Расчет MRCA для двух гаплотипов.

[Mich Glitch]

Хотелось бы, чтобы Вы озвучили ВБОП для двух гаплотипов из вопроса, положившего начало рассуждения на тему точно - не точно.
Просто число.

А по базе найти приближенцев и деревья построить Вам в голову не приходило?
Так об этом выше открытым текстом написано.

Вы себе сами противоречите. Любая оценка делается в какой-то выборке. Если выборка из 2 гаплотипов - одна оценка, если из 100 - другая.

Вы ветку проглядели?
Или просто так, за жизнь поговорить?
Про по выборке - это мой оппонент в клесовском ключе предлагает.
По мне, так и попарное сравнение вполне себе ничего.
Собственно это и есть суть дискуссии.

[Mich Glitch]

Про гомоплазию и модал - тоже смешно.
Даже удивительно, что не выплыл второй жупел - возвратные мутации.

То что модал близок к предковому гаплотипу - суть, ещё одно допущение. Которое может быть верное, а может быть нет.

Тут ещё и дополнительное допущение о равноскоростном мутировании (иными словами, уходу от предкового гаплотипа).

От того, что на одну умозрительную конструкцию взгромоздить другую - определённости больше не будет.

*** Сообщение это моё в ветке последнее.
Ну, ей-богу времени жаль на разжёвывания и пережёвывания.

[smal]

Да, прочитал.
Вы отрицаете целесообразность филогении, но ей весь мир занимается, а не Клесов. Зачем все так усердно дерево строят?
Оценка по 2 гаплотипам - это прекрасно, но если у вас есть выборка из 100, что лучше, оценивать ВБОП между 2 из 100 с учетом остальных 98 или нет?

[VVR]

По мне, так и попарное сравнение вполне себе ничего.
Собственно это и есть суть дискуссии.

Суть дискуссии в том, что я против того, чтобы Михаил вводил в заблуждение новичков.
Если бы он сказал, что предлагаемый им метод с применением утилиты FTDNA TiP очень приблизительный, не для всех случаев подходит, часто даёт существенно искажённые результаты, основан на устаревших данных по частотам мутаций (процитирую прим. от ФТДНА - "The FTDNATiP™ results are based on the mutation rate study presented during the 1st International Conference on Genetic Genealogy, on Oct. 30, 2004."), то я бы и не возражал.
Вместо этого, он пишет, что

Точнее всего Вы можете посмотреть сами в своём аккаунте ФТДНА. Вот инструкция.

Вот против "точнее всего" я и возразил. В этом суть дискуссии, если конечно это можно назвать дискуссией. Потому как за 6 страниц разговоров Михаил, кроме авторитета ФТДНА, не привёл ни одного аргумента в пользу того, что этот метод самый точный. Ни одного!
Если один из участников не приводит аргументов, то это уже не дискуссия, а троллинг с его стороны.

[VVR]

Совет обратиться к людям, которые в теме возрастов отдельных ветвей, звучит, как неуклюжая шутка.
Мы уже говорили про авторитеты.

Странно, Михаил. Когда Вам надо заказать снип для одного из своих гаплотипов, Вы обращаетесь к форумчанам, знатокам соответствующей гаплогруппы, а не пользуетесь в этом вопросе рекомендациями авторитетной ФТДНА, а такие рекомендации по снипам у неё есть для каждого кита на его личной страничке.  И правильно делаете. Потому как рекомендации ФТДНА основаны на давно устаревших деревьях, там нет новых актуальных снипов. И пользуются этими рекомендациями только заблудившиеся новички, которым никто вовремя не подсказал правильного решения. Почему же мой совет Вы воспринимаете как шутку?

[VVR]

Знаком ли Вам вот этот список филогенетических программ (ссылка)?

Here are 392 phylogeny packages and 54 free web servers, (almost) all that I know about.

А почему этих программ так много?

