Расчет MRCA для двух гаплотипов.

[VVR]

Точнее всего Вы можете посмотреть сами в своём аккаунте ФТДНА. Вот инструкция.

Михаил, извините, но про "точнее всего" это Вы конечно очень смело.
Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится. Всё очень приблизительно. Каждый случай слишком индивидуальный. Под одну инструкцию никак не подгонишь.

[Mich Glitch]

Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится.

Возможно.
В том смысле, что вероятностный характер представления кому-то кажется просто неточным. 
(Не буду в сотый раз повторять, что так же неточно и определение ВБОПов по филогении.)
Но если всё-таки говорить именно о попарных сравнениях (которые в основе всех методов), то наиболее точными, на мой взгляд, являются оценки ФТДНА.

[Mich Glitch]

Скажем, на неточных оценках (и только на них - других просто не имеется) базируется, к примеру, работа финансовых аналитиков.

[Mich Glitch]

Не вдаваясь в долгую дискуссию (не та тема, и времени жаль), констатирую, что глупейшее утверждение из клёсовского катехизиса о недопустимости попарных сравнений по прежнему многим кажется здравым.

Если попарное сравнение использует чистую статистику для оценок вероятности. Статистику, которая ни коим образом не лезет во внутренние процессы. Парадигма чёрного ящика (вход, отклик системы, неизвестные внутренние процессы).
То филогения пытается именно смоделировать внутренние процессы для предсказания выходных значений. При этом используется различная аксиоматическая база.

Пример:
Имеем мышь. Имеем ящик с лабиринтом.
Вопрос состоит в том, как скоро мышь из этого ящика выберется.
Проводя аналогию с попарными сравнениями даётся ответ, типа, с вероятностью в 75% мышь вылезет через 14 минут.
Филогения же предполагает попытку трассиировать передвижение мыши внутри ящика.

Мы не можем сказать, что один метод лучше, а другой хуже.

Они просто разные.

Увы, надо идти на работу.
Владимир, я Вас попрошу. Без всякой заносчивости. Не спрашивайте меня больше трагически, что-нибудь вроде такого, надеюсь, Вы понимаете, что данный метод грешит неточностями и т.п. ?
Прекрасно всё понимаю и постоянно держу в голове.

[VVR]

Согласен с Вами. Был не прав, когда выразился неаккуратно.

Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится.

Надо было так: "Про высокую точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится."
Поэтому Ваше выражение "точнее всего" считаю неуместным. На мой взгляд, оценки ФТДНА не являются наиболее точными, т.к. в них нет никакого индивидуального подхода. Есть однотипный шаблон. Другое дело, что индивидуальный анализ тоже не всегда может дать конкретные подсказки. И тогда приходится опираться на очень приблизительные общие расчёты.
Например, в данном случае гт Chojnacki явно склонен к внутриветочной гомоплазии. Т.е. реальная ген.дистанция скорее всего больше, чем та, которую мы наблюдаем. Надо искать того, кто реально ближе всего к исследуемуму гт 263660. Филогения тоже часто ненадёжна. Предложите способ. Иначе, все эти оценки ФТДНА, не более чем... Трудно подобрать точное выражение. Не профанация конечно, но часто оценка с существенными искажениями.
Всё это не значит, что нельзя сравнивать два гаплотипа, но надо искать способы учесть максимально возможно различные нюансы, влияющие на оценку.

[Mich Glitch]

Согласен с Вами. Был не прав, когда выразился неаккуратно.

Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится.

Надо было так: "Про высокую точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится."
Поэтому Ваше выражение "точнее всего" считаю неуместным. На мой взгляд, оценки ФТДНА не являются наиболее точными, т.к. в них нет никакого индивидуального подхода. Есть однотипный шаблон. Другое дело, что индивидуальный анализ тоже не всегда может дать конкретные подсказки. И тогда приходится опираться на очень приблизительные общие расчёты.
Например, в данном случае гт Chojnacki явно склонен к внутриветочной гомоплазии. Т.е. реальная ген.дистанция скорее всего больше, чем та, которую мы наблюдаем. Надо искать того, кто реально ближе всего к исследуемуму гт 263660. Филогения тоже часто ненадёжна. Предложите способ. Иначе, все эти оценки ФТДНА, не более чем... Трудно подобрать точное выражение. Не профанация конечно, но часто оценка с существенными искажениями.
Всё это не значит, что нельзя сравнивать два гаплотипа, но надо искать способы учесть максимально возможно различные нюансы, влияющие на оценку.

