АвторТема: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs  (Прочитано 18508 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« : 24 Ноябрь 2012, 21:05:20 »
Ещё один вариант информации о том, какие снипы пытают.
На этот раз корреспондент - уважаемый человек.

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=18&t=724&view=unread&sid=06c5d00581ef637c7e0785ca81b5b49e#p6034

Цитата: daver
1386 of the 2159 SNP names listed in the ISOGG SNP Index are in the Geno 2.0 Y-SNP list.
https://dl.dropbox.com/u/92587284/ISOGG_SNP_Index_Geno_2.0.xls

‎924 SNPs (L, M, P, PAGES, V, YSC, and Z) listed in Geno 2.0 that are not in the ISOGG SNP Index.
https://dl.dropbox.com/u/92587284/Geno-SNPs_not_in_ISOGG.xls

No information available at this point on 10000+ of the 12438 SNPs listed in Geno 2.0.
https://dl.dropbox.com/u/92587284/Geno-Y-SNPs.txt

Regards,
david
« Последнее редактирование: 24 Ноябрь 2012, 21:17:36 от mouglley »

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #1 : 28 Ноябрь 2012, 10:46:29 »
http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=18&t=724&view=unread&sid=6b54e81f7443ceee028aa31a42be89d5#p6140
Цитата: fjnj
There are about 270 F-series snps for the N haplogroup that are on the geno 2.0 chip.  People from Fudan Univseristy had talked about some major reorganizations of the N -tree based on these snps.

Оффлайн Иван Карцов

  • Сообщений: 347
  • Рейтинг +27/-0
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #2 : 28 Ноябрь 2012, 11:05:21 »
Добрый день!
Подскажите, правильно ли я понимаю, что в данном случае речь идет об изучении снипов участков ДНК, выходящих за рамки объема WTY (т.е. более полные расшифровки)?
Или же все-таки сделанный индивидуальный WTY-тест и найденные в нем снипы исключают наличие чего-то нового для данного образца из того, о чем упоминаете Вы?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #3 : 28 Ноябрь 2012, 11:59:12 »
Добрый день!
Подскажите, правильно ли я понимаю, что в данном случае речь идет об изучении снипов участков ДНК, выходящих за рамки объема WTY (т.е. более полные расшифровки)?
Или же все-таки сделанный индивидуальный WTY-тест и найденные в нем снипы исключают наличие чего-то нового для данного образца из того, о чем упоминаете Вы?

Да, найденные в разных геномных проектах снипы находятся на участках, включающих и выходящих далеко за рамки WTY.
Т.е. WTY не проверяли все эти участки.
Но пока не будет ясно, какие там снипы для N, особенно в серии YSC, с остальными вроде понятно, заказывать Geno 2.0 не имеет смысла.
Все снипы для N из других серий не информативны.  Для Вас по крайней мере.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #4 : 06 Январь 2013, 13:05:11 »
Проанализировал raw-data 113355 Tawast, 133144 Charoriski и 229357 Legits 

Результаты почти нулевые

229357 Legits - CTS10082  T   T (мутация есть)
113355 Tawast, 133144 Charoriski CTS10082  G   G (мутации нет)
CTS10082 равен по положение с Z1936

Общие снипы у 113355 Tawast, 133144 Charoriski
CTS10760, CTS2929, CTS8428, F4045, L550

Эти снипы у 229357 Legits'a отрицательные.

И всё.
Все остальные снипы либо общие для N, либо общие у N и R.

У 113355 Tawast'a не обнаружено никаких снипов, которые отличают его от 133144 Charoriski'ego



Таблица по ссылке требует корректировки

https://docs.google.com/spreadsheet/lv?key=0AofXZc5j2d_pdENfY3RUd2hGaVpOYVF5Q3RHdEJBVkE&type=view&gid=0&f=true&sortcolid=-1&sortasc=true&page=1&rowsperpage=250

Требуется еще raw-data Pyykkonen'a

« Последнее редактирование: 07 Январь 2013, 11:58:16 от Yurgan »

Оффлайн Mukovnikov

  • Сообщений: 1417
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-6
  • Y-ДНК: N-Y5611; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #5 : 06 Январь 2013, 13:31:43 »
Общие снипы у 113355 Tawast, 133144 Charoriski
CTS10760, CTS2929, CTS8428, F4045, L550
...Эти снипы у 229357 Legits'a отрицательные.  ...

