О точности определения MRCA по Y ДНК анализу.

[Farroukh]

Даже и не знаю.
Если не брать в расчёт чёрную магию, это можно объяснить лишь относительно короткой длиной сравнивавшихся гаплотипов. То есть то, что кажется более разнообразным на 17 маркёрах, на 67 может быть уже менее разнообразным.

То есть разнообразие 67-маркёрных гаплотипов Z93 должно быть на порядок ниже, чем у 67-маркёрных Z283 или L664

[smal]

Т.е мутации мистическим образом возникают только в первых 17 маркеров. Тогда придется признать, что эти 17 маркеров были выбраны не случайно. Тут явно не обошлось без воздействия высших сил.

Кстати, если объяснить разную частоту мутаций в разных Y-хромосомных линиях трудно, то предложить механизм различий в частоте мутирования у изолированных популяций вполне возможно. Для этого достаточно, чтобы наблюдался полиморфизм в генах, контролирующих репликацию и репарацию ДНК.

[Farroukh]

Т.е мутации мистическим образом возникают только в первых 17 маркеров. Тогда придется признать, что эти 17 маркеров были выбраны не случайно. Тут явно не обошлось без воздействия высших сил.

Я ошибся. Там должны были бы быть не 17, а 12 маркёров. Гомоплазия может занижать возраст.

механизм различий в частоте мутирования у изолированных популяций вполне возможно. Для этого достаточно, чтобы наблюдался полиморфизм в генах, контролирующих репликацию и репарацию ДНК.

То есть на скорость мутаций влияет аутосомное разнообразие на других хромосомах?

[smal]

Если бы это было не так, частота мутаций должна была бы быть одинаковой у всех: людей, собак, крокодилов и т.д.

[Farroukh]

Если говорить о людях, то получается, что в эндогамных популяциях скорость мутирования Y-STR ниже?

[smal]

Почему обязательно ниже? Две эндогамные популяции могут различаться.

[Nimissin]

Учитывая вновь открытые субклады подобное не всплывало на повестку дня? В статье Андерхилла Y-STR R1a1a в Индии оценивалось как наивысшее. По нынешним данным этого не может быть, т. к. там представлен всего один глобальный субклад Z93, появившийся там не ранее 4 тыс. лет назад. По идее, там все гаплотипы должны были иметь невысокое Y-STR разнообразие.
Напрашивается такая крамольная мысль. Можем ли мы утверждать, что внутри каждой гаплогруппы/субклада существуют "свои" скорости мутаций? Допустим, в этом субкладе скорости мутации локусов такие-то, а в другом - другие-то. Отсюда один субклад кажется старше, хотя филогенетически он ниже.

Такое вполне может быть. Но скорость мутаций может варьироваться не в зависимости от гаплогруппы или субклада, а от отклонения числа тандемных повторов от некоего оптимального значения. Скажем, для DYS392 = 11 вероятность мутаций очень низкая, а для DYS392 = 16 намного выше. Тогда для гаплогрупп C3 и R1a1 (DYS392 = 11) скорость мутаций одна и та же. А для гаплогрупп Q1 и N1c1 с DYS392 = 14 - тоже одинаковая.

[wbull]

Вот результат моей четырехмесячной переписки по этому вопросу с FTDNA.
В предыдущем их ответе было неясно у кого они проверили маркеры. Выяснилось, что только у брата. Я им написал, что ошибка может быть и у меня. После этого олаборатория проверила так же мои маркеры и ответила, что были проверены DYS385b и DYS460 у меня и моего брата. Проверка подтвердила первоначальные результаты. Насчет микроаллели в DYS464 они написали, что мой тест делался в лаборатории Университета Аризоны с меньшим разрешением, чем тест брата, и они уверены, что у меня есть такая же микроаллель. Но чтобы снять все сомнения они, учитывая, что я уже заказал много тестов в FTDNA, сами заказали мне бесплатно дополнительный тест DYS464х.
В среду его уже забатчили, так, что ждем результаты.
Вообщем мой опыт работы с командой FTDNA весьма положительный.

С большим опозданием хочу все же доложить о конечных результатах моих с FTDNA исследований.
Дополнительный тест DYS464х выявил у меня те же микроаллели, что и у брата.
Так что в финале мы с братом имеем подтверждённое различие в двух маркерах (DYS385b и DYS460) на 37 маркерной панели.

 

[Ринат]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,6277.msg208766/topicseen.html#new

[wbull]

Кстати, я нашел интересную статью http://www.familytreedna.com/pdf/Kay_AJHG_2000.pdf, в которой исследовалось частота мутаций на Y хромосоме у генетически подтвержденных пар отец/сын.
Там приводятся данные исследования 415 пар отец/сын на 9 локусах  (DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, и DYS393), при этом одна пара отец/сын показала мутации на двух разных локусах  (DYS390 и DYS389).

[wbull]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,6277.msg208766/topicseen.html#new

Спасибо. Очень интересно. Но как я понял, это не относится к данному случаю.

[wbull]

Получил апгрейд брата до 67 маркеров. Новых мутаций нет.
Так что у нас теперь различие в две мутации на 67 маркерах.

[Farroukh]

Получил апгрейд брата до 67 маркеров. Новых мутаций нет.
Так что у нас теперь различие в две мутации на 67 маркерах.

Интересная информация, плюс однозначно. Стало быть, даже при разнице в возрасте менее 10 лет между двумя братьями возможны мутации аж на два шага, то напрашивается такой вопрос: можно ли протестировать отца?

Пример: у вас значение некоего маркёра 13. У брата - 15. Полагаю, у отца было 14, потом у одного из сыновей мутация была нарастающей (т. е. 14-->15), а у второго - возвратной (т. е. 14-->13). Отсюда и разница в два шага между братьями.

[wbull]

Получил апгрейд брата до 67 маркеров. Новых мутаций нет.
Так что у нас теперь различие в две мутации на 67 маркерах.

Интересная информация, плюс однозначно. Стало быть, даже при разнице в возрасте менее 10 лет между двумя братьями возможны мутации аж на два шага, то напрашивается такой вопрос: можно ли протестировать отца?

Пример: у вас значение некоего маркёра 13. У брата - 15. Полагаю, у отца было 14, потом у одного из сыновей мутация была нарастающей (т. е. 14-->15), а у второго - возвратной (т. е. 14-->13). Отсюда и разница в два шага между братьями.

К сожалению, протестировать отца уже давно нет возможности. Мне то уже 61 год.
Здесь немного не так. Мутации были в один шаг, но на двух маркерах сразу.

                         DYS385b    DYS460
У меня                   20              11
У брата                  19               10

Те у брата все в меньшую сторону.
Вот и возникает вопрос, а какой гаплотип исходный?

Разница между нами 6 лет.

Правда годы наших рождений 1952 и 1958 относятся к периоду ядерных испытаний на земле и в воздухе, что могло вызвать повышенную частоту мутаций, но почему это не проявляется у других наших ровесников?

[Farroukh]

Мутации были в один шаг, но на двух маркерах сразу.

Ясно. Такая ситуация встречается во всех подобных случаях - то есть по одной мутации на маркёр и причём в одну сторону. Здесь, видимо, есть некая закономерность.