АвторТема: Вопросы o T2  (Прочитано 8630 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Вопросы o T2
« : 20 Август 2009, 13:39:08 »
Здраствуйте Валери,
Мы давно знакоми, еще с форума Oxford Ancestors. Я пожалуй первай болгарка, которая иследовала свою mtDNA  еще в 2004 году.
Так как знаю, что вы професиональный генетик и всегда готовы ответить, хочу спросить о моей галплогуппе Т2.
Сначало меня определили как Т*.  Потом решила принять участие в mtDNA Haplogroup T - Full Genomic Sequence Research Project  и получилось Т2.  Мои результаты:
Haplogroup - T2
•   HVR1 differences from CRS
o   16126C
o   16287T
o   16294T
o   16519C
•   HVR2 differences from CRS
o   73G
o   263G
o   309.1C
o   315.1C
•   CR differences from CRS
o   709A
o   750G
o   1438G
o   1888A
o   2706G
o   4216C
o   4769G
o   4917G
o   7028T
o   8697A
o   8860G
o   10463C
o   11251G
o   11719A
o   11812G
o   13368A
o   14233G
o   14766T
o   14905A
o   15326G
o   15452A
o   15607G
o   15928A

Все жду когда результаты с T_FGS опубликуют, но прошло уже полутора года и ничего.
Когда сравнила с деревом мутаций гаплогруппи Т2 у меня все основные, только 16287 кажется частная. У меня нигде ни одного совпадения, открыла только одно анонимное в Richards et al, из Восточной Европы, ето Болгария и Румыния вместе. В связи с етым, известны ли вам другие данние о мтДНК болгаров, или все по етому. Все ли Т* в сущности Т2?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #1 : 20 Август 2009, 15:04:01 »
Дорогая Eastara, рад видеть Вас на Молгене! Да, мы знакомы уже лет 5 :)

Похоже, что Ваш случай действительно сложный, так как никакой специфики в coding region нет. Значит, метод поиска совпадений такой:

1) смотреть похожие ГВС1 с 16287 отличающиеся максимум на 1-2 мутации, как правило это будет 16296
2) если у них есть FGS то отсекать все у которых есть любые лишние мутации кроме Ваших

По ГВС1 как Вы знаете совпадений немного и одно действительно из Болгарии (не из Румынии!)

Richards 2000, Bulgarians, 1/111, 126-287-294 (HVS1 ends before 16519 so it was not checked)
SWGDAM 2002, USA Caucasians, 1/245, 126-287-294-519 73-263-309.1C-315.1C
Babalini 2005, Croatians from Italy, 1/137, 126-287-294-296
Behar 2007, GP database, 1/16403, 126-189-287-294-296-519


Кроме хорвата из Италии есть еще один такой же неопубликованный вариант с Юга Хорватии.

Пишите!

В.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #2 : 20 Август 2009, 15:15:38 »
Eastara, there is a suspicion that the lab could overlook a coding region mutation that you actually have. I'm not inclined to insist in all similar cases that a lab error is the reason, but it's not so unlikely after all.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Re: Вопросы o T2
« Ответ #3 : 20 Август 2009, 15:37:41 »
Eastara, there is a suspicion that the lab could overlook a coding region mutation that you actually have. I'm not inclined to insist in all similar cases that a lab error is the reason, but it's not so unlikely after all.
Не совсем понимаю, какая мутация отсуствует? Возможно ли, что я просто "очень старая" - в основи дерева и никакие больше мутации не произошли? Так я Т2* и в никаких субгруппов не попаду.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #4 : 20 Август 2009, 15:41:46 »
Eastara, большинство известных FGS имеет какое-то отличия в coding region от корня своей гаплогруппы. Например, у всех T5 общая одна мутация 16153 и у каждого есть специфика в coding region. Случай как у Вас бывает редко. Это возможно, конечно возможно, но в несколько раз реже чем типичный случай.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Re: Вопросы o T2
« Ответ #5 : 20 Август 2009, 15:47:08 »
Eastara, большинство известных FGS имеет какое-то отличия в coding region от корня своей гаплогруппы. Например, у всех T5 общая одна мутация 16153 и у каждого есть специфика в coding region. Случай как у Вас бывает редко. Это возможно, конечно возможно, но в несколько раз реже чем типичный случай.
Забыла написать, что у меня тоже heteroplasmy mutation 214A/G.
Ето что-то меняет?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #6 : 20 Август 2009, 15:54:19 »
Пожалуй, ничего не меняет. Такая мутация известна в T1 и T2b, но я не знаю примеров с T2*. Кстати, и мутация 16287 в T не такая редкость, она есть в нескольких ветвях. Пока я вижу только одно надежное совпадение - у Ричардса, из-за близости по географии.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Re: Вопросы o T2
« Ответ #7 : 20 Август 2009, 16:11:02 »
Пожалуй, ничего не меняет. Такая мутация известна в T1 и T2b, но я не знаю примеров с T2*. Кстати, и мутация 16287 в T не такая редкость, она есть в нескольких ветвях. Пока я вижу только одно надежное совпадение - у Ричардса, из-за близости по географии.

