Дискуссии на тему ДНК-генеалогии > Филогения и кладистика
Ручное построение дерева (wertner)
I2a1a:
Циркулярная кладограмма с учетом длины ветвей.
I2a1a:
График соотношения RI (индексов гомоплазии) между выявленными 2100 вероятными деревьями группы из 145 43-маркерных гаплотипов.
Среднеарифметическое значение индекса:0.17967889; медианное: 0.17454545 (n=2001 деревьев).
Под индексом ретенции в кладистике понимается доля очевидной синаморфии значений (в нашем случае локусных значений), которая присутствует в качестве синаморфии в построенном дереве). Формула расчета: RI= (g-s)/(g-M), где g-верхний порог значения, принимаемого локусом в любом построенном дереве, s- минимального количество шагов изменения значения локуса в дереве, M-число шагов которое требуется в конкретном дереве.
I2a1a:
Я вот еще что подумал, а нельзя ли использовать значения mppart (частоту партиций ветви среди всех найденных MP деревьев) в Мурки как некий аналог апостериорной вероятности, в то время как априорную вероятность при 66 маркерных гаплотипах вычислять как произведение вероятности не-мутаций на вероятность мутации в тех локусах, которе Мурка показывает на ребрах отрезка графа между предковым гаплотипом и гаплотипом потомка.
I2a1a:
И еще, если я правильно понял, априорная вероятность равна мат.ожиданию апостериорной вероятности?
wertner:
--- Цитата: Vadim Verenich от 07 Сентябрь 2009, 14:52:37 ---Я вот еще что подумал, а нельзя ли использовать значения mppart (частоту партиций ветви среди всех найденных MP деревьев) в Мурки как некий аналог апостериорной вероятности, в то время как априорную вероятность при 66 маркерных гаплотипах вычислять как произведение вероятности не-мутаций на вероятность мутации в тех локусах, которе Мурка показывает на ребрах отрезка графа между предковым гаплотипом и гаплотипом потомка.
--- Конец цитаты ---
Можно использовать аналог mppart, но со "взвешенным" участием каждого дерева пропорционально его вероятности.
Но для решения какой задачи Вы предлагаете использовать mppart и вероятность ветви (как произведения вероятности ребер)? Для принятия решения о правильности ветви?
--- Цитата: Vadim Verenich от 07 Сентябрь 2009, 14:59:27 ---И еще, если я правильно понял, априорная вероятность равна мат.ожиданию апостериорной вероятности?
--- Конец цитаты ---
Да, правильно.
Сначала из априорных вероятностей мутаций и предположения о возрасте предка получаем апостериорную вероятность каждой гипотезы, этим получаем распределение априорной вероятности.
Затем для удобства восприятия можем вычислить мат. ожидание распределения.
Навигация
Перейти к полной версии