С другой стороны, номер 002 весьма нетипичный для всей выборки, он далеко убежал от ближайшего гаплотипа 052/053, поэтому возраст выборки, полученный на его основе - верхняя, вероятно завышенная, оценка.
То есть путь такой: объединять гаплотипы одной ветви в пакет и считать средний возраст общего для двух пакетов предка. Видимо, вместо 20 тысяч получим около 15.