GEDmatch Neandertal&Denisov Compare

[VVizard741]

На GEDmatch появился новый сервис:

[Srkz]

Хм. Я:
Neanderthal
Total SNPs in common: 685247
Match on at least one allele: 541556 (79%)
Match on both alleles: 327451 (47.8%)

Denisovian
Total SNPs in common: 685012
Match on at least one allele: 543736 (79.4%)
Match on both alleles: 330900 (48.3%)

В 23andMe мне показывают 2,9% неандертальских аллелей. Денисовцы и неандертальцы получили номера китов, то есть можно попробовать поискать с ними общие сегменты  , прогнать их через аутосомные калькуляторы и т.д

[Шад]

Denisovian (F999903)
Total SNPs in common: 710307
Match on at least one allele: 565852 (79.7%)
Match on both alleles: 355285 (50%)

Neanderthal (F999902)
Total SNPs in common: 710551
Match on at least one allele: 563276 (79.3%)
Match on both alleles: 351265 (49.4%)

Наверное у них просто разные подходы к измерению процента совпадений...

[Шад]

Денисовец имеет явно африканское происхождение

Magnus Ducatus Lituaniae Project MDLP World-22 Populations
Kit Number: F999903
 
Pygmy   27.63%
Atlantic_Mediterranean_Neolithic   0.19%
Indo-Iranian   0.18%
North-East-European   0.24%
South-African   30.78%
North-Amerind   0.47%
Sub-Saharian   38.28%
East-South-Asian   1.05%
Melanesian   0.09%
Paleo-Siberian   0.29%
Austronesian   0.80%

Из современных популяций далек от всех.

Biaka_Pygmies (derived)  34,09

Близкий его родственник неандерталец (F999902)

Population    
Pygmy   27.20%
North-European-Mesolithic   0.46%
Indo-Tibetan   0.16%
Atlantic_Mediterranean_Neolithic   1.31%
Samoedic   0.34%
East-Siberean   0.65%
North-East-European   1.55%
South-African   31.48%
North-Amerind   0.35%
Sub-Saharian   32.69%
East-South-Asian   2.16%
Paleo-Siberian   0.61%
Austronesian   1.04%

Отдельно отмечу с кем нет совпадения (вообще)
West-Asian
Mesoamerican   -   
Arctic-Amerind   -   
South-America_Amerind   -   
Indian   -   
North-Siberean
Indo-Iranian   - 
Near_East   -   
Melanesian   -   

[Srkz]

Наверное у них просто разные подходы к измерению процента совпадений...

В 23andMe брали аллели, которые есть у неандертальцев и неафриканцев, и которых нет у африканцев. Только почему денисовцы оказываются ближе?
Мои
Match on at least one allele: 541556 (79%)
Match on both alleles: 327451 (47.8%)
можно проинтерпретировать в 47,8% снипов полное сходство, а из оставшихся в 79-47,8=31,2% половинное сходство. Итого общее сходство 47,8+31,2 / 2 = 63,4% совпадающих снипов с неандертальцем и 63,85% с денисовцем. Совсем неплохо, с нигерийцем в 23andMe у меня 68,56% совпадений, с японцем 71,58%

[FenriR]

Итого общее сходство 47,8+31,2 / 2 = 63,4% совпадающих снипов с неандертальцем и 63,85% с денисовцем.

тоже самое.

[Centurion]

Denisovian
Total SNPs in common: 685037
Match on at least one allele: 534358 (78%)
Match on both alleles: 326341 (47.6%)

Neanderthal
Total SNPs in common: 685272
Match on at least one allele: 532271 (77.7%)
Match on both alleles: 323039 (47.1%)

[Centurion]

значит что вы тут самый денисовец из всех 

[SSlava]

#   Population   Percent
1    SOUTH_BALTIC    0.57
2    EAST_EURO    0.89
3    NORTH-CENTRAL_EURO    2.49
4    ATLANTIC    1.81
5    WEST_MED    0.63
6    ASHKENAZI    0.00
7    EAST_MED    0.00
8    WEST_ASIAN    0.00
9    MIDDLE_EASTERN    0.00
10    SOUTH_ASIAN    0.00
11    EAST_AFRICAN    0.00
12    EAST_ASIAN    2.91
13    SIBERIAN    1.50
14    WEST_AFRICAN    89.19


Pct. Calc. Option 2

1   Yoruba   100.00%
2   KZ   0.00%
3   NL   0.00%
4   DK   0.00%
5   West_&_Central_German   0.00%
6   NO   0.00%
7   English   0.00%
8   South_&_Central_Swedish   0.00%
9   Cornish   0.00%
10   North_Swedish   0.00%
Оказывается он был юрумбой по национальности?
 

[grimsvotn]

Denisovian (F999903) share for kit M021613:Total SNPs in common: 685037Match on at least one allele: 527134 (76.9%)Match on both alleles: 322103 (47%)

Neanderthal (F999902) share for kit M021613:Total SNPs in common: 685272Match on at least one allele: 525009 (76.6%)Match on both alleles: 318687 (46.5%)

[zea78]

Neanderthal (F999902) share for kit M100041:
Total SNPs in common: 685272
Match on at least one allele: 530473 (77.4%)
Match on both alleles: 321220 (46.9%)

Denisovian (F999903) share for kit M100041:
Total SNPs in common: 685037
Match on at least one allele: 533140 (77.8%)
Match on both alleles: 325065 (47.5%)

[SSlava]

East_Eurasian 38.41%
West_Eurasian -
Caucasian 30.26%
South_Asian 14.69%
Paleo_mediterranean 16.63%

Population (source) Distance
1 UZ (Uzbek) 21.81
2 NOG (Nogai) 30.22
3 BSHK (Bashkir) 42.27
4 TRK (Turk) 45.79
5 TTR (Tatar) 47.82
6 ASHK (Ashkenazi) 51.62
7 GRK (Greek) 53.83
8 KZK (Kazakh) 54.13
9 SIC (Sicilian) 54.67
10 CHU (Chuvash) 54.94
11 NOSS (North-Ossetian) 55.28
12 GGZ (Gagauz) 55.46
13 RMN (Romanian) 55.58
14 CITAL (Central-Italian) 55.61
15 UD (Udmurt) 55.85
16 MR (Mari) 56.11
17 KSV (Albanian) 56.42
18 CPR (Cypriot) 58.1
19 ADG (Adygei) 58.32
20 BLG (Bulgarian) 58.49

оказывается неандерталец узбек.

[grimsvotn]

оказывается неандерталец узбек.

http://www.nuz.uz/rubrik/detail/1337/4213/

[Шад]

оказывается неандерталец узбек.

А что это за калькулятор?
Я, честно говоря, тоже прогнал эти данные через калькулятор MDLP и у меня максимально близкими получались африканские народы. Насчет узбека - это какой-то курьёз.
В любом случае расстояние настолько велико, что результат вряд ли можно считать значимым.

[Srkz]

А что это за калькулятор?

Это MDLP K=5, там нет африканцев и специально написано "Калькулятор разработан исключительно для лиц европейского (допустимо евразийское - финно-уральское и алтайское) происхождения"