АвторТема: Полезные ссылки по аутосомным калькуляторам и другая информация  (Прочитано 18127 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн medvedma

  • Сообщений: 12
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
Всем спасибо! Всё скачала. А всё равно FAQ для совсем тупых по калькуляторам нужен, ничего не понимаю :(

Оффлайн varang

  • Сообщений: 2381
  • Страна: fi
  • Рейтинг +506/-4
    • Генографический проект "Чечерск и вся Гомельская область"
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777 (Беларусь)
  • мтДНК: H2a1-a2 (Украина)
Попробовал калькуляторы от Вадима (Веренича) на Гедматче для тещи (инкери-финка).
F348545
К23б совсем не подходит финнам  - пуэрто-рико и африканцев выдает.
Ворлд-22 - ОК - все верно показал - 1) инкери 2) финка 3) карелка и т.д.
« Последнее редактирование: 07 Октябрь 2014, 00:07:06 от varang »

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Попробовал калькуляторы от Вадима (Веренича) на Гедматче для тещи (инкери-финка).
К23б совсем не подходит финнам  - пуэрто-рико и африканцев выдает.
Ворлд-22 - ОК - все верно показал - 1) инкери 2) финка 3) карелка и т.д.
В K23b тоже финны, наверное, был какой-то сбой

Оффлайн varang

  • Сообщений: 2381
  • Страна: fi
  • Рейтинг +506/-4
    • Генографический проект "Чечерск и вся Гомельская область"
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777 (Беларусь)
  • мтДНК: H2a1-a2 (Украина)
Попробовал калькуляторы от Вадима (Веренича) на Гедматче для тещи (инкери-финка).
К23б совсем не подходит финнам  - пуэрто-рико и африканцев выдает.
Ворлд-22 - ОК - все верно показал - 1) инкери 2) финка 3) карелка и т.д.
В K23b тоже финны, наверное, был какой-то сбой

Отлично. Спасибо! :)

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
FTDNA выдает 2 файла по аутосомам. Данные из обоих файлов нужно предварительно слить в один - в  johndoe.csv  ?
Надо использовать любой один из двух файлов - b37 или b36. Для таких этнокалькуляторов они идентичны.
Цитировать
Цитировать
самые достоверные JTest и старый EUTest
Это они ?
Да, эти тесты имелись в виду (сейчас есть смысл запускать их вручную только в случае, если нежелательно загружать свои файлы аутосом на Gedmatch).
Лучше используйте К27 с оракулом четырех предков, лучшей проработки для Восточной Европы сейчас нигде нет (по крайней мере, в открытом доступе).

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Вы не поняли меня.
Нет, это вы написали про два файла аутосом, а хромосомы X и Y не относятся к аутосомам ;)
Цитировать
Данные из файла XO... .csv (по Х хромосоме) нужно предварительно объединить с другим файлом (FFO... .csv)  ?
Не нужно, используйте только аутосомный файл.
Цитировать
Результаты работы калькуляторов обсуждаются в какой теме ?
В профильных темах по проектам MDLP, Eurogenes и т.д.

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Я написал так, как они расположены на сайте. Если вы сделали вид что не поняли, то не надо переводить на меня и стараться поддеть. В любом случае некрасиво.
Некрасиво бурчать на людей, которые вам помогают, хотя совершенно не обязаны этого делать. Вы написали "FTDNA выдает 2 файла по аутосомам.", и FTDNA действительно выдает два аутосомных файла и два файла X-хромосом. То есть ответ был ровно на тот вопрос, который задан. Совет на будущее - не требуйте с недовольным видом от окружающих, чтобы они читали ваши мысли, вместо того, чтобы понятным образом их формулировать. Многих это раздражает. Всего хорошего :)

Оффлайн MaximN88

  • Сообщений: 72
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
Не могу запустить калькулятор K27. После ввода команды system('DIYDodecadWin dv3.par') в программе R она пишет: работающая команда 'DIYDodecadWin dv3.par' имеет статус 127. Переименовывал файл test.par в DIYDodecadWin dv3.par. Не помогает. Запускал команду как system('test.par') - не помогает. ОС XP Home SP3/ Помогите :(

Оффлайн Roaring

  • Сообщений: 527
  • Рейтинг +96/-1
  • Y-ДНК: R1b-DF99
  • мтДНК: U5b1e
Не могу запустить калькулятор K27. После ввода команды system('DIYDodecadWin dv3.par') в программе R она пишет: работающая команда 'DIYDodecadWin dv3.par' имеет статус 127. Переименовывал файл test.par в DIYDodecadWin dv3.par. Не помогает. Запускал команду как system('test.par') - не помогает. ОС XP Home SP3/ Помогите :(

Надо писать не dv3.par а имя того файла .par, что у вас в калькуляторе, в данном случае, полагаю это k27.par.

Оффлайн MaximN88

  • Сообщений: 72
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0

Надо писать не dv3.par а имя того файла .par, что у вас в калькуляторе, в данном случае, полагаю это k27.par.

