CTS1211

[Daemon2017]

По просьбе Daemon2017, попробовал составить карту таксономического разнообразия для R-CTS1211(M558). Были использованы данные из открытых источников, анализ проводился только по основным низлежащим снипам Y35, YP343, YP1019 и YP1034 (нельзя исключить, что если будет добавлена информация о географическом размещении иных снипов - неучтенных здесь, то картина может измениться). Из выборки более 500 образцов были исключены семейные образцы и образцы из одного места. Получилось следующее:

Внимание: данные по снипам перед анализом не выверял, они были взяты в том числе с неподтвержденными снипами, но близкие по предикторам.

Спасибо! Т.е. наибольшее разнообразие находится на линии Сумы-Курск?

[TK]

Хорошая мысля приходит опосля...
Решил переделать картинку, чтобы каждый уровень соответствовал счетному количеству снипов (1-2-3-4 в порядке насыщения цвета). Так что та же картинка еще раз:


Насчет точности определения места - вынужден разочаровать - реально точность очень небольшая (выборка-то не выверенная).
Надо еще будет оценить вероятные погрешности, но ± 200-500 км - это как нечего делать, даже если данные - точные.
Ведь с тех пор прошло очень много времени и кто знает, как на самом деле шли миграции.
Так, видимые сейчас центры могут быть вообще обоснованы урбанизацией аж XX века...

Для сравнения - еще та же карта, но с "избыточной" детализацией (раза в 3):


Кстати, поскольку я использовал не выверенные данные, а в том числе отнесенные к конкретным снипам просто по итогам их классификации, то показанный пик вполне может быть фиктивным! Если, например, по предикторам какие-то образцы были ошибочно приписаны не к тому субкладу.

[Daemon2017]

Хорошая мысля приходит опосля...
Решил переделать картинку, чтобы каждый уровень соответствовал счетному количеству снипов (1-2-3-4 в порядке насыщения цвета). Так что та же картинка еще раз:


Насчет точности определения места - вынужден разочаровать - реально точность очень небольшая (выборка-то не выверенная).
Надо еще будет оценить вероятные погрешности, но ± 200-500 км - это как нечего делать, даже если данные - точные.
Ведь с тех пор прошло очень много времени и кто знает, как на самом деле шли миграции.
Так, видимые сейчас центры могут быть вообще обоснованы урбанизацией аж XX века...

Для сравнения - еще та же карта, но с "избыточной" детализацией (раза в 3):


Кстати, поскольку я использовал не выверенные данные, а в том числе отнесенные к конкретным снипам просто по итогам их классификации, то показанный пик вполне может быть фиктивным! Если, например, по предикторам какие-то образцы были ошибочно приписаны не к тому субкладу.

Шикарно!
Ну администраторы проекта R1a почти всегда идеально прогнозируют снипы, так что в них я уверен

А не могли бы Вы сделать картину и для Z92? 
Наличие карт трёх условно сестринских субкладов (M458, CTS1211, Z92) даст море пищи для размышлений.

[TK]

Конечно, попробую и для Z92. Вообще, написал бы методичку, но как-то фигово формализуются приемы, которые я использую для обработки данных (кроме совсем заключительного этапа). Самое сложное - получить выборку с координатами. А вот потом на карту их нанести, конечно, никаких проблем.

Вообще, если бы в YFULL были данные о координатах, то с учетом всех промежуточных снипов (а не только по реперным точкам дерева, порой отстоящим друг от друга на 1000 и более лет), можно было бы в разы точнее определять такие вещи.

[Daemon2017]

Конечно, попробую и для Z92. Вообще, написал бы методичку, но как-то фигово формализуются приемы, которые я использую для обработки данных (кроме совсем заключительного этапа). Самое сложное - получить выборку с координатами. А вот потом на карту их нанести, конечно, никаких проблем.

Вообще, если бы в YFULL были данные о координатах, то с учетом всех промежуточных снипов (а не только по реперным точкам дерева, порой отстоящим друг от друга на 1000 и более лет), можно было бы в разы точнее определять такие вещи.

Методичка была бы шикарна
А координаты Вы получаете из названий населенных пунктов, которые люди в FTDNA указывают?

[TK]

Беру автоматически (маленький поисковик собирает), но полагаю, что он естественно ориентируется на то, что люди указывают (чудес же не бывает).

[TK]

Для Z92 ничего вменяемого не получается - слишком маленькая выборка (около 150 образцов), да и на верхнем уровне Z92 делится лишь на пару основных снипов. Если же пытаться делать анализ с учетом менее древних снипов (но интервал до них почти 1000 лет (в ветке Y4459)), то как реперные точки получаются такие места скопления представителей разных снипов: Курск, Брест, и Литва-Латвия.

[TK]

Но вообще такая неопределенность вполне укладывается, например, в наличие процессов миграции (как раз в это время) представителей ямной культуры и формирование культуры боевых топоров (шнуровой керамики) http://elementy.ru/novosti_nauki/432506/Paleogenetika_podtverdila_vazhnyy_vklad_prichernomorsko_kaspiyskikh_stepnyakov_v_formirovanie_genofonda_evropeytsev

[Daemon2017]

Беру автоматически (маленький поисковик собирает), но полагаю, что он естественно ориентируется на то, что люди указывают (чудес же не бывает).

