АвторТема: Вопрос специалистам по расчётам и филогении  (Прочитано 14266 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11386
  • Страна: az
  • Рейтинг +2095/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Валерий, это было бы идеально. Но в базе 67-маркерных согруппников всего полтора человека, вот и приходится упрощать

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Валерий, это было бы идеально. Но в базе 67-маркерных согруппников всего полтора человека, вот и приходится упрощать


тогда можете считать что расчет возраста будет надежнее чем восстановление филогении

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11386
  • Страна: az
  • Рейтинг +2095/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Кстати, вообще можно было бы составить минимальный уровень требований, необходимых для более-менее правдоподобного расчёта времени жизни общего предка и построения  деревьев.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34815
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3006/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Кстати, вообще можно было бы составить минимальный уровень требований, необходимых для более-менее правдоподобного расчёта времени жизни общего предка и построения  деревьев.
Мои персональные понятия о правдоподобии:
1) 67-маркерные гаплотипы.
2) Максимальная попарная генетическая разница в выборке не более 5 шагов.
3) Члены выборки уверены хотя бы в том, что они не троюродные братья. (Т.е. не имеют общего прадеда.)
Но всё это, увы, генеалогия. Не глубже 1000 лет.

А вот глубже надо либо бездоказательно верить в свою непогрешимость и уповать на речеобилие и громкость голоса. Либо иметь растянутые представления о правдоподопии.

На мой взгляд, более объективную картину дадут:
1) Крупные (тысяча и больше сэмплов) выверенные многомаркерные выборки по коренному населению регионов.
2) Синтез Y-хромосомных и по мульти-снип панелям тестов.
3) Тесное сотрудничество с историками, лингвистами, антропологами.
4) Обработка древней ДНК.

Одним словом, сейчас идёт интереснейший процесс накопления гипотез и их постепенного подтверждения.
С окончательными решениями же придется подождать.

:)

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Ребят, а может вы спросите у Вадима Урасина? Глядя на его базу по I не из ysearch, а из проектов FTDNA (только I2b, мягко говоря далеко не самой многочисленной из гаплогрупп, более 500 67-маркерных гаплотипов), думаю у него не менее представительная выборка E.
У меня есть 84 67-маркерных гаплотипа из проектов FTDNA с подтверженной FTDNA гаплогруппой E1b1b1c1.
Фаруху я выборку уже предлагал.

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10299
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1730/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
А чего тогда париться с неподтвержденными данными из Ysearch? Если есть уже готовые, удобно скомпанованные файлы со всей необходимой информацией?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
А чего тогда париться с неподтвержденными данными из Ysearch? Если есть уже готовые, удобно скомпанованные файлы со всей необходимой информацией?
С учетом YSearch получается больше инфы. И там чаще встречаются восточные гаплотипы. Почему-то, их меньше в проектах, чем в YSearch.

По YSearch мои данные устарели. После того, как они год назад закрыли доступ для автоматического скачивания я скачиваю редко и только определенные гаплогруппы.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11386
  • Страна: az
  • Рейтинг +2095/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Цитировать
У меня есть 84 67-маркерных гаплотипа из проектов FTDNA с подтверженной FTDNA гаплогруппой E1b1b1c1.
Фаруху я выборку уже предлагал.
Брат, я видимо, опять прозевал конец света :)

Возможно ли на основе этой выборки сделать то, что я пытаюсь сделать совместно с Маугли и А. А. Клёсовым - построить древо гаплогруппы с расчётом времени жизни общего предка как всей гаплогруппы, так и отдельных её ветвей?

Хочу сделать несколько деревьев по разным методикам (Маугли, Клёсов, Урасин), чтобы потом сравнить их, и уже отталкиваясь от конкретных дат пытатсья восстанавливать историю злополучной E1b1b1c1.
« Последнее редактирование: 07 Сентябрь 2009, 23:58:25 от Farroukh »

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Цитировать
У меня есть 84 67-маркерных гаплотипа из проектов FTDNA с подтверженной FTDNA гаплогруппой E1b1b1c1.
Фаруху я выборку уже предлагал.
Возможно ли на основе этой выборки сделать то, что я пытаюсь сделать совместно с Маугли и А. А. Клёсовым - построить древо гаплогруппы с расчётом времени жизни общего предка как всей гаплогруппы, так и отдельных её ветвей?

