Что там про шимпанзе написано и про ФТДНА? Я думаю, что есть предположительный геном общего предка людей полученный после сравнения полного секвенса разных отдаленных друг от друга людей, а так же думаю, что многие СНП в дереве перевёрнуты (что есть СНП+ и СНП- определено перевёрнуто) из-за чего невозможно правильно увязать между собой древние гаплогруппы в правильное дерево...
Оставим бедных макак в покое и вернемся к нашим
баранам гено2.
Причина всех "перевернутых" снипов заключается в использовании в качестве референсного файла, сиквенса от некоего "Франкенштейна", те взяли наиболее удачно получившиеся куски сиквенса от разных _современных_ людей и сшили в один. Сейчас, в качестве референсного файла hg19 aka build37 используется сиквенс человека с гаплогруппой R1b с включением огромного куска от гг G2. Например, есть сотни снипов уровня R, но при подходе, примененном в гено2, мы видим снипы, положительные у абсолютно всех гаплогрупп, но таинственным образом отрицательных для гг R. В целом, таких снипов тысячи.
Для того, чтобы определить предковое значение аллели, нужно всего лишь проверить значение этой аллели у гг A, B, G, E и сделать соответствующие выводы.
Дерево гаплогрупп строится достаточно легко и непротиворечиво, проблема только в том, что никто не хочет заняться проверкой этих снипов, включенных в чип гено2.
Хотя по идее, NG, которая предоставляет эти тесты, должна бы позаботиться о качестве предоставляемых услуг и делать выводы о "+" и "-" не в контексте сравнения с референсным файлом, а подходя комплексно, сверяя эти снипы хотя бы с десятком свободно доступных сиквенсов "старых" гаплогрупп. Но судя по всему, для NG главное продать тест, а качество интерпретации их не интересует.