АвторТема: Анализ родства по данным Х-хромосомы  (Прочитано 40747 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #180 : 02 Ноябрь 2018, 22:07:10 »
Указанные совпаденцы по X-DNA скорее всего никакими родственниками и не являются. Просто случайные встречные.
Чем обоснуете? Вы генетик? Или GEDmatch все придумал?  :)

Не надо быть электриком, чтобы вскипятить чай.

Из-за рекомбинации X-хромосомы стройного метода определения родства (количественного) создать не получается. Аналогично для аутосом.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,8868.msg332823.html#msg332823

Разве есть отличие в качественном анализе:



Цитировать
Вопрос: Как учитывать родство по X-хромосоме?
Ответ: Общие сегменты по X-хромосоме нужно учитывать наравне с аутосомными сегментами и на тех же основаниях. Специфика лишь в том, что от отца к сыну (ММ) X-хромосома не передается, а при передаче ЖМЖ (бабушка-отец-дочь) в среднем звене рекомбинация не происходит, как если бы передача происходила непосредственно от бабушки к внучке. Следовательно, в первом случае X-хромосомное родство по линиям с такими звеньями (отец-сын) невозможно, а во втором среднее звено (мужское поколение) при расчете количества поколений до общего предка по X-хромосомному родству в каждом из подобных случаев необходимо исключить. Например, при передаче участков X-хромосомы по пути ЖМЖМЖЖЖ прошло 6 реальных поколений, но "расчетных" только 4 (количество женщин в цепочке, кроме последней).


Онлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #181 : 02 Ноябрь 2018, 22:14:44 »
Указанные совпаденцы по X-DNA скорее всего никакими родственниками и не являются. Просто случайные встречные.

Ну, а если брать точку отсчёта от Адама...  ;D
Действительно, уже несколько столетий до общего предка делает поиски практически недокументированными.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1419
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #182 : 03 Ноябрь 2018, 11:43:16 »
Извините что пишу в этой теме,не хочу создавать новую,скажите, в списке совпаденцев GEDmatch  для тестируемой женщины только по X  указаны совпаденцы по материнской линии, а те кто идут и по X и по A по матери отца?

Указанные совпаденцы по X-DNA скорее всего никакими родственниками и не являются. Просто случайные встречные.
Чем обоснуете? Вы генетик? Или GEDmatch все придумал?  :)
Я не генетик, к сожалению, по образованию. Но здравый смысл никто не отменял.
gedmatch ничего не придумал - совпадение есть. Оно действительно. Вопрос только лишь в том как его трактовать. Мне сложно придумать хорошую аналогию. Конкретно в случае X хромосомы ситуация какая. Она сама по себе достаточно короткая. Имеет свой особый шаблон наследования. И получается чисто с практической точки зрения, что совпадение по x dna меньше, чем на 1/2-1/3 хромосомы - это шлак. С другой стороны, она может быть очень полезна как дополнительный фактор для анализа. Когда, например, у вас есть совпадение по atDNA и нужно понять с какой он стороны (материнская/отцовская и т.п.). Но, повторюсь, что сама по себе x-dna в отрыве, увы, бесполезна

Оффлайн ALB

  • Сообщений: 179
  • Рейтинг +31/-1
  • Y-ДНК: R1a FT29096
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #183 : 02 Декабрь 2018, 16:52:06 »
имеются общие сегменты на  Х ,  синий  - с двоюродной сестрой по материнской линии  , красный с четвероюродной сестрой по отцовской линии  (прабабушки - родные сестры) . Совпадающие на одном участке .
При том что , у двоюродной сестры по материнской линии , этого совпаденца нет . Это как то можно объяснить ?


Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5911/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #184 : 02 Декабрь 2018, 17:54:01 »
Цитировать
двоюродной сестрой по материнской линии  , красный с четвероюродной сестрой по отцовской линии  (прабабушки - родные сестры)
Для установления родства по иксу между женщинами требуется детализованная раскладка их родословной. Та степень родства, что вы привели, не позволит точно сказать, от какого именно предка у них общие сегменты.

Схема родства по X-хромосоме (X-match)

Для женщин:


Для мужчин:



Возможное число вариантов передачи X-хромосомы (N) в зависимости от числа поколенных переходов (n):

Для мужчин N=2^n (2 в степени n)
Для женщин N=1,1988(EXP^0,4767n)

Родительский уровень n=0

Оффлайн СкифСарматГуннБулгарТатар

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #185 : 05 Январь 2019, 06:03:51 »
Уважаемые форумчане, вопрос по Х-хромосоме, может кто знает ответ.
У меня появилась  совпаденка с общим участком по Х-хромосоме аж на уровне 54сМ, причем одним куском. Но это
совпадение в расчетах родства, оказывается, не учитывается. Интересно, почему? Или это ошибка программы?

