АвторТема: C3 — Новые SNP  (Прочитано 16875 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #75 : 04 Сентябрь 2014, 20:03:35 »
Starcluster делится на две древних гаплогруппы:
F3618+ (N114402 (Buryat) YF01724 YF01725 (Kazakhs Shanishkyly))
PF5843+ (338273  Kuzma Strigunenko from Russia)

Сравнил данные СНПы из RAW DATA


N114402  - F3618,Y,T,T
338273  -    F3618,Y,-,-    У Андрея просто данный СНП не прошел, вероятней всего тоже будет положительный

N114402 -  PF5843,Y,C,C
338273  -  PF5843,Y,T,C   -  спорный момент, первый раз положительно, второй отрицательно
Такое предполагал, но они все равно поделятся на две группы, поэтому смело поделил их...
Главное, что проверил, что эти SNP входят в сокращенные варианты чипа (12000 SNP)...
-- это делеция обычно, например, есть группа лиц, у которых длинная делеция (которые DYS448=0 и DYS589=0), так вот у всей этой группы, у всех целый ряд одних и тех же SNP --
Что касается результатов вроде TC, то это как правило (часто) какая-то мутация, потому что целая группа людей потом одно и тоже показывает (например, 30 чтений T 20 чтений C)
Исходя из выше написанного стало ясно, что они в любом случае поделятся на два древних кластера (видно даже по STR) и поэтому смело поделил их по этим SNP...

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #76 : 04 Сентябрь 2014, 20:10:03 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #77 : 04 Сентябрь 2014, 20:14:30 »
Вот пример мутаций вроде TC:
~500 чтений дают A ~500 чтений дают G сразу у двух человек одной гаплогруппы (общая мутация которой нету у других):

т.е. AG это мутация какая-то особенная, что секвенирование показывает то A то G
Аналогично в Geno 2.0 мутации вроде TC (целый ряд людей потом одно и тоже показывает)

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #78 : 04 Сентябрь 2014, 20:15:34 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #79 : 04 Сентябрь 2014, 20:20:52 »
Вот пример мутаций вроде TC:
~500 чтений дают A ~500 чтений дают G сразу у двух человек одной гаплогруппы (общая мутация которой нету у других):

т.е. AG это мутация какая-то особенная, что секвенирование показывает то A то G
Аналогично в Geno 2.0 мутации вроде TC (целый ряд людей потом одно и тоже показывает)

Это само собой понятно. тут данные не в виде позиции а конкретно СНП. 

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #80 : 04 Сентябрь 2014, 20:22:34 »
Ну вот в любом случае они делятся на две группы по двум SNP, чего и следовало ожидать по STR, тут спорить толком не о чем, осталось лишь подождать Big Y...

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #81 : 04 Сентябрь 2014, 20:23:09 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Так вопрос в том, делеция ли это.  Потому что я на скорую руку  у него 30 делекции посчитал.  Думаю тут вопрос в качестве.   Будем ждать BIG Y

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #82 : 04 Сентябрь 2014, 20:28:54 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Так вопрос в том, делеция ли это.  Потому что я на скорую руку  у него 30 делекции посчитал.  Думаю тут вопрос в качестве.   Будем ждать BIG Y
Вы как математик можете посчитать какова вероятность того, что это делеция, при том, что -- встречается только у групп людей с делециями, а у других людей в большинстве тестах из 12000 SNP ни одного "-- " ни у кого не встречаются и выйдет у вас цифра более 99%, что -- это делеция ;) иначе бы у каждого из 12 тысяч SNP встречалось бы несколько уникальных личных "--" чего нету...

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #83 : 04 Сентябрь 2014, 20:30:56 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Так вопрос в том, делеция ли это.  Потому что я на скорую руку  у него 30 делекции посчитал.  Думаю тут вопрос в качестве.   Будем ждать BIG Y
Вы как математик можете посчитать какова вероятность того, что это делеция, при том, что -- встречается только у групп людей с делециями, а у других людей в большинстве тестах из 12000 SNP ни одного "-- " ни у кого не встречаются и выйдет у вас цифра более 99%, что -- это делеция ;) иначе бы у каждого из 12 тысяч SNP встречалось бы несколько уникальных личных "--" чего нету...

