АвторТема: Вопрос специалистам по расчётам и филогении  (Прочитано 14262 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Вот график зависимости расстояния T между двумя гаплотипами от числа мутаций на маркер n между ними:
« Последнее редактирование: 23 Март 2010, 05:21:05 от Clavis »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Пока я тоже не вижу принципиальных расхождений между возрастом по Мурке и возрастом, подсчитанным с учётом возвратных мутаций по N1.
Может быть, слишком молодая гаплогруппа. Надо по E, I и J проверить.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
С другой стороны, номер 002 весьма нетипичный для всей выборки, он далеко убежал от ближайшего гаплотипа 052/053, поэтому возраст выборки,  полученный на его основе - верхняя, вероятно завышенная, оценка.
То есть путь такой: объединять гаплотипы одной ветви в пакет и считать средний возраст общего для двух пакетов предка. Видимо, вместо 20 тысяч получим около 15.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11355
  • Страна: az
  • Рейтинг +2077/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #48 : 09 Сентябрь 2009, 19:54:24 »
Маугли, хотелось бы ваших комментариев по этому поводу. Почему получились разные деревья?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11355
  • Страна: az
  • Рейтинг +2077/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #49 : 11 Сентябрь 2009, 11:44:32 »
Дорогой Маугли!

Нижайше кланяюсь. Вы могли бы при помощи Мурки построить древо для гаплотипов в прикреплённом файле.

С неизменным уважением,
Ф.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #50 : 11 Сентябрь 2009, 13:04:03 »

С весами.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #51 : 11 Сентябрь 2009, 17:53:46 »
...древо для гаплотипов в прикреплённом файле...

Фаррух, а чьи это гаплотипы?
Ты пишешь: Jewish E-M35. Это гааплотипы евреев-E1b1b1 разных субкладов?

...
С весами.

Уважаемый mouglley, если я правильно понял, возраст общего предка этой выборки - 9450 лет без поправки на ВМ?

Получается примерно 14800 лет (с поправкой на ВМ).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #52 : 11 Сентябрь 2009, 18:00:55 »
А разве Мурка уже не неучитывает возвратные мутации?


...
С весами.

Уважаемый mouglley, если я правильно понял, возраст общего предка этой выборки - 9450 лет без поправки на ВМ?

Получается примерно 14800 лет (с поправкой на ВМ).

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #53 : 11 Сентябрь 2009, 18:02:13 »
Получается примерно 14800 лет (с поправкой на ВМ).

Это явно "тянет" на реальный возраст E1b1b1-M35.

Фаррух, если в выборке действительно евреи-E1b1b1 разных субкладов, то получается, что они "сидят" на всех ветвях (в разных субкладах) равномерно, так как их возраст их общего предка примерно совпадает с возрастом общего предка всей гаплогруппы E1b1b1-M35.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #54 : 11 Сентябрь 2009, 18:05:50 »
А разве Мурка уже не неучитывает возвратные мутации?
Vadim, я в этом не уверен, потому и спрашиваю.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #55 : 11 Сентябрь 2009, 21:55:08 »
Выборка очень презентабельная, куча разнообразных ветвей, поэтому, я считаю, Мурка учла все возвратные мутации.

Мурка также укоренила дерево сами.
Если Уважаемые представители гаплогруппы E найдут, исходя из исторических событий, какие-то иные варианты укоренения, то возраст изменится значительно.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11355
  • Страна: az
  • Рейтинг +2077/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #56 : 12 Сентябрь 2009, 10:21:37 »
Предлагаю продолжить это обсуждение здесь
Цитировать
Это гааплотипы евреев-E1b1b1 разных субкладов?
Брат, выборка состояла из еврейских 25-маркерных гаплотипов из базы данных Haplozone Е-М35. Из них 116 чел. (65%) относились к гаплогруппе E1b1b1c1, 18 чел. (10%) – E1b1b1a3, 44 чел. (25%) – просто E1b1b1 (без уточнения субклада).

У меня вопрос: правомерно ли строить одно дерево для разных субкладов одной гаплогруппы? Проще говоря, какие  даты будут точнее: три разных древа (E1b1b1c1, E1b1b1a3 и для неопределённых М35) или одно общее?

Как правильно понимать даты с древа? Например:
9449.25
+-236.17 y

означает, что общий предок  жил 9449,25 плюс-минус 236,17 лет назад ?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Вопрос специалистам по расчётам и филогении
« Ответ #57 : 12 Сентябрь 2009, 10:29:01 »
1. Если гаплотипы проснипованы - лучше строить отдельно по каждому субкладу.
2. "+-" означает стандартную погрешность возраста при расчете.

Предлагаю продолжить это обсуждение здесь
Цитировать
Это гааплотипы евреев-E1b1b1 разных субкладов?
Брат, выборка состояла из еврейских 25-маркерных гаплотипов из базы данных Haplozone Е-М35. Из них 116 чел. (65%) относились к гаплогруппе E1b1b1c1, 18 чел. (10%) – E1b1b1a3, 44 чел. (25%) – просто E1b1b1 (без уточнения субклада).

У меня вопрос: правомерно ли строить одно дерево для разных субкладов одной гаплогруппы? Проще говоря, какие  даты будут точнее: три разных древа (E1b1b1c1, E1b1b1a3 и для неопределённых М35) или одно общее?

Как правильно понимать даты с древа? Например:
9449.25
+-236.17 y

означает, что общий предок  жил 9449,25 плюс-минус 236,17 лет назад ?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100