Хочу сделать несколько деревьев по разным методикам (Магли, Клёсов, Урасин), чтобы потом сравнить и уже от талкиваясь от конкретных дат пытатья восстанавливать историю злополучной E1b1b1c1.
Выборку можно обрабатывать любых из этих методов.
Что же касается моего метода, то у меня сейчас этап пересмотра датировок более трех тысяч лет от наших дней. Я считаю, что нужно для давних дат надо менять алгоритм датировки, но еще его не реализовал в своей программе. Поэтому не смогу помось тебе в изучении E1b1b1c1, кроме как выборкой. Сегодня тебе вышлю.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Что же касается моего метода, то у меня сейчас этап пересмотра датировок более трех тысяч лет от наших дней. Я считаю, что нужно для давних дат надо менять алгоритм датировки, но еще его не реализовал в своей программе.
Три тысячи и старше или младше надо менять?
Удревнять или омолаживать

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Цитировать
Три тысячи и старше или младше надо менять?
Удревнять или омолаживать
Удревнять разумеется.  :)
Вадим мне показывал на реальных примерах. Но это только при определенных условиях.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Старше 3000 удревнять или младше?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Старше 3000 удревнять или младше?
Вадим может объяснить, возможно на примере.
Это можно сделать только построив дерево, и увидев эти предпосылки. Не просто считая.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Старше 3000 удревнять или младше?
Удревнять старше 3000. Есть мысль, что на длинных ребрах дерева уже нужно учитывать возвратные мутации, которые не определились филогенией. Это когда больше 20 мутаций. На коротких ребрах они определяются сами, как уже не раз указывал Валерий. Но если использовать поправки Адамова-Клесова, то на глазок их все равно будет недостаточно.
Попытаюсь сначала собрать статистику по уже построенным мной деревьям (когда от одного предка идут две ветви и на одной из них только один гаплотип, а на другой ветви несколько десятков гаплотипов), затем сравнить с поправками Адамова-Клесова. Может быть буду использовать свою статистику как альтернативные полправки. Может быть возьму поправки Адамова-Клесова.

Как-то читал эту статью по диагонали и не обратил внимание на такой вопрос: они учитывают то, что скорости маркеров различны на порядки и это увеличивает количество возвратных мутаций по сравнению с расчетами при одинаковых скоростях? Когда буду дома снова просмотрю статью.

P.S. Думаю, проблема актуальна только для 67-маркерных и возможно 37-маркерных деревьев с общим предком больше 3 тысяч лет. При меньшем количестве маркеров таких длинных ребер не возникает и возвратные мутацие выявляются филогенией.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1544
  • Страна: ru
  • Рейтинг +103/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Отдельно возвратные мутации учитывать нет смысла, это лишняя операция. Их надо включать в формулу сразу.
Итак, для 25 маркеров я взял скорость 0,00183 мутации на локус (маркер) за 25 лет.
Тогда расстояние в годах между двумя современными гаплотипами (формула для интервала от 0 до 40 тысяч лет) следующее:
T=-1224.7n4+8130.9n3+4293.6n2+14060n
где n - среднее число мутаций на маркер между двумя гаплотипами.
Формула эмпирическая, подогнана под математическую модель, но ошибка не превышает 20 лет.
Рaсстояние от современного гаплотипа до общего предка t=T/2.
Для первых пяти гаплотипов выборки я посчитал расстояние до остальных (из 228) гаплотипов. Наиболее далекие расстояния от №2 до №№ 105 - 187, они колеблются вокруг значения 1,3 мутации на маркер, что соответствует расстоянию между гаплотипами T = 40 тысяч лет или расстоянию до общего предка (TMRC) t = 20 тысяч лет - это хорошо согласуется с возрастом свыше 19 тысяч лет, который дала Мурка (вернее, мурка плюс учет обратных мутаций).
« Последнее редактирование: 23 Март 2010, 05:14:50 от Clavis »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100