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1419
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #186 : 09 Январь 2019, 09:20:13 »
Уважаемые форумчане, вопрос по Х-хромосоме, может кто знает ответ.
У меня появилась  совпаденка с общим участком по Х-хромосоме аж на уровне 54сМ, причем одним куском. Но это
совпадение в расчетах родства, оказывается, не учитывается. Интересно, почему? Или это ошибка программы?
Если совпаденка, то явно, что женщина. У женщины, как известно, две Х хромосомы. Если Вы - мужчина, то у Вас - одна.
Итог может быть такой, что алгоритм увидел совпадение, там где его нет. Проиллюстрирую:

X1 abcdefghi
X2 jklmnopqr

X  akcmeogqi
Y  ?????????

Оффлайн Balymba

  • Сообщений: 381
  • Страна: ua
  • Рейтинг +162/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #187 : 20 Январь 2019, 11:20:03 »
Просьба ко всем помочь решить один ребус: у моего отца и матери ФТДНА дает совпадение 160/25. Совпадение по Х-хромосоме 32.68 сМ 3300 SNPs. У них общая прабабушка, но отец не мог унаследовать от нее Х-хромосому (ММЖЖ), так, что круг поиска заметно сужается. Есть одно предположение, но боюсь ошибиться - возможно общей является одна из предков - для отца она МЖЖЖЖ, для мамьі ЖМЖМЖ. Первьіе в єтом ряду собственно отец и мать. Такая догадка косвенно подтвержается документами земельньіх угодий (метрические книги сохранились плохо).

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 907
  • Страна: us
  • Рейтинг +505/-1
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #188 : 20 Январь 2019, 19:40:37 »
Есть одно предположение, но боюсь ошибиться - возможно общей является одна из предков - для отца она МЖЖЖЖ, для мамьі ЖМЖМЖ. Первьіе в єтом ряду собственно отец и мать.

Возможно - схеме родства по X хромосоме не противоречит.

Оффлайн Balymba

  • Сообщений: 381
  • Страна: ua
  • Рейтинг +162/-0
  • Y-ДНК: I2a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #189 : 20 Январь 2019, 19:49:24 »
Есть одно предположение, но боюсь ошибиться - возможно общей является одна из предков - для отца она МЖЖЖЖ, для мамьі ЖМЖМЖ. Первьіе в єтом ряду собственно отец и мать.

Возможно - схеме родства по X хромосоме не противоречит.
Спасибо! И длина общего сегмента тоже подходит?
И еще один вопрос - если у матери есть совпадения с кем-то на другой Х-хромосоме чем с отцом. И если с отцом у них сопадение по хромосоме полученной матерью от своего, то другая хромосома (и соответственно совпадения на ней) - от матери?

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 907
  • Страна: us
  • Рейтинг +505/-1
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #190 : 21 Январь 2019, 19:44:43 »
Спасибо! И длина общего сегмента тоже подходит?
И еще один вопрос - если у матери есть совпадения с кем-то на другой Х-хромосоме чем с отцом. И если с отцом у них сопадение по хромосоме полученной матерью от своего, то другая хромосома (и соответственно совпадения на ней) - от матери?

Я видел пример примерно такого же совпадения для пятиюродных ( fourth cousin). С X хромосомами всё не так просто, потому что происходит рекомбинация:

Х хромосома, которую женщина получает от своего отца, является точной копией его Х-хромосомы (которую он получил от своей матери)

Х хромосома, которую мужчины и женщины получают от своей матери, обычно представляет собой некоторую комбинацию двух Х хромосом матери.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5911/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #191 : 03 Февраль 2019, 05:20:14 »
К дочери от матери действительно может перейти одна из Х-хромосом, частично рекомбинированная с другой, но это ограниченное явление. Для упрощения жизни им можно пренебречь.
Если ситуация криминальная, то можно задействовать митотестами и посмотреть родство по прочим аутосомам. Так и так, отдельный икс-тест мало кто заказывает, почти все выживают эти данные из ФФ.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #192 : 09 Июнь 2019, 22:58:23 »
Уважаемый Шад опубликовал в соседней теме сообщение, заставившее меня наверное впервые более серьёзно задуматься о том, откуда ко мне пришла моя X-хромосома.