т.е. вы хотите сказать что у него как минимум 30 мутации (и все дилекции) которые отличают его от других старкластеров?  ;D

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #84 : 04 Сентябрь 2014, 20:31:43 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Так вопрос в том, делеция ли это.  Потому что я на скорую руку  у него 30 делекции посчитал.  Думаю тут вопрос в качестве.   Будем ждать BIG Y
Вы как математик можете посчитать какова вероятность того, что это делеция, при том, что -- встречается только у групп людей с делециями, а у других людей в большинстве тестах из 12000 SNP ни одного "-- " ни у кого не встречаются и выйдет у вас цифра более 99%, что -- это делеция ;) иначе бы у каждого из 12 тысяч SNP встречалось бы несколько уникальных личных "--" чего нету...

т.е. вы хотите сказать что у него как минимум 30 мутации которые отличают его от других старкластеров?  ;D
Делеция это одна мутация срезающая регион

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #85 : 04 Сентябрь 2014, 20:34:54 »
Почему именно на эти СНПы считаете что субклады поделятся?  Я заметил в RAW DATA у Андрея многие СНП просто не прошли, что то качество Geno 2.0 падает с каждым разом. Давайте уж дождемся его BIG Y
Во-первых, потому что делеция тоже мутация в любом случае (что касается первого SNP), за вторую мутацию написал выше, а в-третьих, других делящих SNP в таблице нету, а делить их лучше сразу поделить...

Так вопрос в том, делеция ли это.  Потому что я на скорую руку  у него 30 делекции посчитал.  Думаю тут вопрос в качестве.   Будем ждать BIG Y
Вы как математик можете посчитать какова вероятность того, что это делеция, при том, что -- встречается только у групп людей с делециями, а у других людей в большинстве тестах из 12000 SNP ни одного "-- " ни у кого не встречаются и выйдет у вас цифра более 99%, что -- это делеция ;) иначе бы у каждого из 12 тысяч SNP встречалось бы несколько уникальных личных "--" чего нету...

т.е. вы хотите сказать что у него как минимум 30 мутации которые отличают его от других старкластеров?  ;D
Делеция это одна мутация срезающая регион

И? они не все одни за другим идут.  Просто давайте позже посмотрим что покажет BIG Y. 

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #86 : 04 Сентябрь 2014, 20:38:24 »
И? они не все одни за другим идут.  Просто давайте позже посмотрим что покажет BIG Y. 
А как должны идти? Вот удалился у моего дальнего предка участок ДНК на котором были DYS448 DYS589 и целый ряд SNP, после этого у меня (и дальних родственников с общим предком 2000 и более лет) в этих местах --, что является в том числе уникальным для нас признаком (у других то другие значения), что в этом необычного? В общем давайте действительно ждать Big Y и всё, а то в пустую так можно долго болтать и только время терять...

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #87 : 22 Декабрь 2014, 06:44:41 »
в Yfull после сравнения всё подтвердилось по ряду SNP, они делятся на два кластера как было указано в таблице...
В Yfull у двух FGC казахских Старкластеров насчитал 15 общих СНП, которые отрицательны в Big Y Стригуненко и насчитал 18 SNP Стригуненко, которые отрицательны у казахов
По STR два старкластера имеют разницу 0,094 а со Стригуненко разница у них  0,138 и 0,129 (среднее 0,1335) (это сравнимо с разницей FTDNA-111 на 10,434 между собой и 14,8185 с ним)
Т.е. примерный ориентир 1000 лет до общего предка двух казахов и более 1500 (~2000) лет до общего предка со Стригуненко...
Ещё подготовил большую сравнителюную таблицу гаплогруппы C (как обычно), но не успел вчера выложить, инша.аЛлаh вечером дома выложу...
« Последнее редактирование: 22 Декабрь 2014, 07:40:33 от Migifbug »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2124
  • Рейтинг +578/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #88 : 09 Февраль 2015, 14:50:03 »
Уважаемые форумчане, кто-нибудь может подсказать координаты на Y-хромосоме снипов:
NGC4,
NGC7?

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
« Последнее редактирование: 10 Февраль 2015, 05:35:39 от Migifbug »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100