ну в скачанном архиве по ссылке из шапки лежит файл test.par. в проге я ввожу соответственно команду с этим же названием, т.е system('test.par'). Переименовывал я этот файл в k27.par и ввел соответственно команду system('27.par') Все равно ниче не работает.

Оффлайн Roaring

  • Сообщений: 527
  • Рейтинг +96/-1
  • Y-ДНК: R1b-DF99
  • мтДНК: U5b1e

Надо писать не dv3.par а имя того файла .par, что у вас в калькуляторе, в данном случае, полагаю это k27.par.

ну в скачанном архиве по ссылке из шапки лежит файл test.par. в проге я ввожу соответственно команду с этим же названием, т.е system('test.par'). Переименовывал я этот файл в k27.par и ввел соответственно команду system('27.par') Все равно ниче не работает.

('DIYDodecadWin k27.par') вот так должно быть.

Оффлайн MaximN88

  • Сообщений: 72
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
попробовал. не работает. что я не так делаю? :-\ Папку выбрал сразу, как в инструкции написано.

Оффлайн Roaring

  • Сообщений: 527
  • Рейтинг +96/-1
  • Y-ДНК: R1b-DF99
  • мтДНК: U5b1e
попробовал. не работает. что я не так делаю? :-\ Папку выбрал сразу, как в инструкции написано.

У вас с английским как? Вот инструкция:

Цитировать
2. Download and install R (http://www.r-project.org/) if you haven't done so
already.

In Windows:

Select a mirror that is close to you:

http://cran.r-project.org/mirrors.html

and then click on "base" to get to the installation file.

In Linux:

Again, this will depend on your particular Linux installation; in Ubuntu you
can install it by:

sudo apt-get install r-base-core

Alternatively, you can also go to a mirror close to you:

http://cran.r-project.org/mirrors.html

and then follow the instructions to install it for your operating system.

3. Download and unzip your genotype data file from 23andMe or FamilyTreeDNA
into the working directory. This should be a file ending in .txt for 23andMe
and .csv for
FamilyTreeDNA. If you don't know how to uncompress your downloaded data, you
can use the same software as in step #1 above.

From now on, I will suppose that your genotype file is named 'johndoe.txt' or
'johndoe.csv'

4. Launch R. In Linux you just type:

R

In Windows, R will be listed in your Program Files or All Programs from the
Start Menu, and you can start it like any other Windows Program.

Once R is running, it will give you a command prompt where you can enter
commands. First, you must change the directory to your working directory.

You can do this from the File -> Change dir menu in Windows, or by using the
setwd command in either Windows or Linux, e.g.:

setwd('/home/johndoe/dodecad')
setwd('c:\\users\\johndoe\\Dodecad')

Then, enter:

source('standardize.r')

This loads a small program that will convert your data from the
company-specific format to a common format in the next step.

5. At the R prompt, enter:

a. If you have 23andMe data (either v2 or v3 chip):

standardize('johndoe.txt', company='23andMe')

b. if you have Family Finder data (Illumina chip only):

standardize('johndoe.csv', company='ftdna')

This command will write a file called 'genotype.txt' in the working directory;
this contains your genotype in a format understood by DIYDodecad.

The 'standardize' command sorts SNP IDs alphabetically, removes
headers/comments in the different company formats, and outputs a file
'genotype.txt' where each line has four fields separated by whitespace:

SNPID CHROMOSOME POSITION GENOTYPE

6.

You are now ready to launch DIYDodecad! You can do this from either your
operating system command prompt, or from within R.

a. At your operating system command prompt, go to the working directory (using
the 'cd' command) and then enter:

In Windows:

DIYDodecadWin dv3.par

In 32bit Linux:

./DIYDodecadLinux32 dv3.par

In 64bit Linux:

./DIYDodecadLinux64 dv3.par

The program will now begin computing your admixture proportions for Dodecad v3
components.

b. If you don't know how to use the operating system command prompt, you can
launch DIYDodecad from within the R environment. Just type in at the R prompt:

system('DIYDodecadWin dv3.par')

'dv3' corresponds to Dodecad v3 results for Project participants. For more
information:

https://spreadsheets.google.com/spreadsheet/ccc?key=0ArAJcY18g2GadDUyeEtjNnBmY09
EbnowN3M3UWRyNnc&hl=en_US&authkey=COCa89AJ
http://dodecad.blogspot.com/2011/06/design-of-dodecad-v3.html

Оффлайн MaximN88

  • Сообщений: 72
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
я все сделал по этой инструкции. файл genotype.txt получил. Но дальше ничего не выходит. На последнем пункте затык. Прога выдает 127 ошибку
« Последнее редактирование: 20 Апрель 2017, 22:46:15 от MaximN88 »

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5275
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2015/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
test.par правильный файл, команда должна быть system('DIYDodecadWin test.par') . Но если и dv3.par не запускается, проблема тут в чем-то другом, видимо.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100