Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп

[Centurion]

Вот например снип L149 есть у N1c1a1a1a1a и G2a1 - ищем общего предка?
L142 есть у G2 и E1b1b1a1b - ищем предка?
P9.2 есть у E1b1a1a1f1a1a и A0b!!!
и тд.
им дают обозначения с .1 .2 и тд. при наличие других дублирующих снипов для этих ГГ можно эти вообще исключить, чтобы не было путаницы

все случается с единичными мутациями, но топология дерева  - это другое.

в твоем примере - очередной такой же случай. и только.

[Farroukh]

Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

[Аббат Бузони]

Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

Фар, а тя не смущает, что у I1 и I2 есть общие снипы?

[Farroukh]

у I1 и I2 есть общие

Это снипы уровня предка, то есть гаплогруппы I.

А что за общий снип E1b1 и R1b1? "Ничччо не понимаю" как говорил следователь-колобок. Либо этот снип общий для R и E - а в этом случае он равносилен гаплогруппе CT  и должен встречаться у остальных. Либо истинная структура древа не такая, какой мы её себе представляем. Либо снипы не являются уникальным явлением и могут скакать кто в лес, кто по дрова и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

[Шад]

Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

Centurion всё абсолютно правильно разъяснил. Тем более то, что снип-мутация может возникнуть вторично в другой последовательности мутаций уже обсуждалось на форуме. VVR как-то мне это разъяснял.
А потом мы обсуждали, что снип-мутация вовсе не уникальна и возможны обратные снип-мутации.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,4995.msg162318.html#msg162318

[Шад]

и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

Субклад в сомнительных случаях можно определить последовательностью снипов.

[Аббат Бузони]

у I1 и I2 есть общие

Это снипы уровня предка, то есть гаплогруппы I.

А что за общий снип E1b1 и R1b1? "Ничччо не понимаю" как говорил следователь-колобок. Либо этот снип общий для R и E - а в этом случае он равносилен гаплогруппе CT  и должен встречаться у остальных. Либо истинная структура древа не такая, какой мы её себе представляем. Либо снипы не являются уникальным явлением и могут скакать кто в лес, кто по дрова и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

Ну так в гено2 много снипов общих. Мне кажется тут такой же механизм, как в случае с палиндромами. Ничего критического в этом не вижу.

[Centurion]

Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

так один снип никто не тестирует, если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно? и на дерево это никак не влияет так как есть целая цепочка снипов от корня к ветвям. есть разные участки на игрек хромосоме есть рекомбинирующие с икс-хромосомой и тд. вобще этот вопрос давно известен. не вижу причины для твоей паники

[Farroukh]

не вижу причины для твоей паники

Я не паникую, поскольку теста не делал. 
Но повторю вопрос:

если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?

Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).

[Eugene]

не вижу причины для твоей паники

Я не паникую, поскольку теста не делал. 
Но повторю вопрос:

если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?

Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).

Фара, такого не может быть чтобы 15 снипов от одной гаплогруппы, а 15 от другой.
Это явный принзак ошибки. Но на каком этапе?

[Шад]

не вижу причины для твоей паники

Я не паникую, поскольку теста не делал. 
Но повторю вопрос:

если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?

Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).

По ссылке выложены какие-то разноцветные картинки. А можно взглянуть на raw data? Я не особо крут в этих вопросах, но уже сталкивался дважды с тем, что ФТДНА выкладывает на сайте один перечень позитивных снипов при переносе данных из Гено, а в raw data имеет место совсем другая история.
Похоже у них серьёзные проблемы с контролем качества, ИТ-службой и организацией процесса.

[Farroukh]

Что-то не получается прикрепить файл. Ругается, что размер большой (там всего 215 кб)

[Farroukh]

Выложил тут:
 http://rusfolder.com/36541265

[VVR]

Но в файле нет снипов, которые на картинках показаны как положительные.Или файл неполный? Зато в файле куча снипов R1b отрицательных и куча E1b1a положительных.  Что-то он напутал с снипами.

[Semargl]

Но в файле нет снипов, которые на картинках показаны как положительные.Или файл неполный? Зато в файле куча снипов R1b отрицательных и куча E1b1a положительных.  Что-то он напутал с снипами.

Скорее всего он просто зачислил ВСЕ проверенные снипы, как положительные, так и отрицательные, в положительные.