Хороший вопрос. (В русле моих доводов.) 

Докладываю.

Много их потому, так как ни один метод ни является 100% достоверным. Имеем бесконечное множество разновероятностных вариантов.

Вот тут абсолютно с Вами согласен. Хорошо, что Вы это понимаете.
А теперь попробую объяснить то, чего Вы очевидно не понимаете. Скорее всего не для Вас(Вы, я уже заметил это по Вашим ответам, всё равно мои сообщения в лучшем случае по диагонали читаете), а для тех, кто возможно зайдёт в эту тему и будет интересоваться вопросом.
Практически на каждом дереве могут быть филогенические элементы, которые достоверны если не на 100%, то на 99,9. Опытный глаз их и без программы видит и правильно определяет. Также могут быть элементы не 100%, но с явно высокой вероятностью. Их обычно тоже на глаз видно. Всегда есть элементы(таких большинство) для которых трудно оценить вероятность. Может быть много вариантов с примерно равной вероятностью. И тут как ни бейся, ни программа не даст надёжного варианта, ни в ручную его не получишь. Остаётся надеяться, что программа выберет какой-то вариант(или несколько вариантов, есть программы, дающие несколько вариантов), который в соответствии с заложенным алгоритмом посчитает наиболее вероятным.
И наконец, на дереве могут быть элементы, заведомо ошибочные, т.е. на 99,9% недостоверные. Из-за чего? Из-за того, что ни одна программа (я конечно не пробовал все программы, но если бы такая прога была, о ней бы уже известно было любителям ДНК-генеалогии) не умеет корректно обрабатывать сложные мутации - многошаговые, реклохи, палиндромные делеции и дупликации, нуль-делеции. Иногда это не сказывается существенно. иногда случайным образом получается почти правильно, но стабильно не умеют.
Итак, к чему я веду. От того, что построеные деревья не могут быть 100% достоверны никак не следует, что можно строить деревья с заведомыми ошибками, т.е. элементами дерева, которые на 99,9% недостоверны. А Вы ведь строите! Потому что не понимаете этого и когда я Вам объясняю, даже не пытаетесь понять.Если надо пример такого дерева, я приведу. На форуме оно есть. Причём ошибка не где-нибудь в стороне, а непосредственно на гаплотипе, который исследуется и ради которого и строилось дерево. Вы этого не понимаете совершенно и считаете, что это один из возможных равновероятных  вариантов. А в том то и дело, что невозможно. Потому что вероятность такого очень близка к нулю.
Аналогично, если нет ни одного абсолютно точного способа оценки ВБОП, не стоит применять упрощённый метод, который в некоторых случаях даёт заведомо недостоверный результат,  либо необходимо применить методы, позволяющие избежать таких случаев.

[VVR]

Про гомоплазию и модал - тоже смешно.
Даже удивительно, что не выплыл второй жупел - возвратные мутации.

Ещё одно свидетельство того, что
во-первых, Михаил читает мои сообщения по диагонали.
во-вторых, очень слабо разбирается в этих понятиях.
Я как раз писал и очень подробно о т.н. "возвратных мутациях". Термин неудачный, я называл это ненаблюдаемые мутации. Ненаблюдаемые мутации всегда имеют парное количество, т.е. в данном случае условно "прямая-возвратная". Но ненаблюдаемые мутации более широкое понятие.Они включают не только т.н."прямая-возвратная". Имено из-за ненаблюдаемых мутаций возникает такое явление, как гомоплазия. От того что эти понятия не нравятся Михаилу, они не исчезают.
Вот здесь, в этой же теме я уже писал о гомоплазии и о ненаблюдаемых мутациях.
В общем всё свидетельствует о том, что обсуждать эту тему с Михаилом бесполезно. Не понимает и понимать не хочет. Ну это его личное дело. Хочет оставаться в своих заблуждениях - пусть остаётся. Главное, чтобы других не втягивал в эти заблуждения.