АвторТема: Определение SNP мутации в Geno 2.0  (Прочитано 11628 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5512
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2901/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #15 : 16 Июль 2013, 21:16:23 »
Как их можно согласовать? Они - объективная реальность. Значит, с этими снипами в FT ошибки, также, как было с Перри.
Какая объективная реальность? :)
То что снип в этой позиции есть - объективная реальность, а то какая аллель предковая - вопрос интерпретации ;)
Вы знаете как искали снипы CTS? Отфильтровали сиквенсы на отличия от hg19 - все найденные отличия занесли в список снипов, без разбирательства где предковое значение, а где наследуемое.
ФТДНА перенесли эти снипы в свою базу, не разбирая где что. NG включили эти снипы в чип, также не разбирая. А вот потом началось самое интересное - начали строить дерево и косяки начали всплывать.
Именно по этой причине мы до сих пор не видим обещанного дерева от NG.
NG стали понемногу исправлять ошибки. Насчет ФТДНА неизвестно, может они исправили во внутренней базе, а вот ymap редко подвергается правкам. Обратите внимание, на то что на приведенном вами скриншоте написано в строке "comments" - вот это уже ошибка.
И еще раз: основные игроки отрасли должны согласовывать технические данные по снипам, а то есть случаи, когда под одним и тем же названием FTDNA и 23иЯ понимает совершенно разные снипы.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #16 : 16 Июль 2013, 21:48:57 »
Я обратила внимание, посмотрела на позицию и замену, да - по FT это синоним. Т.к. Browser последовательности сегодня не показывает, сама проверить не могу. И здесь что-ли ошибка?
Цитировать
То что снип в этой позиции есть - объективная реальность
Да, это имею в виду.
Цитировать
ФТДНА перенесли эти снипы в свою базу, не разбирая где что.
И я о том же.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #17 : 19 Июль 2013, 08:25:29 »
Где можно правильно расшифровать полученные Geno 2.0 результаты?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #18 : 19 Июль 2013, 08:26:46 »
Где можно правильно расшифровать полученные Geno 2.0 результаты?

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5845.0.html

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #19 : 19 Июль 2013, 08:28:35 »
Где можно правильно расшифровать полученные Geno 2.0 результаты?

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5845.0.html
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8767
  • Страна: gt
  • Рейтинг +742/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #20 : 19 Июль 2013, 09:27:51 »
Где можно правильно расшифровать полученные Geno 2.0 результаты?

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5845.0.html
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
сравнивать raw-data каждого.

Оффлайн MigifbugАвтор темы

  • Сообщений: 396
  • Страна: kz
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #21 : 19 Июль 2013, 09:34:33 »
Где можно правильно расшифровать полученные Geno 2.0 результаты?

http://forum.molgen.org/index.php/topic,5845.0.html
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
сравнивать raw-data каждого.
А есть интернет ресурсы предназначенные для этого? (База загруженных Raw дат)
« Последнее редактирование: 19 Июль 2013, 09:40:59 от Migifbug »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2682
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #22 : 19 Июль 2013, 09:52:37 »
Полная по Гено2 есть наверное у Гено2 и у ФТДНА. И то я думаю, они пока в ней до конца не разобрались. А в инете, кто-то из протестированных выкладывал свои файлы raw-data, но это редкость

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 512
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2682
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #24 : 19 Июль 2013, 13:44:13 »
Geno 2.0 Y-Chromosome Genome Comparison
Там мало. По R1a только три человека.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 512
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #25 : 19 Июль 2013, 14:33:17 »
Да - для внутригаплогруппного анализа, но этого достаточно, чтобы отсеять мутации высших уровней, а также мусор и нестабильные снипы.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1039
  • Рейтинг +148/-1
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #26 : 19 Июль 2013, 22:10:21 »
Цитировать
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
Самому смотреть, что в этом месте у шимпанзе. Если у Вас тоже, то Снип-, если отличается, то Снип+

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #27 : 19 Июль 2013, 23:24:24 »
Цитировать
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
Самому смотреть, что в этом месте у шимпанзе. Если у Вас тоже, то Снип-, если отличается, то Снип+

А почему именно шимпанзе имеет монополию на предковые аллельные значения? Их эволюция не касалась? Я согласен с тезисом, что предковые значения могут быть у недоступного нам для изучения общего предка человека и шимпанзе... Но брать за базу для сравнения шимпанзе также методологически неверно как и современного человека. ИМХО, конечно:)

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1387
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #28 : 20 Июль 2013, 02:10:39 »
Цитировать
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
Самому смотреть, что в этом месте у шимпанзе. Если у Вас тоже, то Снип-, если отличается, то Снип+
Лучше смотрите в 1000 геномах в трех семплах, по одному из гаплогрупп A, B, E(D). Так результат будет точнее.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5512
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2901/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Определение SNP мутации в Geno 2.0
« Ответ #29 : 20 Июль 2013, 07:18:05 »
Цитировать
Это не то, речь о первичке, где можно получить правильную интерпретацию по версии FTDNA (что SNP+, а что SNP-)
Самому смотреть, что в этом месте у шимпанзе. Если у Вас тоже, то Снип-, если отличается, то Снип+
Лучше смотрите в 1000 геномах в трех семплах, по одному из гаплогрупп A, B, E(D). Так результат будет точнее.
Согласен. Это единственно верный вариант.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100