АвторТема: Игуаны голосуют против молекулярной филогенетики  (Прочитано 1132 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5802
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-12
  • мтДНК: H1b
http://elementy.ru/news?discuss=431954&return=1

Одновременно опубликованы две работы, касающиеся филогении чешуйчатых (ящериц, змей, амфисбен и их родичей). Одна из них реконструирует молекулярную эволюцию ядерных генов, вторая — сравнивает морфологические признаки вымерших и ныне живущих представителей. Два филогенетических дерева оказались принципиально несхожи. В особенности это касается игуан, имеющих множество примитивных черт, но оказавшихся на молекулярном дереве среди своих продвинутых четвероюродных кузин. Этот методологический конфликт пока не удается разрешить.

http://sws.bu.edu/MSOREN/Wiens.pdf

War of the Iguanas: Conflicting Molecular and Morphological Phylogenies and Long-Branch Attraction in Iguanid Lizards

JOHN J. WIENS AND BRADFORD D. HOLLINGSWORTH

Abstract

Recent studies based on different types of data (i.e., morphology, molecules) have found
strongly conflicting phylogenies for the genera of iguanid lizards but have been unable to explain
the basis for this incongruence. We reanalyze published data from morphology and from the mito-
chondrial ND4, cytochrome b, 12S, and 16S genes to explore  the sources of  incongruence and re-
solve  these  conflicts. Much of  the  incongruence centers  on the genus Cyclura, which  is  the sister
taxon of Iguana, according to parsimony analyses of the morphology and the ribosomal genes, but
is the sister taxon of all other Iguanini, according to the protein-coding genes. Maximum likelihood
analyses show that there has been an increase in the rate of nucleotide substitution in Cyclura in the
two protein-coding genes (ND4 and cytochrome b), although this increase is not as clear when par-
simony is used to estimate branch lengths. Parametric simulations suggest that Cycluramay be mis-
placed by  the protein-coding genes as a result  of  long-branch attraction; even when Cyclura and
Iguana are sister  taxa in a simulated phylogeny, Cyclura is still placed as the basal member of  the
Iguanini by parsimony analysis in 55% of the replicates. A similar long-branch attraction problem
may also exist in the morphological data with regard to the placement of Sauromalus with the Galá-
pagos iguanas (Amblyrhynchus and Conolophus). The results have many  implications for the analysis
of diverse data sets, the impact of long branches on parsimony and likelihood methods, and the use
of  certain  protein-coding  genes  in phylogeny  reconstruction.  [Data set  incongruence;  Iguanidae;
likelihood; long-branch attraction, parsimony.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100