АвторТема: C3 — Новые SNP  (Прочитано 15664 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #30 : 12 Ноябрь 2013, 21:28:02 »
Ну для нас F4002 новый СНП посмотрим как он поведёт в будущем. 
Вы себе Big Y будете заказывать? Кто WTY делал им купоны дают передаваемые ($50 скидка на Big Y), возможно у наших купоны есть (можно спросить)...

Я хотел, но Рэй Бенкс попросил меня подождать, до первых результатов.  Видимо хочет посмотреть на их качество.
А почему подождать просит? Ещё думаете о Full Genomes? Лично моё мнение, что по этим 10 mbp сливок все WTY и гуляли (и не только WTY, но и многие другие исследователи), ведь на сливки первым делом идут... а оставшиеся 13 mbp менее изучены и поэтому более интересны... у меня кстати на FGC вроде бы один купон остался если нужен будет...

сказал что 4ро заказали, хочет для начало посмотреть результаты.  Вообщем посмотрим. либо то любо другое что то да сделаю.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #31 : 14 Ноябрь 2013, 07:54:30 »
22636  Tanaka Japan, 1800s C3  C-M217 L1368+, L1369+, L1373+, M217+, P44+, Z1453+, F3918-, F978-, IMS-JST064562p13-, L1370-, L1371-, L1372-, M407-, M48-, M93-, P39-, P53.1-, P62-, Z1300-, Z1338-

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #32 : 14 Ноябрь 2013, 08:44:03 »
Predicted tree:
• C3 M217, P44, Z1453
• • C3a M93
• • C3b P62
• • C3c IMS-JST002613-27
• • C3d Z1338/F2613
• • • C3d1 Z1300
• • • • C3e1a M407
• • C3e L1373
• • • C3e1 F3918
• • • • C3e1a P39
• • • • C3e1b F1756 (DEL448cluster)
• • • C3e2 L1368, L1369
• • • • C3e2a P53.1
• • • • C3e2b F4002 (Starcluster)
• • • • • C3e2b1 P53.1
• • • • C3e2c M48
• • • • • C3e2c1 M77, M86, L1370, L1372
• • • • • • C3e2c1a1 L1367, L1371

Не выясненные положения
1. L1368, L1369 могут быть выше F3918 (в проверке)
2. Отношения между P53.1 и F4002 (гомоплазный P53.1)
3. Уровень L1370 и L1372 (могут оказаться выше M48 даже, не проверено)

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #33 : 22 Ноябрь 2013, 06:57:52 »
127238  Madraimov  F4002+, PK2-

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #34 : 09 Декабрь 2013, 07:19:36 »
22636  Tanaka Japan, 1800s C3  C-M217 L1368+, L1369+, L1373+, M217+, P44+, Z1453+, F3918-, F4002-, F978-, IMS-JST064562p13-, L1370-, L1371-, L1372-, M407-, M48-, M86-, M93-, P39-, P53.1-, P62-, Z1300-, Z1338-

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #35 : 29 Январь 2014, 12:27:34 »
Новые снипы, выявленные в результате обработки БАМ файлов статьи Lippold et al. (2014) в образцах С3с1-М77,М86.
Это три орочона (HGDP01204, 01206, 01208), два сибо (HGDP01247, 01250), один уйгур HGDP01302 - все из Китая.

Координаты указаны в GRCh37/hg19:

8 395 838 C -> T
8 480 384 G -> A
8 592 725 A -> G
15 043 282 A -> T
17 673 490 A -> G
21 053 145 A -> T
21 760 973 A -> T

Уровни снипов неизвестны, но эти мутации отсутствуют в образцах HGDP01205, 01230 - C3 старкластер. То есть в любом случае ниже L1373

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #36 : 29 Январь 2014, 12:30:13 »
Можно поподробнее что за статья?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #37 : 29 Январь 2014, 12:45:08 »

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #38 : 29 Январь 2014, 12:47:01 »
Спасибо.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #39 : 29 Январь 2014, 12:48:07 »
Уважаемый asan-kaygy, в статье и приложениях этих данных нет. Я сам их вытащил из ридов, содержащихся в БАМ файлах.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #40 : 29 Январь 2014, 12:49:29 »
Уважаемый asan-kaygy, в статье и приложениях этих данных нет. Я сам их вытащил из ридов, содержащихся в БАМ файлах.
Спасибо за информацию.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #41 : 02 Февраль 2014, 10:08:09 »

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 7959
  • Страна: kz
  • Рейтинг +695/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #42 : 02 Февраль 2014, 10:10:47 »
Новая версия дерева снипов С содержит большое количество новых снипов.

Оффлайн Gabriel

  • Сообщений: 241
  • Страна: kz
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: C3b2a [FTDNA: C3c] L1370, L1371, L1367 - alshin cls.
  • мтДНК: U2e1b1
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #43 : 02 Февраль 2014, 14:19:46 »
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpC.html

Не стоит пока безоговорочно в них верить. Рэй передал гаплогруппу С другому, если он раньше осторожно проверял, то новый просто внёс все рассматриваемые СНПы в древо в качестве драфта.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: C3 — Новые SNP
« Ответ #44 : 02 Февраль 2014, 14:34:48 »
Наибольшее число снипов в ветвях, затронутых измерениями проекта 1000 Genomes. Как я понимаю, добавили не только снипы серии  Z, но и серии К Youngmin JeongAhn (Чон-Ан из Южной Кореи).
https://sites.google.com/site/yhaptree/c

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100