Поместил всю цитату целиком. А теперь начинаю крошить её фразу за фразой.

Согласен с Вами. Был не прав, когда выразился неаккуратно.

Про точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится.

Надо было так: "Про высокую точность при сравнении двух гт говорить вообще не приходится."
Поэтому Ваше выражение "точнее всего" считаю неуместным.

Вы и тут не правы.
Сравнительная степень применима и к малым величинам.
Есть два высокоточных метода, к примеру. Можно выделить, какой из них точнее, а какой похуже.

Так же уместно сравнение и двух методов малой точности. Они могут быть в равной степени плохи. А могут чем-то разнится.

Обычная логика.   

[Mich Glitch]

Владимир,
Ваши поправки похожи на то, когда человеку, уже открывшему кран с водой и засучившему рукава, напоминают о необходимости мыть руки.

На мой же взгляд, поправлять следует Вас. Потому как хромает понимание сути самых что ни на есть базовых основ.

Дабы не флудить тут, ответил в своей ветке.

[Mich Glitch]

На мой взгляд, оценки ФТДНА не являются наиболее точными, т.к. в них нет никакого индивидуального подхода. Есть однотипный шаблон.

Ошибочность суждений от первого слова до последнего.
Что значит индивидуальный подход?
Использование отдельных скоростей для каждого маркера, например, разве не подпадает под это определение?
К однотипному шаблону (боюсь предположить, что так Вы обзываете статистические методы и оценки) ещё вернусь в следующих постах.

А пока давайте просто выясним, под тем, какой смысл Вы вкладываете в понятие неточно.

Если, скажем, говорят: с доверительным интервалом 63.47% ВБОП не превышает 24 поколения, то Вы спотыкаетесь на всей фразе целиком, или у Вас вызывает неприятие именно цифра в 63.47%?

Очень жду Вашего ответа.

[Mich Glitch]

Есть однотипный шаблон. Другое дело, что индивидуальный анализ тоже не всегда может дать конкретные подсказки. И тогда приходится опираться на очень приблизительные общие расчёты.
Например, в данном случае гт Chojnacki явно склонен к внутриветочной гомоплазии. Т.е. реальная ген.дистанция скорее всего больше, чем та, которую мы наблюдаем. Надо искать того, кто реально ближе всего к исследуемуму гт 263660. Филогения тоже часто ненадёжна.

Дурной знак. Прозвучало слово гомоплазия. Не знаю почему именно этот термин так любят путающиеся в трёх соснах.   
Начну с конца.

Если использовать Вашу логику, то надо говорить, не филогения тоже часто ненадёжна, а  просто филогения тоже ненадёжна.

Обосновываю.

Постройте деревья Филипом, Муркой и ТНТ - он не будут полностью идентичными.
Помимо того, что они используют разные алгоритмы, они (программы) по разному отрабатывают один и тот же алгоритм.
Но это полбеды.
Для отработки используются разные аксиомы. Которые в данном случае, суть, допущения.
Чтобы мы не брали в качестве оптимальности, максимальную парсимонию ли, или максимальное правдоподобие, или ближайшее связывание, или минимальный спеннинг и т.д. и т.п. - всё это, повторю ещё разок громко, ДОПУЩЕНИЯ.

Это как если бы предположить, что лабораторная крыса выбирается из лабиринта кратчайшим путём.

Не задумывались от чего такое обилие методов и не один из них нельзя обозвать безусловно более предпочтительным, нежели другие?

Отвечу.

Потому, как ни один из них не даёт однозначного варианта.

Серьёзный исследователь, когда нет возможности сделать обычную статистическую обработку, лежащую, например, в основе такого надёжного и самого точного метода попарных сравнений, предпочитают рассмотреть множественность вариантов.
При этом они всегда держат в голове, что вариантов много и в лучшем случае этим вариантам можно дать какую-то вероятностную оценку. А в большинстве случаев - варианты равновероятностные.

То что АК называет причёсыванием, а Вы индивидуальным подходом, люди, знакомые с научной методологией, без обиняков обзывают подгонкой результатов.

[Mich Glitch]

Итак, разберём по слогам вот этот набор ошибочных утверждений:

Предложите способ. Иначе, все эти оценки ФТДНА, не более чем... Трудно подобрать точное выражение. Не профанация конечно, но часто оценка с существенными искажениями.
Всё это не значит, что нельзя сравнивать два гаплотипа, но надо искать способы учесть максимально возможно различные нюансы, влияющие на оценку.

