АвторТема: Определение SNP мутации в Geno 2.0  (Прочитано 11629 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2682
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #30 : 20 Июль 2013, 07:31:30 »
Если бы ещё кто-нибудь дал кратенькую инструкцию, как смотреть. Я пробовал, но там огромные файлы,которые тормозят комп до невозможности.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #31 : 20 Июль 2013, 10:14:14 »
Цитировать
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
Самому смотреть, что в этом месте у шимпанзе. Если у Вас тоже, то Снип-, если отличается, то Снип+
Я уже писал, что я не потомок шимпанзе, прекратите пожалуйста... Если у Вас есть доказательства, что FTDNA в своей версии интерпретации выставляет СНиПы именно относительно шимпанзе, то приведите их пожалуйста

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #32 : 20 Июль 2013, 10:17:51 »
Цитировать
Я уже писал, что я не потомок шимпанзе
Естественно. Шимпанзе и современные люди - это две родственные линии от одного вида приматов, жившего миллионы лет назад.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #33 : 20 Июль 2013, 10:27:14 »
У меня пост и не буду спорить...
И эта тема не предназначена для этих споров вообще, здесь обсуждается как интерпретирует результаты Geno 2.0 и FTDNA, а не то, кто чей потомок, что является темой споров...

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5512
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2901/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #34 : 20 Июль 2013, 13:08:28 »
Если бы ещё кто-нибудь дал кратенькую инструкцию, как смотреть. Я пробовал, но там огромные файлы,которые тормозят комп до невозможности.
Мы добавили в YFull.com возможность проверить значение любого снипа из известных, а также аллель в любой позиции, в трех свободно доступных семплах, имеющих гаплогруппы: A0b, B2a1a и E1b1a1a1a.
Теперь легко можно будет узнать предковое значение в нужной позиции.
Логин и пароль отправил Вам в личку.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #35 : 01 Август 2013, 06:26:29 »
Geno 2.0 Y-Chromosome Genome Comparison
Отправил туда свои Geno 2.0 Raw Data, недавно получил результаты: http://itai.perez.free.fr/GenoCompare/
Судя по сводной таблице выходит, что Geno 2.0 довольно таки точный тест, а множество ошибок в основном ошибки интерпретации результатов при трансфере в FTDNA...
В Geno 2.0 raw data одни результаты, а после трансфера в FTDNA приходят немного другие результаты...

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #36 : 01 Август 2013, 08:06:47 »
Давно не смотрела эту тему. Разочарую Вас, естесственно, сравнивают с шимпанзе. Вот только что вышла статья (о ней рассказ в разделе о палеоДНК), в Материалах и Методах написано -... we acquired roughly five million SNPs...The genotypes for the Neanderthal and the Reference Human at these loci were provided (Green et al., 2010) as ancestral or derived based on comparison to P. troglodytes.
А Вы что думали?

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #37 : 01 Август 2013, 08:12:42 »
Давно не смотрела эту тему. Разочарую Вас, естесственно, сравнивают с шимпанзе. Вот только что вышла статья (о ней рассказ в разделе о палеоДНК), в Материалах и Методах написано -... we acquired roughly five million SNPs...The genotypes for the Neanderthal and the Reference Human at these loci were provided (Green et al., 2010) as ancestral or derived based on comparison to P. troglodytes.
А Вы что думали?
Что там про шимпанзе написано и про ФТДНА? Я думаю, что есть предположительный геном общего предка людей полученный после сравнения полного секвенса разных отдаленных друг от друга людей, а так же думаю, что многие СНП в дереве перевёрнуты (что есть СНП+ и СНП- определено перевёрнуто) из-за чего невозможно правильно увязать между собой древние гаплогруппы в правильное дерево...

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #38 : 01 Август 2013, 08:18:51 »

Вот взяла первый попавшийся снип V9 (оставшийся в комп.после работы над стаьей по снипам Перри). Много Вы видите различий в 100 нуклеотидной последовательности человека и шимпанзе? В позиции №50 в верхней строчки (человек) стоит G - это и есть снип V9.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #39 : 01 Август 2013, 08:20:05 »
"Перевернутость" - комплементарность цепей ДНК - не проблема для анализа.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #40 : 01 Август 2013, 08:24:54 »
Это просто сравнение организмов, тут нет ничего о методах интерпретации ФТДНА, так можно и мышь с человек сравнить, это не значит что ФТДНА интерпретирует СНиПы относительно мыши...

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #41 : 01 Август 2013, 08:28:19 »
Посмотрите на приведенную последовательность. Неужели остаются сомнения, что шимпанзе -родственник?

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #42 : 01 Август 2013, 08:32:40 »
Посмотрите на приведенную последовательность. Неужели остаются сомнения, что шимпанзе -родственник?
Я уже писал Вам, что не поднимал тему споров о родстве, а писал тут о методах интерпретации результатов ДНК в ФТДНА... Но если хотите узнать моё мнение о родстве с шимпанзе, то я уверен, что не родственники... если БМВ X5 и БМВ М5 сделаны из одинакового сплава металла с микро структурой схожей на 99%, то это не означает, что они родственники... чтобы увидеть, что у нас с шимпанзе очень много общего даже ДНК тест делать не нужно и так видно, но вот только мы совсем не родственники... И пожалуйста не поднимайте тему споров в этой теме, эта тема только об интерпретации результатов...

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5512
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2901/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #43 : 01 Август 2013, 08:58:23 »
Что там про шимпанзе написано и про ФТДНА? Я думаю, что есть предположительный геном общего предка людей полученный после сравнения полного секвенса разных отдаленных друг от друга людей, а так же думаю, что многие СНП в дереве перевёрнуты (что есть СНП+ и СНП- определено перевёрнуто) из-за чего невозможно правильно увязать между собой древние гаплогруппы в правильное дерево...
Оставим бедных макак в покое и вернемся к нашим баранам гено2.
Причина всех "перевернутых" снипов заключается в использовании в качестве референсного файла, сиквенса от некоего "Франкенштейна", те взяли наиболее удачно получившиеся куски сиквенса от разных _современных_ людей и сшили в один. Сейчас, в качестве референсного файла hg19 aka build37 используется сиквенс человека с гаплогруппой R1b с включением огромного куска от гг G2. Например, есть сотни снипов уровня R, но при подходе, примененном в гено2, мы видим снипы, положительные у абсолютно всех гаплогрупп, но таинственным образом отрицательных для гг R. В целом, таких снипов тысячи.
Для того, чтобы определить предковое значение аллели, нужно всего лишь проверить значение этой аллели у гг A, B, G, E и сделать соответствующие выводы.
Дерево гаплогрупп строится достаточно легко и непротиворечиво, проблема только в том, что никто не хочет заняться проверкой этих снипов, включенных в чип гено2.
Хотя по идее, NG, которая предоставляет эти тесты, должна бы позаботиться о качестве предоставляемых услуг и делать выводы о "+" и "-" не в контексте сравнения с референсным файлом, а подходя комплексно, сверяя эти снипы хотя бы с десятком свободно доступных сиквенсов "старых" гаплогрупп. Но судя по всему, для NG главное продать тест, а качество интерпретации их не интересует.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #44 : 01 Август 2013, 11:00:55 »
Цитировать
о методах интерпретации результатов ДНК в ФТДНА
Где-то на форуме была ссылка на презентацию Томаса Крана (человек, который возглавляет определение наших SNP и DYS в FT) осенью прошлого года о результатах по А00. Найдите ее, увидите, что последовательности человека сравнивают с шимпанзе и гориллой.
Щадя Ваши чувства, я больше писать об этом не буду. Думайте, как хотите.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100