Спасибо большое, Валери. Значить возможны совпадения только локальные из Балканского региона. Хотела бы больше болгаров занялись генетичной генеалогией, пока маловато. Все таки нужно ожидать резюльтаты T_FGS проекта, может быть рекласификация.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #8 : 20 Август 2009, 17:46:35 »
Только если в проекте будут T* как у Вас, то есть древний предковый тип. Иначе пользы от T_FGS вам не будет.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Re: Вопросы o T2
« Ответ #9 : 21 Август 2009, 14:09:02 »
Я хочу спросить, откуда берете данние о болгарской mtDNK. Я нашла только это http://www.stats.gla.ac.uk/~vincent/founder2000/index.html, но там болгары и румыны вместе. Болгарский генетический проект конкретно интересуется возможными азиатскими линиями, так как европейские гаплогруппы равномерно распределены. До сих пор мы нашли группы D и W в не столь небольшое количество. Некоторые U тоже под вопросом.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #10 : 21 Август 2009, 14:37:38 »
Я хочу спросить, откуда берете данние о болгарской mtDNK. Я нашла только это http://www.stats.gla.ac.uk/~vincent/founder2000/index.html, но там болгары и румыны вместе. Болгарский генетический проект конкретно интересуется возможными азиатскими линиями, так как европейские гаплогруппы равномерно распределены. До сих пор мы нашли группы D и W в не столь небольшое количество. Некоторые U тоже под вопросом.


eastara, полный набор сиквенсов Ричардса опубликован в Генбанке почти 10 лет назад. Я могу Вам выслать все 111 болгарских, скажите адрес.

Оффлайн eastaraАвтор темы

  • Сообщений: 111
  • Рейтинг +29/-0
  • Y-ДНК: I2*
  • мтДНК: T2
Re: Вопросы o T2
« Ответ #11 : 21 Август 2009, 15:13:13 »
Я хочу спросить, откуда берете данние о болгарской mtDNK. Я нашла только это http://www.stats.gla.ac.uk/~vincent/founder2000/index.html, но там болгары и румыны вместе. Болгарский генетический проект конкретно интересуется возможными азиатскими линиями, так как европейские гаплогруппы равномерно распределены. До сих пор мы нашли группы D и W в не столь небольшое количество. Некоторые U тоже под вопросом.

Спасибо, написала на личний емейл.

eastara, полный набор сиквенсов Ричардса опубликован в Генбанке почти 10 лет назад. Я могу Вам выслать все 111 болгарских, скажите адрес.

Оффлайн Ustimov

  • Сообщений: 154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +17/-1
  • Y-ДНК: I2a1b2a1
  • мтДНК: V1a
Re: Вопросы o T2
« Ответ #12 : 07 Октябрь 2011, 11:40:03 »
Уважаемый Valery. Сегодня получил данные на отца. Его мито T2b.
Можно ли что-нибудь сказать конкретное по этому:
HVR2: 73G 263G CR: 709A 930A 750G 1438G 2706G 1888A 4216C 4769G 4917G 5147A 8697A 7028T 8860G 10463C 11251G 11719A 13368A 11812G 14233G 15326G 14766T 15452A 15607G 15928A HVR1: 16126C 16304G (16519C)
Премного благодарен! :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Вопросы o T2
« Ответ #13 : 07 Октябрь 2011, 12:46:22 »
Это FGS или 23? Если FGS, то это корневой тип T2b без существенных особенностей за исключением отсутствия 16296.Таких мильон в Европе :( Глухо, без генеалогических перспектив.

Если же это 23 то есть шансы что при полном секвенировании выскочит что-то генеалогическое.

Оффлайн Ustimov

  • Сообщений: 154
  • Страна: ru
  • Рейтинг +17/-1
  • Y-ДНК: I2a1b2a1
  • мтДНК: V1a
Re: Вопросы o T2
« Ответ #14 : 07 Октябрь 2011, 13:08:37 »
Это FGS или 23? Если FGS, то это корневой тип T2b без существенных особенностей за исключением отсутствия 16296.Таких мильон в Европе :( Глухо, без генеалогических перспектив.

Если же это 23 то есть шансы что при полном секвенировании выскочит что-то генеалогическое.
Это 23!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100