Посоветуйте бесплатную программу для анализа методом Maximum Parsimony

[Alexei Kassian]

Здравствуйте. Подскажите, пожалуйста, в какой программе удобнее и проще делать анализ методом максимальной бережливости (Maximum Parsimony)?

- бесплатная
- под Win (x64)
- на вход NEXUS, на выходе NEWICK
- возможность бутстрепа

PAUP не проходит по первому условию.

[Mich Glitch]

на выходе NEWICK

Вот этот пункт обязателен?

[Mich Glitch]

на выходе NEWICK

Вот этот пункт обязателен?

Упс.

Отставить!

И это вот

- возможность бутстрепа

не пляшет.

Поумничать не получилось.   

[Alexei Kassian]

Существует программа MEGA, которая умеет всё перечисленное. Вот только непонятно, может ли она экспортировать полученные деревья как NEWICK (для последующей визуализации в FigTree и т.п.).

[kaa76]

Существует программа MEGA, которая умеет всё перечисленное. Вот только непонятно, может ли она экспортировать полученные деревья как NEWICK (для последующей визуализации в FigTree и т.п.).

Ответ в руководстве к программе MEGA, страница 45.

[Alexei Kassian]

Да, умеет делать newick.
very good.

[Alexei Kassian]

Или вот TNT, говорят, еще круче.

[Semargl]

Или вот TNT, говорят, еще круче.

Не соответствует Вашему условию: "- на вход NEXUS, на выходе NEWICK"
На выходе не всегда можно получить корректный NEWICK.
Для получения нормального ньюика мне пришлось писать свой конвертер из родного для TNT выходного формата TNTREE в NEWICK.