О точности определения MRCA по Y ДНК анализу.

[wbull]

Недавно пришли 37 маркеров моего брата. Расхождение в двух маркерах. DYS385b 19 и 20, и DYS460 10 и 11 у него и у меня соответственно.
Для такого случая TIP дает вероятность происхождение от общего предка в первом поколении 2,72%.
Кроме того у брата нашли микроаллель DYS464 15.3, которую нормализовали до 16 . У меня этого не было.
Хотя я не уверен, определял ли FTDNA микроаллели в марте 2012 (когда я получил свои результаты).
Сразу оговарюсь, что никакого сомнения в том, что мы происходим от одного отца нет, так как оба мы имеем достаточно редкий генотип.
Например на 25 и 37 маркерах я имею только одного совпаденца, и это мой брат.
Возникают вопросы лишь по точности методики.
Предварительно мы этот вопрос обсудили с уважаемым Farroukh,  и вот что он мне писал:

"Это ещё что! Тут у двух братьев) выплывали ситуации типа 65/67! (Хотя они ожидали 67/67, разумеется. Для верности даже аутосомные тесты себе и отцу сделали, чтобы убедиться, что они действительно родные братья).

Тут существует два объяснения:

1) Мутации, как известно, слабо предсказуемы, и могут случаться в любом, даже в самом что ни на есть стабильном маркёре. Но чаще всего "мигают" неустойчивые маркёры - на "коротких" гаплотипах наиболее часто "глючат" DYS385a,b и DYS389-1,2.

2) Физическая разница в возрасте у двух братьев весьма значительна - 10 лет и более.  Виктор, не забывайте, что физиологически человек может стать отцом уже в 13-14 лет и осчастливливать женщин чуть ли не до 70, и поэтому если у братьев разница в 10 лет, то она соизмерима с длиной поколения. Поясню на примере. Скажем, если человек стал отцом в 20 лет, потом в 35, а потом в 50, то весьма высока вероятность, что у трёх его сыновей будут отличия тип 67/67, 66/67 и 65/67. Чем позже становишься отцом - тем выше вероятность того, что гаплотип сына уже будет отличаться на 1-2 маркёра.

Мы в своё время обкашливали эту тему здесь http://forum.molgen.org/index.php/topic,4030.0.html

DYS385b и  DYS460 , это классически мигающие маркёры. На 67 всё будет то же самое, остальные маркёры будут без изменений, уверяю."

Сразу предваряя вопрос о возрасте отца,на момент рождения детей его возраст был: 27 лет и  33 года соответственно.
По этому случаю у меня сразу возник следующий вопрос.
По FTDNA получается что совпадение всех 37 маркеров  с наибольше вероятностью может дать MRCA на дистанции 12 поколений, а по этому конкретному случаю мы видим, что совпадение 35 из 37 может дать MRCA на дистанции всего одного поколения. Получается слишком большая неопределенность при использовании этого метода.
Встает так же вопрос о точности филогенических древ, которые мы так любим строить.
Если вдуматься во все это, то ничего удивительного в этом нет. Любой вероятностный анализ (например, тот же закон Менделя) хорошо работает на больших выборках и очень неточен на небольших.
Грубо говоря Мендель хорошо работает на горохе, но относительно бесполезен на помете из 5 щенков.
Так же и здесь, но тогда ценность этого метода для классической генеалогии, которая больше работает с конкретными людьми, достаточно под вопросом.
Мне кажется эта тема интересной, чтобы ее обсудить.

[Farroukh]

Чувствуется, что надо будет составлять таблицы расчёта ВБОП с учётом мутации в конкретных маркёрах. То есть учитывать не общесреднегаплотипную скорость, а каждого маркёра в отдельности.

Что скажут уважаемые математики?

[Nimissin]

Спасибо за информацию. Это очень интересный и поучительный случай.
По теории вероятностей различие в 2 мутационных шага на 37 локусов у родных братьев имеет ненулевую вероятность, т.е. не запрещено.

Кроме того у брата нашли микроаллель DYS464 15.3, которую нормализовали до 16 . У меня этого не было.
Хотя я не уверен, определял ли FTDNA микроаллели в марте 2012 (когда я получил свои результаты).

Скорее всего, у вас те же 15.3. Практически у всех N1c1 аллель 15 (по FTDNA) в DYS464 на самом деле равна 14.3. И только недавно в FTDNA начали выдавать результаты с неполным числом STR повторов.

По этому случаю у меня сразу возник следующий вопрос.
По FTDNA получается что совпадение всех 37 маркеров  с наибольше вероятностью может дать MRCA на дистанции 12 поколений, а по этому конкретному случаю мы видим, что совпадение 35 из 37 может дать MRCA на дистанции всего одного поколения. Получается слишком большая неопределенность при использовании этого метода.
Встает так же вопрос о точности филогенических древ, которые мы так любим строить.
Если вдуматься во все это, то ничего удивительного в этом нет. Любой вероятностный анализ (например, тот же закон Менделя) хорошо работает на больших выборках и очень неточен на небольших.