Попробую за лето Вам с этим как-нибудь помочь. Надо как-то напрямую дергать координаты 

Для Z92 ничего вменяемого не получается - слишком маленькая выборка (около 150 образцов), да и на верхнем уровне Z92 делится лишь на пару основных снипов. Если же пытаться делать анализ с учетом менее древних снипов (но интервал до них почти 1000 лет (в ветке Y4459)), то как реперные точки получаются такие места скопления представителей разных снипов: Курск, Брест, и Литва-Латвия.

Эх, жаль... Мне всегда казалось, что протестированных Z92 чуть ли не больше, чем CTS1211!

Но вообще такая неопределенность вполне укладывается, например, в наличие процессов миграции (как раз в это время) представителей ямной культуры и формирование культуры боевых топоров (шнуровой керамики) http://elementy.ru/novosti_nauki/432506/Paleogenetika_podtverdila_vazhnyy_vklad_prichernomorsko_kaspiyskikh_stepnyakov_v_formirovanie_genofonda_evropeytsev

Эта теория, в свете последних публикаций, все менее убедительна. Если я не ошибаюсь, Балановские картировали распространение аутосомного компонента ямников и... он двигается в сторону, противоположную ожидаемой сторонниками того, что шнуровики происходят от ямников! Не то, что я эксперт, но мне кажется, что так быть не должно 

[TK]

Для Z92 ничего вменяемого не получается - слишком маленькая выборка (около 150 образцов), да и на верхнем уровне Z92 делится лишь на пару основных снипов. Если же пытаться делать анализ с учетом менее древних снипов (но интервал до них почти 1000 лет (в ветке Y4459)), то как реперные точки получаются такие места скопления представителей разных снипов: Курск, Брест, и Литва-Латвия.

Эх, жаль... Мне всегда казалось, что протестированных Z92 чуть ли не больше, чем CTS1211!

В YFULL образцов под Z92 - 57 штук, а под CTS1211 - 250 штук.

Но вообще такая неопределенность вполне укладывается, например, в наличие процессов миграции (как раз в это время) представителей ямной культуры и формирование культуры боевых топоров (шнуровой керамики) http://elementy.ru/novosti_nauki/432506/Paleogenetika_podtverdila_vazhnyy_vklad_prichernomorsko_kaspiyskikh_stepnyakov_v_formirovanie_genofonda_evropeytsev

Эта теория, в свете последних публикаций, все менее убедительна. Если я не ошибаюсь, Балановские картировали распространение аутосомного компонента ямников и... он двигается в сторону, противоположную ожидаемой сторонниками того, что шнуровики происходят от ямников! Не то, что я эксперт, но мне кажется, что так быть не должно 

Ну, по крайней мере в книге 2015 года "Генофонд Европы" (стр. 299-309) для данного временного интервала (около 4500 лет назад) нет противоречия направлению, по крайней мере частичной, такой миграции. Хотя автор и размышляет об иных возможных вариантах событий тех лет.

[lndy980112]

My result is R1a1a1b1a2b3-Z280-CTS1211
I am a Chinese in the middle of China. I'm really curious about how my ancestor came to China...

[Semargl]

My result is R1a1a1b1a2b3-Z280-CTS1211
I am a Chinese in the middle of China. I'm really curious about how my ancestor came to China...

Welcome to the forum. Have you been tested in FTDNA?
Where can I see your haplotype?

[lndy980112]

My result is R1a1a1b1a2b3-Z280-CTS1211
I am a Chinese in the middle of China. I'm really curious about how my ancestor came to China...

Welcome to the forum. Have you been tested in FTDNA?
Where can I see your haplotype?

Thank you. I'm sorry to see your reply now. My Y chromosome is tested in China, and the most detailed result I know is CTS3402 (it seems to be common in Poland). But my SNP test is still in the process, but unfortunately, my BAM file doesn't seem to be allowed to appear on Family Tree DNA, but it can only appear on YFULL.

[lndy980112]

My result is R1a1a1b1a2b3-Z280-CTS1211
I am a Chinese in the middle of China. I'm really curious about how my ancestor came to China...

Welcome to the forum. Have you been tested in FTDNA?
Where can I see your haplotype?

Thank you. I'm sorry to see your reply now. My Y chromosome is tested in China, and the most detailed result I know is CTS3402 (it seems to be common in Poland). But my SNP test is still in the process, but unfortunately, my BAM file doesn't seem to be allowed to appear on Family Tree DNA, but it can only appear on YFULL.

By the way, China's R1a European types seem to be few. In 110 R1a cases, except for me and the another man, the rest are all Asian type (R1a1a1b2).

[Semargl]

Thank you. I'm sorry to see your reply now. My Y chromosome is tested in China, and the most detailed result I know is CTS3402 (it seems to be common in Poland). But my SNP test is still in the process, but unfortunately, my BAM file doesn't seem to be allowed to appear on Family Tree DNA, but it can only appear on YFULL.

Welcome to YFull. I'll be glad to see you there.