АвторТема: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп  (Прочитано 11628 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #30 : 23 Май 2013, 13:32:25 »
Вот например снип L149 есть у N1c1a1a1a1a и G2a1 - ищем общего предка?
L142 есть у G2 и E1b1b1a1b - ищем предка?
P9.2 есть у E1b1a1a1f1a1a и A0b!!!
и тд.
им дают обозначения с .1 .2 и тд. при наличие других дублирующих снипов для этих ГГ можно эти вообще исключить, чтобы не было путаницы

все случается с единичными мутациями, но топология дерева  - это другое.

в твоем примере - очередной такой же случай. и только.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #31 : 23 Май 2013, 14:42:50 »
Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 19390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1543/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #32 : 23 Май 2013, 14:56:58 »
Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

Фар, а тя не смущает, что у I1 и I2 есть общие снипы?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #33 : 23 Май 2013, 15:44:01 »
Цитировать
у I1 и I2 есть общие
Это снипы уровня предка, то есть гаплогруппы I.

А что за общий снип E1b1 и R1b1? "Ничччо не понимаю" как говорил следователь-колобок. Либо этот снип общий для R и E - а в этом случае он равносилен гаплогруппе CT  и должен встречаться у остальных. Либо истинная структура древа не такая, какой мы её себе представляем. Либо снипы не являются уникальным явлением и могут скакать кто в лес, кто по дрова и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #34 : 23 Май 2013, 16:13:15 »
Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?

Centurion всё абсолютно правильно разъяснил. Тем более то, что снип-мутация может возникнуть вторично в другой последовательности мутаций уже обсуждалось на форуме. VVR как-то мне это разъяснял.
А потом мы обсуждали, что снип-мутация вовсе не уникальна и возможны обратные снип-мутации.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,4995.msg162318.html#msg162318

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #35 : 23 Май 2013, 16:14:39 »
и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

Субклад в сомнительных случаях можно определить последовательностью снипов.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 19390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1543/-58
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #36 : 23 Май 2013, 16:50:47 »
Цитировать
у I1 и I2 есть общие
Это снипы уровня предка, то есть гаплогруппы I.

А что за общий снип E1b1 и R1b1? "Ничччо не понимаю" как говорил следователь-колобок. Либо этот снип общий для R и E - а в этом случае он равносилен гаплогруппе CT  и должен встречаться у остальных. Либо истинная структура древа не такая, какой мы её себе представляем. Либо снипы не являются уникальным явлением и могут скакать кто в лес, кто по дрова и тогда совсем неясно, как же определить субклад.

Ну так в гено2 много снипов общих. Мне кажется тут такой же механизм, как в случае с палиндромами. Ничего критического в этом не вижу.


Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9755
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #37 : 23 Май 2013, 17:07:31 »
Ясно. Тогда всё это дезавуирует снип-тесты как таковые. Ранее я полагал, что гаплогруппа однозначно определяется снипом. Теперь выходитя, что снипы вовсе не уникальны и могут встречаться чёрти где и у чёрти у кого.


Допустим у меня нашли L149. Кто я по гапле? N1c1a1a1a1a или G2a1? Как определить, какой снип игнорить как случайность, а какой - нет?
так один снип никто не тестирует, если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно? и на дерево это никак не влияет так как есть целая цепочка снипов от корня к ветвям. есть разные участки на игрек хромосоме есть рекомбинирующие с икс-хромосомой и тд. вобще этот вопрос давно известен. не вижу причины для твоей паники :)

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #38 : 24 Май 2013, 10:48:52 »
Цитировать
не вижу причины для твоей паники
Я не паникую, поскольку теста не делал.  :)
Но повторю вопрос:
Цитировать
если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?
Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6554
  • Страна: ru
  • Рейтинг +930/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #39 : 24 Май 2013, 10:52:25 »
Цитировать
не вижу причины для твоей паники
Я не паникую, поскольку теста не делал.  :)
Но повторю вопрос:
Цитировать
если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?
Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).
Фара, такого не может быть чтобы 15 снипов от одной гаплогруппы, а 15 от другой.
Это явный принзак ошибки. Но на каком этапе?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #40 : 24 Май 2013, 10:52:37 »
Цитировать
не вижу причины для твоей паники
Я не паникую, поскольку теста не делал.  :)
Но повторю вопрос:
Цитировать
если ты сделал гено2 и у тебя l149 и еще куча снипов N1c то ты N1c1a1a1a1a , а если у тебя куча снипов G G2 G2a и тд то ты G2a1. что тут не ясно?
Не ясно. Вот у человека 15 снипов от E1b1a, 15 снипов от E1b1b1a и ещё 15 от R1b1a2. Вопрос: какая у него гаплогруппа? (Чтобы E1b1a и E1b1b1a не сливались в одно отмечу, что разница между ними 30 килолет).

По ссылке выложены какие-то разноцветные картинки. А можно взглянуть на raw data? Я не особо крут в этих вопросах, но уже сталкивался дважды с тем, что ФТДНА выкладывает на сайте один перечень позитивных снипов при переносе данных из Гено, а в raw data имеет место совсем другая история.
Похоже у них серьёзные проблемы с контролем качества, ИТ-службой и организацией процесса.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #41 : 24 Май 2013, 11:13:29 »
Что-то не получается прикрепить файл. Ругается, что размер большой (там всего 215 кб)

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12666
  • Страна: az
  • Рейтинг +2801/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #42 : 24 Май 2013, 11:16:50 »
Выложил тут:
 http://rusfolder.com/36541265

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2682
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #43 : 24 Май 2013, 12:21:42 »
Но в файле нет снипов, которые на картинках показаны как положительные.Или файл неполный? Зато в файле куча снипов R1b отрицательных и куча E1b1a положительных.  Что-то он напутал с снипами.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5512
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2901/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Одинаковые SNPs у разных гаплогрупп
« Ответ #44 : 24 Май 2013, 12:47:06 »
Но в файле нет снипов, которые на картинках показаны как положительные.Или файл неполный? Зато в файле куча снипов R1b отрицательных и куча E1b1a положительных.  Что-то он напутал с снипами.
Скорее всего он просто зачислил ВСЕ проверенные снипы, как положительные, так и отрицательные, в положительные. :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100