Y57 и его снипы

[Semargl]

Будет бам - будем судить

Похоже, что одного моего BAM'а будет недостаточно - придётся смотреть и исходники других тестируемых. Причина - погрешности результатов.

В файле variantCompare, скажем, для снипов Y49-Y62 указано совпадение с HG01982 и PGP142, а для Y63-Y64 — только с PGP142. А вот в соседнем файле haplogroupCompare из того же ZIP-архива помечено, что все они, включая Y63-Y64 положительны в обоих образцах. Справедливости ради отмечу, что в первом случае совпаденцы сведены в графу "Samples sharing variant", а образцы вовсе не обязательно вбирают в себя всё и вся. Тем не менее, это заставляет относится к информации в этих файлах с осторожностью.

Да и с STR'ами что-то не всё ясно. Так что не зря говорится:  доверяй, но проверяй

Вот и я об этом. Будет бам - будем судить.
На выданные значения СТР можно не обращать особого внимания - это вывод lobSTR, "сырой" программы, которая очень часто дает неверный результат.

[Yurgan]

Будет бам - будем судить

Похоже, что одного моего BAM'а будет недостаточно - придётся смотреть и исходники других тестируемых. Причина - погрешности результатов.

В файле variantCompare, скажем, для снипов Y49-Y62 указано совпадение с HG01982 и PGP142, а для Y63-Y64 — только с PGP142. А вот в соседнем файле haplogroupCompare из того же ZIP-архива помечено, что все они, включая Y63-Y64 положительны в обоих образцах. Справедливости ради отмечу, что в первом случае совпаденцы сведены в графу "Samples sharing variant", а образцы вовсе не обязательно вбирают в себя всё и вся. Тем не менее, это заставляет относится к информации в этих файлах с осторожностью.

Да и с STR'ами что-то не всё ясно. Так что не зря говорится:  доверяй, но проверяй

Минусы у PGP-142 можно не учитывать. Можно поставить ?
Этого человека проверяли не в FGC, а в Personal Genomes. Том могли просто эти участки не захватить.
А вот плюсы - точно положительные снипы.

[Centurion]

Минусы у PGP-142 можно не учитывать. Можно поставить ?
Этого человека проверяли не в FGC, а в Personal Genomes. Том могли просто эти участки не захватить.
А вот плюсы - точно положительные снипы.

это как понять минусы не учитывывать? в файле tsv указаны координаты тех регионов которые no call так что методом исключения лекго понять что минус а что ?

так что если у казан минус значит позиция прочитана

[Semargl]

Будет бам - будем судить

Похоже, что одного моего BAM'а будет недостаточно - придётся смотреть и исходники других тестируемых. Причина - погрешности результатов.

В файле variantCompare, скажем, для снипов Y49-Y62 указано совпадение с HG01982 и PGP142, а для Y63-Y64 — только с PGP142. А вот в соседнем файле haplogroupCompare из того же ZIP-архива помечено, что все они, включая Y63-Y64 положительны в обоих образцах. Справедливости ради отмечу, что в первом случае совпаденцы сведены в графу "Samples sharing variant", а образцы вовсе не обязательно вбирают в себя всё и вся. Тем не менее, это заставляет относится к информации в этих файлах с осторожностью.

Да и с STR'ами что-то не всё ясно. Так что не зря говорится:  доверяй, но проверяй

То есть получается Y49-Y64 у Вас положительные?

[Володимеръ]

То есть получается Y49-Y64 у Вас положительные?

Да, положительны все они. А гаплогруппу мне назначили R1-Y57

[G-Man]

291811   Shamanov   Karachay Y57+

[Таракан]

Появились ли новые данные о снипах нисходящих от Y57?

Или же, в свете сказанного Володимером, известно только, что Y63 и Y64 являются нисходящими от Y57?

Судя по анализу FGC, снипы Y49-Y62 присутствуют, кроме меня, у венгра HG01982 и у евро-перуанца PGP142, а вот Y63 и Y64 - только у перуанца и меня. Не значит ли это, что ветвь Y57 уже можно раздвоить? Большинство Y-снипов остается на основной ветви, а два последних отщепляются от нее?

Более того: Y55 имеется еще и у HG03109 c HG03367. Не значит ли это, что он лежит выше остальных Y-ков?

[Centurion]

Появились ли новые данные о снипах нисходящих от Y57?

Или же, в свете сказанного Володимером, известно только, что Y63 и Y64 являются нисходящими от Y57?

Судя по анализу FGC, снипы Y49-Y62 присутствуют, кроме меня, у венгра HG01982 и у евро-перуанца PGP142, а вот Y63 и Y64 - только у перуанца и меня. Не значит ли это, что ветвь Y57 уже можно раздвоить? Большинство Y-снипов остается на основной ветви, а два последних отщепляются от нее?

Более того: Y55 имеется еще и у HG03109 c HG03367. Не значит ли это, что он лежит выше остальных Y-ков?

http://www.yfull.com/tree/R-Y57/

[Centurion]

Более того: Y55 имеется еще и у HG03109 c HG03367. Не значит ли это, что он лежит выше остальных Y-ков?