CTS2929 = VL29 (как Вы уже сообщали нам)

А почему F4045 в таблице стоит со знаком вопроса?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2129
  • Рейтинг +580/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #6 : 06 Январь 2013, 13:33:35 »
Проанализировал raw-data 113355 Tawast, 133144 Charoriski и 229357 Legits 

Результаты почти нулевые
Ну а что можно ожидать от Geno 2.0 продвинутым пользователям FTDNA?
Поскольку дерево снипов детерминировано, достаточно знать самую позднюю мутацию. Тогда все предыдущие будут известны.
Другое дело - новички. У них будет видно все начальное дерево.

В этом проекте есть отдельная задача - выяснить взаимное положение различных мутаций, найденных в новых сериях (F, CTS  и т.д.). Чем уважаемый Yurgan успешно занимается.

У 113355 Tawast'a не обнаружено никаких снипов, которые отличают его от 133144 Charoriski'ego
Интересно. А какова генетическая дистанция между ними по Y-STR гаплотипам?

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #7 : 06 Январь 2013, 13:37:12 »
А почему F4045 в таблице стоит со знаком вопроса?
Там похоже делеция (выпадение), но мне не удалось это выяснить.
Надо ждать от FTDNA запуска этих снипов
CTS10760, CTS8428, F4045
Похоже CTS10760 и CTS8428 будут равны L550 или будут ниже.
« Последнее редактирование: 06 Январь 2013, 13:47:50 от Yurgan »

Оффлайн Mukovnikov

  • Сообщений: 1417
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-6
  • Y-ДНК: N-Y5611; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #8 : 06 Январь 2013, 15:19:10 »
Требуется еще raw-data Pyykkonen'a
А какой номер кита у Pyykkonen'a, и в каком он проекте?  Кто-то из карельской ветви или Savo?


Будут еще данные Holmes N90103 (L550+; L1025- , но не из кластера рюрикидов):
Цитировать
dwight
Posted: Tue Dec 18, 2012 11:50 pm

The progress bar on my Genographic 2.0 results finally got moved up from 60% to 80% ("Quality control"). Hopefully, my results will post soon!
http://eng.molgen.org/viewtopic.php?p=6933#p6933

Оффлайн Bertarido

  • Сообщений: 16
  • Рейтинг +4/-0
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #9 : 06 Январь 2013, 16:20:43 »
Он в проекте N1c1 (N25747).

Мой результат должен быть в ближайшие неделю-две (213565), теперь на 60%.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #10 : 07 Январь 2013, 09:59:54 »
Он в проекте N1c1 (N25747).

Мой результат должен быть в ближайшие неделю-две (213565), теперь на 60%.
Подождем.
Будет ясно расположение CTS10760, CTS8428, F4045.

А кто-нибудь из N-L1022 проверяется через Geno2.0?
« Последнее редактирование: 07 Январь 2013, 10:36:06 от Yurgan »

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #11 : 07 Январь 2013, 10:52:08 »
Требуется еще raw-data Pyykkonen'a
А какой номер кита у Pyykkonen'a, и в каком он проекте?  Кто-то из карельской ветви или Savo?
Pyykkonen - Savo

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #12 : 07 Январь 2013, 10:54:37 »
Вот что примерно получается на данный момент

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #13 : 07 Январь 2013, 15:40:00 »
Но пока у Legits L392-, трудно верить их результатам.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8726
  • Страна: gt
  • Рейтинг +671/-6
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Hg N and Geno 2.0 Y-SNPs
« Ответ #14 : 07 Январь 2013, 15:49:58 »
Но пока у Legits L392-, трудно верить их результатам.
Да, верно.
Согласно Geno 2.0 у всех N и К L392 - A A.
А у N1с1 должно быть C C
Даже в Pesonal Genome у двух N-L550 L392 - C C.
Халтура. А еще деньги берут.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100