Сравниваются всего 2 гаплотипа, т.е. выборка маленькая. Вот мы и видим результаты игры вероятностей. Если было бы 10 братьев, то  результат анализа их 37 маркеров показал бы значительно меньшее расхождение в пересчете на 1 локус.
Не надо исключать и вероятность ошибки лаборатории, т.е. неверное определение аллеля.
А вообще нужно сделать анализ по 67, а еще лучше - по 111 локусам.

[wbull]

Не надо исключать и вероятность ошибки лаборатории, т.е. неверное определение аллеля.

Я написал в Feedback FTDNA, но ответа пока не получил.
За то на форуме FTDNA, мне сообщили, что у самого CEO FTDNA Беннета Гриншпана различие с отцом на 25 маркерах в одном локусе. Так, что думаю мой случай их мало взволнует.

[Semargl]

Сравниваются всего 2 гаплотипа, т.е. выборка маленькая. Вот мы и видим результаты игры вероятностей. Если было бы 10 братьев, то  результат анализа их 37 маркеров показал бы значительно меньшее расхождение в пересчете на 1 локус.

Полностью соглашусь с уважаемым Nimissin, случаи бывают разные.
И увеличение статистики, конечно, нивелирует такие казусы.
Как пример, я знаком с человеком, у которого имеется подтвержденный бумажной генеалогией родственник, живший на стыке 18 и 19 века. Генетическая дистанция между двумя его современными потомками - 0 на 67 маркерах.
Теперь будут проверять на 111-ти.

[VVizard741]

Чувствуется, что надо будет составлять таблицы расчёта ВБОП с учётом мутации в конкретных маркёрах. То есть учитывать не общесреднегаплотипную скорость, а каждого маркёра в отдельности.

Вот пример на 111 маркерах:
http://www.familytreedna.com/public/komi/default.aspx?section=ycolorized
257060, 213524, 253745, 236539, 236530, 222811.
2 пары родных братьев, один 4х юродный и 1 внук. Даже с учетом скорости единичных маркеров разобраться непросто

[VVR]

Спасибо за информацию. Это очень интересный и поучительный случай.
По теории вероятностей различие в 2 мутационных шага на 37 локусов у родных братьев имеет ненулевую вероятность, т.е. не запрещено.

В научной работе по частотам мутаций по парам отец-сын видел несколько случаев, когда две мутации между отцом и сыном. Правда там было почти 200м, включая супербыстрый DYF399, который мутирует чаще, чем весь 25м гаплотип. Причём были случаи, когда две независимых мутации были в одном локусе. Тот же мультикопийный DYF399(мутации в двух разных копиях независимо друг от друга). Так что у Вас, wbull, случай достаточно редкий, но не уникальный. Я кстати, ещё несколько месяцев назад говорил, что будет случай,когда  между родными братьями две мутации.
[/quote]

Кроме того у брата нашли микроаллель DYS464 15.3, которую нормализовали до 16 . У меня этого не было.
Хотя я не уверен, определял ли FTDNA микроаллели в марте 2012 (когда я получил свои результаты).

Скорее всего, у вас те же 15.3. Практически у всех N1c1 аллель 15 (по FTDNA) в DYS464 на самом деле равна 14.3. И только недавно в FTDNA начали выдавать результаты с неполным числом STR повторов.

Согласен с Нимиссином. ФТДНА и раньше умела определять значения дробных аллелей, но для DYS464 делала это по спецзаказу, для тех, кто заказывал дополнительный тест "DYS464X". А ведь дробные аллели встречаются и на других маркерах. ФТДНА давала целые значения, видимо, чтобы не запутывать клиентов. Но клиент сейчас уже грамотный, и хочет подробную информацию.
Мутация из целого аллеля в дробный очень редкая, практически, как снип. Например, было 16 4-х нуклеотидных повторов в маркере. прошла делеция одного нуклеотида. Получилось 15 полных,т.е. 4-х нуклеотидных повторов и один 3-х нуклеотидный. Значение - 15,3. Маркер далее так и мутирует с дробностью. 15,3 мутирует в 14,3 или в 16,3. Вернуться к прежнему целому состоянию практически невозможно. Нет, теоретически конечно возможна инсерция(вставка) того же нуклеотида, на то же место.Но практически вероятность этого почти нулевая.

По этому случаю у меня сразу возник следующий вопрос.
По FTDNA получается что совпадение всех 37 маркеров  с наибольше вероятностью может дать MRCA на дистанции 12 поколений, а по этому конкретному случаю мы видим, что совпадение 35 из 37 может дать MRCA на дистанции всего одного поколения. Получается слишком большая неопределенность при использовании этого метода.
Встает так же вопрос о точности филогенических древ, которые мы так любим строить.
Если вдуматься во все это, то ничего удивительного в этом нет. Любой вероятностный анализ (например, тот же закон Менделя) хорошо работает на больших выборках и очень неточен на небольших.