HG03109   (E1b1a1a1f1a1d-Z1704)   (2Т)
HG03367   (E-M4665)   (7Т)

вероятно это их приватные снипы, потому что пока больше ни у кого нет

в крайнем случае, будет Y55.1, Y55.2, Y55.3

[Semargl]

#256230 Y57+

[Таракан]

Прежде всего спасибо администрации проекта "R1a1 и субклады" за то, что разделили Y57 на подветви. Но напрашивается вопрос - есть ли необходимость делать Y2631? И если верить этой картинке https://docs.google.com/file/d/0B-b3KeGG3Un1RXEweGJsYUlrNHc/edit?pli=1 то существует 2 снипа с этой номенклатурой (или данные устарели?).

[Робот Вертнера]

Новый гаплотип или маркеры; Y57+; 67 маркеров; R-Z94; R1a1a1*-Unclustered; Parlette; England; B1139; CTS10168+, CTS10362+, CTS10627+, CTS109+, CTS11358+, CTS11411+, CTS11575+, CTS11720+, CTS11726+, CTS11734+, CTS125+, CTS12632+, CTS1619+, CTS1996+, CTS2907+, CTS3135+, CTS3331+, CTS3358+, CTS3431+, CTS3536+, CTS3548+, CTS3654+, CTS3662+, CTS3868+, CTS3996+, CTS4364+, CTS4368+, CTS4437+, CTS4443+, CTS4740+, CTS5164+, CTS5318+, CTS5457+, CTS5508+, CTS5532+, CTS5884+, CTS6135+, CTS6383+, CTS6800+, CTS6907+, CTS7922+, CTS7933+, CTS8008+, CTS8243+, CTS8851+, CTS8980+, CTS9596+, CTS9754+, CTS9828+, F1046+, F1050+, F1088+, F115+, F1209+, F1302+, F1320+, F1329+, F1704+, F1714+, F1753+, F1767+, F1769+, F180+, F1808+, F2048+, F2075+, F211+, F212+, F2142+, F2155+, F2215+, F2234+, F2402+, F2587+, F2684+, F2688+, F2710+, F2837+, F29+, F2901+, F2948+, F295+, F2957+, F2985+, F2993+, F3044+, F3111+, F313+, F3136+, F3159+, F3185+, F3194+, F3197+, F33+, F332+, F3 (на расстоянии 16 от R-M512; R1a1a1*-Unclustered; Belkania (Samegrelo); Georgia; 318006)

[Робот Вертнера]

Новый гаплотип или маркеры; Y57+; 67 маркеров; R-M198; R1a1a1*-Unclustered; Unknown Origin; 307583; M198+, Y57+ (на расстоянии 14 от R-M198; R1a1a1*-Unclustered; Kingsbury; England; XH3VW 147281)

[Шад]

По совету компетентных людей решил проверить

277627    Walter (9. ...>Z645>Z93>Z94-y-D European cluster (Big Y under lab procedure)

15   25   17   11   11-14   12   12   10   13   11   31   15   9-10   11   11   24   14   21   33   12-15-15-16   11   12   19-23   16   16   17   20   36-39   13   12   11   8   17-18   8   12   10   8   12   10   12   22-22   15   10   12   12   13   8   13   23   21   12   13   11   14   11   11   12   14   

на Y57.

Причина:

Kit N13219 received his Big Y results yesterday.  He is Z2122+ Y57+ .

Правда не очень близко... Но так как других версий пока нет, то проверим эту.

UPD Сейчас проверил - оказалось, что группу в проекте уже переименовали:
9. ...>Z93>Z94>Z2124>Z2122>Y57-C European cluster (another Big Y under lab procedure)

В составе группы:
29706   John Myers (Miers) и ещё два его родственника или однофамильца
N13219   Caswell Weatherford, 1817-1900, Barnwell, SC, USA

Что-нибудь уже понятно про Y57, кроме того, что его можно назвать "степным"?

[Робот Вертнера]

Новый гаплотип или маркеры; Y57+; 67 маркеров; R-Z94; R1a1a1*-Unclustered; Parlette; England; B1139; F3044+, F3111+, F313+, F3136+, F3159+, F3185+, F3194+, F3197+, F33+, F332+, F3335+, F3337+, F3364+, F3398+, F344+, F3466+, F3551+, F3556+, F356+, F3570+, F359+, F3644+, F3650+, F3692+, F378+, F4+, F4099+, F47+, F506+, F556+, F63+, F640+, F647+, F652+, F671+, F719+, F82+, F83+, F886+, F928+, F93+, F947+, F989+, L122+, L132+, L145+, L146+, L15+, L16+, L168+, L350+, L457+, L468+, L470+, L471+, L498+, L62+, L63+, L721+, L747+, L768+, L779+, L82+, M139+, M168+, M17+, M198+, M207+, M235+, M294+, M417+, M42+, M45+, M459+, M512+, M526+, M89+, M94+, P128+, P131+, P132+, P135+, P136+, P138+, P14+, P141+, P145+, P146+, P148+, P151+, P158+, P159+, P160+, P166+, P187+, P207+, P225+, P226+, P228+, P229+, P230+, P232+, P233+, P235+, P236+, P237+, P238+, P240+, P242+, P243+, P244+, P245+, P280+, P281+, P282+, P283+, P284+, P285+, P286+, P295+, PAGES00007+, PAGE (на расстоянии 16 от R-M512; R1a1a1*-Unclustered; Belkania (Samegrelo); Georgia; 318006)