01944 проскакивал где-то.
Но с вероятностью 99% это образец человека, имеющего азиатских предков и прибывшего в Перу не позже 19 века.
В Перу существуют крупные японская и китайская диасапоры. Вспомните Альберто Фухимори. Вот и объяснение.

[Шад]

Я еще раз взглянул на приватные снипы обоих образцов ветви https://www.yfull.com/tree/Q-Y37165/
Полагаю, что TMRCA 75 лет может быть просто какой флуктуацией, связанной с анализом двух нестандартных по качеству / покрытию образцов.

YF11187: 0 - хорошего качества, 1 - приемлемого качества, 14 - неоднозначные, 100 - одно прочтение (!)
YF04274: 3 - хорошего качества, 6 - приемлемого качества, 26 - неоднозначные, 201 - одно прочтение (!)

Тем более, что вероятностный интервал выдает верхнюю оценку TMRCA в 350 лет, а 50 лет - это нижняя оценка.

[Srkz]

Касательно образца из Перу. Не факт, что это индеец. Далеко не факт. Так как это научный образец, то у меня нет возможности взглянуть на аутосомы. Хотя, может уважаемый Srkz поможет. Может HG01944 проскакивал где-то.
Но с вероятностью 99% это образец человека, имеющего азиатских предков и прибывшего в Перу не позже 19 века.
В Перу существуют крупные японская и китайская диасапоры. Вспомните Альберто Фухимори. Вот и объяснение.

Обработал файл - да, судя по всему, у человека один родитель из Китая, второй из Южной Америки.

[Шад]

Касательно образца из Перу. Не факт, что это индеец. Далеко не факт. Так как это научный образец, то у меня нет возможности взглянуть на аутосомы. Хотя, может уважаемый Srkz поможет. Может HG01944 проскакивал где-то.
Но с вероятностью 99% это образец человека, имеющего азиатских предков и прибывшего в Перу не позже 19 века.
В Перу существуют крупные японская и китайская диасапоры. Вспомните Альберто Фухимори. Вот и объяснение.

Обработал файл - да, судя по всему, у человека один родитель из Китая, второй из Южной Америки.

+100
А можно мне прислать анализ?

[Srkz]

А можно мне прислать анализ?

К36:
 46.87%  Amerindian         
  1.06%  Arabian             
  0.00%  Armenian           
  1.41%  Basque             
  0.00%  Central_African     
  1.93%  Central_Euro       
  0.01%  East_African       
 13.90%  East_Asian         
  0.00%  East_Balkan         
  2.54%  East_Central_Asian
  1.59%  East_Central_Euro   
  0.46%  East_Med           
  0.21%  Eastern_Euro       
  0.00%  Fennoscandian       
  0.75%  French             
  1.71%  Iberian             
 10.42%  Indo-Chinese       
  1.22%  Italian             
  0.00%  Malayan             
  0.27%  Near_Eastern       
  0.00%  North_African       
  0.02%  North_Atlantic     
  0.04%  North_Caucasian     
  0.01%  North_Sea           
  0.00%  Northeast_African   
  0.00%  Oceanian           
  0.01%  Omotic             
  0.05%  Pygmy               
  1.55%  Siberian           
  0.00%  South_Asian         
  0.02%  South_Central_Asian
 13.77%  South_Chinese       
  0.00%  Volga-Ural         
  0.00%  West_African       
  0.00%  West_Caucasian     
  0.19%  West_Med

Картинка по IBD-пересечениям (чукчи идут через америндский компонент)

[Виталий77]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

[Semargl]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20658

[Шад]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20658

Номер в исследовании у него DA221.
Откуда он - до момента публикации статьи в Nature будет неизвестно.
Образец положителен на часть снипов ветви https://yfull.com/tree/Q-YP1695/
Точное позиционирование увидим после обновления дерева YFull.

[Шиша Золтан]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20658

Номер в исследовании у него DA221.
Откуда он - до момента публикации статьи в Nature будет неизвестно.
Образец положителен на часть снипов ветви https://yfull.com/tree/Q-YP1695/
Точное позиционирование увидим после обновления дерева YFull.