Сравниваются всего 2 гаплотипа, т.е. выборка маленькая. Вот мы и видим результаты игры вероятностей. Если было бы 10 братьев, то  результат анализа их 37 маркеров показал бы значительно меньшее расхождение в пересчете на 1 локус.
Не надо исключать и вероятность ошибки лаборатории, т.е. неверное определение аллеля.
А вообще нужно сделать анализ по 67, а еще лучше - по 111 локусам.

Всё так. Мы на форуме давно говорим, что возраст по двум гаплотипам - это очень приблизительно и ненадёжно. Вероятностные законы точно работают на достаточной статистике. В случае с ФТДНА ошибка лаборатории это всё-таки редчайшее явление. Многие форумчане тестировались в двух лабораториях(я в том числе). Результаты совпадают.

[Mich Glitch]

Немного не улавливаю смысл вопроса.
Вероятность одной мутации именно по этому маркеру и именно в первом поколении 2.72%.
Т.е. 1 к 37.
Вот и выпало.



У меня с отцом мутация на 43 маркерах. А это не поколение даже, а один поколенный переход (т.е. в два раза короче родственная дистанция, чем у братьев).

[VVizard741]

Вот пример на 111 маркерах:
http://www.familytreedna.com/public/komi/default.aspx?section=ycolorized
257060, 213524, 253745, 236539, 236530, 222811.
2 пары родных братьев, один 4х юродный и 1 внук. Даже с учетом скорости единичных маркеров разобраться непросто

Эти 111 маркерные гаплотипы на реальном древе:

[wbull]

Получил ответ от FTDNA:
"Hello Mr. Rickman,

Thank you for your reply. I am going to have the lab review the marker. These lab reviews typically take about 3-6 weeks to complete, depending on how busy the lab is. You will receive an email when the review is complete. If you have not heard back in 6 weeks, please let me know and I will follow up with the lab.

Have a nice day!

Morgan H
Family Tree DNA
Information Specialist & Data Assurance

"

[wbull]

Пришел ответ от лаборатории FTDNA, они пересмотрели эти два маркера и подтверждают, что они определены правильно.
Так же пришел результат FF брата, по нему мы Full Sibling, те родные братья.
Вот Вам и точность STR.
На гаплозоне, кто то правильно заметил, что очень мало родных братьев здавали одновременно тесты по Y STR, если бы сдавало больше, пришлось бы менять всю статистику.

[Mich Glitch]

На гаплозоне, кто то правильно заметил, что очень мало родных братьев здавали одновременно тесты по Y STR, если бы сдавало больше, пришлось бы менять всю статистику.

Ну, вообще-то не совсем правильно заметил.
В смысле, совсем не правильно.
Если откинуть моделизационные методы и редкие случаи обработки глубоких документальных генеалогий, то большая часть частот мутаций экспериментально определена по обработке пар отец-сын.

[wbull]

Вот результат моей четырехмесячной переписки по этому вопросу с FTDNA.
В предыдущем их ответе было неясно у кого они проверили маркеры. Выяснилось, что только у брата. Я им написал, что ошибка может быть и у меня. После этого олаборатория проверила так же мои маркеры и ответила, что были проверены DYS385b и DYS460 у меня и моего брата. Проверка подтвердила первоначальные результаты. Насчет микроаллели в DYS464 они написали, что мой тест делался в лаборатории Университета Аризоны с меньшим разрешением, чем тест брата, и они уверены, что у меня есть такая же микроаллель. Но чтобы снять все сомнения они, учитывая, что я уже заказал много тестов в FTDNA, сами заказали мне бесплатно дополнительный тест DYS464х.
В среду его уже забатчили, так, что ждем результаты.
Вообщем мой опыт работы с командой FTDNA весьма положительный.  

[Farroukh]

Учитывая вновь открытые субклады подобное не всплывало на повестку дня? В статье Андерхилла Y-STR R1a1a в Индии оценивалось как наивысшее. По нынешним данным этого не может быть, т. к. там представлен всего один глобальный субклад Z93, появившийся там не ранее 4 тыс. лет назад. По идее, там все гаплотипы должны были иметь невысокое Y-STR разнообразие.
Напрашивается такая крамольная мысль. Можем ли мы утверждать, что внутри каждой гаплогруппы/субклада существуют "свои" скорости мутаций? Допустим, в этом субкладе скорости мутации локусов такие-то, а в другом - другие-то. Отсюда один субклад кажется старше, хотя филогенетически он ниже.

[smal]

Можем ли мы утверждать, что внутри каждой гаплогруппы/субклада существуют "свои" скорости мутаций?

А каким механизмом Вы это объясните? Ведь Y-хромосома не несет никаких важных генов, которые могли бы менять частоту мутаций.