X-хромосома ведь тоже не рекомбинируется, как Y?

Тогда получается, что я мог получить X-хромосому либо отца мамы, либо мамы мамы.

Мой двоюродный племянник Марк Попов является моим совпаденцем также и по X-хромосоме. У нас следующие цепочки родственных линий (все женские фамилии - девичьи):

Цитировать
Ярослав Волков < Ольга Бурцева < Иван Бурцев/Клавдия Кладова

Марк Попов < Наталья Бурцева < Михаил Бурцев < Иван Бурцев/Клавдия Кладова

Далее идёт следующая нить рассуждений:

1. Марк мог получить X-хромосому только от моей двоюродной сестры Натальи Бурцевой.

2. Мама моей двоюродной сестры не является моей биологической родственницей, поэтому, если бы Наталья Бурцева получила её X-хромосому и передала Марку, совпадения у него со мной бы не было.

3. Значит Наталья Бурцева передала сыну X-хромосому, которую получила от своего отца Михаила Бурцева.

4. Михаил Бурцев получил X-хромосому от своей мамы Клавдии Кладовой.

5. Раз X-хромосома Марка совпала с моей, значит младшая сестра Михаила Бурцева, Ольга Бурцева (моя мама), передала мне, своему сыну, X-хромосому, которую она, как и её старший брат Михаил, тоже получила от своей мамы Клавдии Кладовой, а не X-хромосому от своего отца Ивана Бурцева.

Правильно ли я рассудил?

Тогда все мои совпаденцы по X-хромосоме, получается - это родство по моей бабушке Клавдии Кладовой (мамы мамы)?

Сейчас по направлению к Хьюстону движется набор с генетическим материалом моей двоюродной тёти Юлии Кухаревой, двоюродной сестры моей мамы (дочь старшей сестры мамы моей мамы) по следующим цепочкам родственных линий (все женские фамилии - девичьи):

Цитировать
Юлия Кухарева < Домника Кладова < Яков Кладов/Марфа Кладова (девичья фамилия неизвестна)

Ольга Бурцева < Клавдия Кладова < Яков Кладов/Марфа Кладова (девичья фамилия неизвестна)

Если набор благополучно дойдёт до Хьюстона, тест пройдёт нормально, биологическое родство с моей мамой и со мной подтвердится.

В случае, если я и моя мама совпадём с ней по X-хромосоме, будет ли это значить, что моя бабушка Клавдия Кладова получила свою X-хромосому от своей мамы Марфы Дмитриевны Кладовой (девичья фамилия неизвестна)?

Соответственно, если я и моя мама не совпадём с Юлией Кухаревой по X-хромосоме, значит моя бабушка получила свою X-хромосому от своего отца Якова Кладова?

Тогда получится определить либо что все мои совпаденцы по X-хромосоме - это родство по моему прадеду (отец мамы мамы) Якову Кладову, либо что все мои совпаденцы по X-хромосоме - это родство по моей прабабушке (мама мамы мамы) Марфы Кладовой (девичья фамилия неизвестна)?
« Последнее редактирование: 10 Июнь 2019, 00:52:32 от Yaroslav »

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #193 : 10 Июнь 2019, 01:15:46 »
Как обычно, написал, а потом начал читать тему.

У женщин 2 полученные X-хромосомы как раз рекомбинируются.

Дядя Марка Попова, мой двоюродный брат Андрей Бурцев, младший брат Натальи Бурцевой, его мамы, также, как и я, является совпаденцем Марка по X-хромосоме. А Андрей Бурцев получил свою X-хромосому от своей мамы, которая не является моей биологической родственницей.

То есть, Марку от его мамы достался X-хромосомный микс от дедушки (папы мамы - по которому совпадение со мной) и бабушки (мамы мамы - по которому совпадение с Андреем Бурцевым).

Значит, и у меня такой же X-хромосомный микс от моей мамы.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 687
  • Страна: aq
  • Рейтинг +118/-0
Re: Анализ родства по данным Х-хромосомы
« Ответ #194 : 10 Июнь 2019, 11:14:30 »

У женщин 2 полученные X-хромосомы как раз рекомбинируются.


У самой-то женщины нет. Она обладает двумя Х-хромосомами, от её отца и матери.
А вот при дальнейшей передачи своим детям происходит рекомбинация. Сын получает только одну Х-хромосому от своей матери, а дочка одну Х-хромосому от отца и одну Х-хромосому от матери.
Вопрос заключается в том, существует ли определённый алгоритм при рекомбинации двух Х-хромосом при передачи их от матери детям?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.