Вы уверены, что YP1695?
Это было бы хорошей новостью. Где они его нашли? Еще не опубликовано?

[Шад]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20658

Номер в исследовании у него DA221.
Откуда он - до момента публикации статьи в Nature будет неизвестно.
Образец положителен на часть снипов ветви https://yfull.com/tree/Q-YP1695/
Точное позиционирование увидим после обновления дерева YFull.

Вы уверены, что YP1695?
Это было бы хорошей новостью. Где они его нашли? Еще не опубликовано?

Да, это точно.
YP1695+ BZ425+ BZ438+ Z513+ BZ427- Y31277- BZ543- BZ431-
Более подробный анализ будет позже.
Про происхождение этого образца тоже пока ничего не известно. Ждем публикации в Nature в мае.

[Шиша Золтан]

На уровне Q-L332 появился новичок: id:ERS2374408.
Из каких это данных..?

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20658

Номер в исследовании у него DA221.
Откуда он - до момента публикации статьи в Nature будет неизвестно.
Образец положителен на часть снипов ветви https://yfull.com/tree/Q-YP1695/
Точное позиционирование увидим после обновления дерева YFull.

Вы уверены, что YP1695?
Это было бы хорошей новостью. Где они его нашли? Еще не опубликовано?

Да, это точно.
YP1695+ BZ425+ BZ438+ Z513+ BZ427- Y31277- BZ543- BZ431-
Более подробный анализ будет позже.
Про происхождение этого образца тоже пока ничего не известно. Ждем публикации в Nature в мае.

Это хорошая новость.
Спасибо за ответ.

[Maks]

появился в уфулл образец из Монголии
https://yfull.com/tree/Q-YP771/

[Maks]

еще один
https://yfull.com/tree/Q-YP1102/

[Шад]

Это образцы из статьи Grugni et al., 2019
Оба отсюда - Mongolia/Khovd, оба - мингаты.

Отличная статья Виолы Гругни про распространение гаплогруппы Q

https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0622-4

    Research article
    Open Access

Analysis of the human Y-chromosome haplogroup Q characterizes ancient population movements in Eurasia and the Americas

    Viola Grugni†, Alessandro Raveane†, Linda Ongaro, Vincenza Battaglia, Beniamino Trombetta, Giulia Colombo, Marco Rosario Capodiferro, Anna Olivieri, Alessandro Achilli, Ugo A. Perego, Jorge Motta, Maribel Tribaldos, Scott R. Woodward, Luca Ferretti, Fulvio Cruciani, Antonio Torroni and Ornella SeminoEmail authorView ORCID ID profile

†Contributed equally
BMC Biology201917:3

https://doi.org/10.1186/s12915-018-0622-4

©  The Author(s). 2019

    Received: 1 October 2018Accepted: 21 December 2018Published: 24 January 2019

Abstract

Background

Recent genome studies of modern and ancient samples have proposed that Native Americans derive from a subset of the Eurasian gene pool carried to America by an ancestral Beringian population, from which two well-differentiated components originated and subsequently mixed in different proportion during their spread in the Americas. To assess the timing, places of origin and extent of admixture between these components, we performed an analysis of the Y-chromosome haplogroup Q, which is the only Pan-American haplogroup and accounts for virtually all Native American Y chromosomes in Mesoamerica and South America.

Results

Our analyses of 1.5 Mb of 152 Y chromosomes, 34 re-sequenced in this work, support a “coastal and inland routes scenario” for the first entrance of modern humans in North America. We show a major phase of male population growth in the Americas after 15 thousand years ago (kya), followed by a period of constant population size from 8 to 3 kya, after which a secondary sign of growth was registered. The estimated dates of the first expansion in Mesoamerica and the Isthmo-Colombian Area, mainly revealed by haplogroup Q-Z780, suggest an entrance in South America prior to 15 kya. During the global constant population size phase, local South American hints of growth were registered by different Q-M848 sub-clades. These expansion events, which started during the Holocene with the improvement of climatic conditions, can be ascribed to multiple cultural changes rather than a steady population growth and a single cohesive culture diffusion as it occurred in Europe.