Сначала напомню, о чём мы вообще тут. Об оценке ВБОПов. Чувствуете семантический нюанс? Не о расчёте ВБОПов, но всего лишь об оценке.

Для начала про филогению. Метод это совершенно не рассчитан для получения ВБОПов. Всё, что он пытается сделать, так это указать направления эволюционного развития.
Я далёк от того, чтобы подобно разочаровавшемуся Деникесу, или ВВ воскликнуть, что на филогении надо поставить жирный крест.
Эко загнули!
Филогения существовала до нынешнего развития генетики. Просто использовала другие маркеры. Например антропологические.
Надо просто ясно себе представлять область применения филогении.
И её лимиты.
То что вариант менее вероятен, вовсе не означает, что именно он не может быть верным.
Как там? Отброшенный камень ляжет во главу угла?

Последний пример - невозможность найти связующее эволюционное звено гоминидов. А также расхождения между предиктами классической и генетической палеонтологий.

Чем хороша филогения для генетической генеалогии?

а) Для выделения кластеров.
б) Для визуализации.

ВБОПы же лучше (это сравнительная степень) оценивать именно методом попарных сравнений.
Чуть дальше продолжу.

[Mich Glitch]

Я, когда использую Филипа, беру, или Фитч, или Китч, потому что, кто-то когда-то где-то вроде сказал, что они побыстрее.
Автора высказывания и его доводы не помню, а рефлекс остался.   
Метод же использую тот, что стоит по умолчанию. Вроде бы ближайшее связывание. Но не настаиваю.
Принцип прост. И так сойдёт. Особенно учитывая, что это равновероятностный вариант - один из многих. Или почти равновероятностный.

Когда использую Мурку, то это не в силу убеждения, что самоучка одиночка с русско-украинскими корнями может переплюнуть работу коллективов американских университетов; типа, как Задорныш рассказывает про тупых американцев и похваляется, знай, мол, наших.
Вовсе нет.
И не от того, что отдаю предпочтение поставленному в исходный скрипт методу максимальной парсимонии.
Просто из-за красивости. Красочно всё. Весёленько.

Выделили себе кластер. А ВБОПы прикинули либо попарно, либо группой. Типа каржавинской оценки методом ASD (которую, честно скажу, по, на мой взгляд, весомым причинам, никогда не использую; но это за рамками данной дискуссии).

[Mich Glitch]

Итак.
Что имеем в остатке?
С одной стороны, мэйнстрим оценок и представления ВБОПов методом попарных сравнений.
С другой, филогенетическое творчество разной степени подготовленности и увлечённости любителей. (Ещё раз подчёркиваю, тут я говорю только об использовании филогении для оценок ВБОПов.)

Можно по клёсовски обрушиться на непонятливых популяционных генетиков.
Можно предположить, что в компании, чью роль в развитии генетической генеалогии трудно переоценить, работают одни дураки и подтасовщики.
Ну, а можно хотя бы на секундочку усомниться в непоколибимой правильности своей позиции.

[Mich Glitch]

На этом дискуссию прекращаю.
Для меня такие гранды, как ФТДНА и Соренсон - авторитеты.
Для Вас кто-то другой.
Нормально всё.
Плюрализм.

Как говорится, кто живёт по Ильичу, ну, а кто по Гринвичу.   

Грудью вставать на защиту ФТДНА не собираюсь.
Времени жаль.
Да, и кто ФТДНА, и кто их ниспровергатели.


Без обид и с наилучшими пожеланиями,

Искренне Ваш

[Srkz]

Для меня такие гранды, как ФТДНА и Соренсон - авторитеты.
Для Вас кто-то другой.
Нормально всё.
Плюрализм.

Собственно, в этом вся суть долгой речи - апелляция к авторитетам. Ну не может в ваших глазах пан Рудич (или любой другой человек с постсоветского пространства) добиваться лучших результатов, чем любимая компания FTDNA. Не может по определению. Хотя FTDNA вовсе не ставит перед собой цели добиться максимально хорошего результата - зачем? Разработали стандартный подход, забили в программу - для массового пользователя подойдет. Это им не в укор, разумный прагматизм.

[Mich Glitch]

Если Вы восприняли только апелляцию к авторитетам - уже неплохо. 

*** Не знал, что и филогения Вам не безразлична.
Думал, только с этнокалькуляторами копаетесь.