Conclusions

We established and dated a detailed haplogroup Q phylogeny that provides new insights into the geographic distribution of its Eurasian and American branches in modern and ancient samples.

Обсуждение статьи в этой теме.

Образцы из статьи появились на YFull. Таблица по ссылке. 

[Maks]

Это образцы из статьи Grugni et al., 2019
Оба отсюда - Mongolia/Khovd, оба - мингаты.

Отличная статья Виолы Гругни про распространение гаплогруппы Q

https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0622-4

    Research article
    Open Access

Analysis of the human Y-chromosome haplogroup Q characterizes ancient population movements in Eurasia and the Americas

    Viola Grugni†, Alessandro Raveane†, Linda Ongaro, Vincenza Battaglia, Beniamino Trombetta, Giulia Colombo, Marco Rosario Capodiferro, Anna Olivieri, Alessandro Achilli, Ugo A. Perego, Jorge Motta, Maribel Tribaldos, Scott R. Woodward, Luca Ferretti, Fulvio Cruciani, Antonio Torroni and Ornella SeminoEmail authorView ORCID ID profile

†Contributed equally
BMC Biology201917:3

https://doi.org/10.1186/s12915-018-0622-4

©  The Author(s). 2019

    Received: 1 October 2018Accepted: 21 December 2018Published: 24 January 2019

Abstract

Background

Recent genome studies of modern and ancient samples have proposed that Native Americans derive from a subset of the Eurasian gene pool carried to America by an ancestral Beringian population, from which two well-differentiated components originated and subsequently mixed in different proportion during their spread in the Americas. To assess the timing, places of origin and extent of admixture between these components, we performed an analysis of the Y-chromosome haplogroup Q, which is the only Pan-American haplogroup and accounts for virtually all Native American Y chromosomes in Mesoamerica and South America.

Results

Our analyses of 1.5 Mb of 152 Y chromosomes, 34 re-sequenced in this work, support a “coastal and inland routes scenario” for the first entrance of modern humans in North America. We show a major phase of male population growth in the Americas after 15 thousand years ago (kya), followed by a period of constant population size from 8 to 3 kya, after which a secondary sign of growth was registered. The estimated dates of the first expansion in Mesoamerica and the Isthmo-Colombian Area, mainly revealed by haplogroup Q-Z780, suggest an entrance in South America prior to 15 kya. During the global constant population size phase, local South American hints of growth were registered by different Q-M848 sub-clades. These expansion events, which started during the Holocene with the improvement of climatic conditions, can be ascribed to multiple cultural changes rather than a steady population growth and a single cohesive culture diffusion as it occurred in Europe.

Conclusions

We established and dated a detailed haplogroup Q phylogeny that provides new insights into the geographic distribution of its Eurasian and American branches in modern and ancient samples.

Обсуждение статьи в этой теме.

Образцы из статьи появились на YFull. Таблица по ссылке. 

Около 3 тыс. мингатов расселено к северо-востоку от олётов, в Коб- доском аймаке. На востоке их кочевья доходят до берегов оз. Хара-Усу7 на юге до р. Кобдо, на севере до Намюра, где их соседями являются дэрбэты. Первоначально мингаты подчинялись ойратским ханам в Джунгарии, позднее были включены в состав халхаского Дзасакту-Хановского аймака, в сер. XVIII в. были поселены к северу от г. Кобдо. Отдельные авторы (Г. Н. Потанин) считали мингатов омонголившимися урянхайцами. Другие причисляли их к ойратам, совершенно не отличая от олётов. Сами мингаты считают себя пришельцами с востока, из местности Бустар- кура, где отделились от хотогойтов в количестве тысячи (минган) семейств, отсюда они якобы и получили свое название «мингат». Живя среди западных монголов, они испытывали их влияние. Некоторые ученые полагают, что этноним «мянгат» вероятно восходит к наименованию военно-административного деления XIII—XV вв. В материальной культуре, бытовой терминологии и отдельных обрядах мингатов есть черты, общие с халха-монголами.
l