Обратная мутация снипа

[Шад]

В теме Пересмотр дерева снипов R1a на днях разбирался любопытный пример.

210881   Gonabad, Khorasan, Iran   R1a1a1   R-M417   L342-, L657+, M198+, M417+, Z93+, Z94+
http://www.familytreedna.com/public/Iranian%20Y-DNA/default.aspx?section=ysnpnian%20Y-DNA/default.aspx?section=ysnp

Получается, что указанный товарищ "перемутировал" с L342+ (уже будучи L657+) на L342-.
Эта же тема обсуждалась на англоязычном МолГене: http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=77&t=571
Даже на Родстве данный факт отметили и обозвали "недавним рекомбинационным событием".
Там же приводится и другой пример:

англичанин Джон Летт #127747. (...) у него показано Z94+,L342–.

В чем вопрос. Это событие охватывает только несколько снипов над и под L342, которые ранее считались стабильными? Или суть этого явления шире и оно означает принципиальную возможность обратной мутации в конкретных полиморфизмах? Также как бывает в аллельных значениях STR-маркеров...
То есть, к примеру был предок M378+ L245+, а через несколько десятков поколений стал M378+ L245-?

Ранее эта тема обсуждалась
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2393.msg91617.html#msg91617
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2393.msg96940.html#msg96940
и тогда мы пришли к принципиальной невозможности данного события с точки зрения теории вероятности:

Известно, что вероятность однонуклеотидной замены очень мала - примерно одна на сто миллионов. Если считать такие мутации независимыми, то вероятность того, что у двух человек в одной и той же позиции образовался один и тот же снип равна произведению этих вероятностей. Получаемая вероятность не перекрывается численностью всех живших на Земле мужчин.

Автором ответа был уважаемый Nimissin.
Правда сказано было несколько по иному поводу, но по сути смысл такой же. Вероятность повторного появления мутации признана исчезающе малой. Такой же в рамках этой логики нужно признать и вероятность обратной мутации.

[Centurion]

Нету статистики. Единичный случай можно принять за чистую монету, то есть возможность ошибки обычной даже больше чем эта обратная мутация.

Будет 100-200 человек тогда можно будет исследовать глубже этот вопрос на генетическом уровне.

[Centurion]

Если более серьезно рассматривать вопрос, то некоторые снипы попадают близко с псевдоаутосомным регионам, скорее к первому (PAR1), которые рекомбинируют с X-хромосомой. Также последние исследования показали, что по самой Y-хромосоме есть короткие участки, так называемые "прыгающие гены", которые также рекомбинируют с X. Поэтому если снип попадает на такой участок то он вполне может и вернутся к предковому аллелю. Но сейчас уже более строго подходят изучая участок на котором обнаружен тот или иной снип. Если брать L342 (3,436,373), то то, что он имеет два варианта, то есть есть у R1a и точно такая же замена есть у E уже говорит о чем то. Также эта позиция достаточно близко находится к PAR1, может так оказаться, что какие то рекомбинантные сегменты разной длины выходят за границы официальные PAR1 (0 - 2.6 Mbp).

[Шад]

Если более серьезно рассматривать вопрос, то некоторые снипы попадают близко с псевдоаутосомным регионам, скорее к первому (PAR1), которые рекомбинируют с X-хромосомой. Также последние исследования показали, что по самой Y-хромосоме есть короткие участки, так называемые "прыгающие гены", которые также рекомбинируют с X. Поэтому если снип попадает на такой участок то он вполне может и вернутся к предковому аллелю. Но сейчас уже более строго подходят изучая участок на котором обнаружен тот или иной снип. Если брать L342 (3,436,373), то то, что он имеет два варианта, то есть есть у R1a и точно такая же замена есть у E уже говорит о чем то. Также эта позиция достаточно близко находится к PAR1, может так оказаться, что какие то рекомбинантные сегменты разной длины выходят за границы официальные PAR1 (0 - 2.6 Mbp).

Спасибо.

[Bulat]

Если более серьезно рассматривать вопрос, то некоторые снипы попадают близко с псевдоаутосомным регионам, скорее к первому (PAR1), которые рекомбинируют с X-хромосомой. Также последние исследования показали, что по самой Y-хромосоме есть короткие участки, так называемые "прыгающие гены", которые также рекомбинируют с X. Поэтому если снип попадает на такой участок то он вполне может и вернутся к предковому аллелю. Но сейчас уже более строго подходят изучая участок на котором обнаружен тот или иной снип. Если брать L342 (3,436,373), то то, что он имеет два варианта, то есть есть у R1a и точно такая же замена есть у E уже говорит о чем то. Также эта позиция достаточно близко находится к PAR1, может так оказаться, что какие то рекомбинантные сегменты разной длины выходят за границы официальные PAR1 (0 - 2.6 Mbp).

Спасибо! Всё ясно и понятно.

[Шад]

Нету статистики. Единичный случай можно принять за чистую монету, то есть возможность ошибки обычной даже больше чем эта обратная мутация.

Будет 100-200 человек тогда можно будет исследовать глубже этот вопрос на генетическом уровне.

Думаю, что сейчас у YFull должна быть статистика.
Вообще говоря, ввиду случайности процесса мутации, снипы (как и STR) должны изменять аллельные значения "в обоих направлениях" одинаково часто. То есть как от предкового значения (ANC) к измененному (DER), так и обратно.
В свое время для этих целей ISOGG даже вводил обозначение "!" к имени снипа чтобы подчеркнуть, что он менял значение не в направлении ANC->DER, а наоборот.
Но мы почему-то игнорируем эти обстоятельства и возвратные (бэк-мутации) не присутствуют ни на дереве ISOGG, ни на дереве YFull. Или я не прав?

[VVR]

Но мы почему-то игнорируем эти обстоятельства и возвратные (бэк-мутации) не присутствуют ни на дереве ISOGG, ни на дереве YFull. Или я не прав?

Нет. Посмотрите R1a1-M459 на дереве YFull. Снипы с воскл.знаками. На дереве ISOGG они уже много-много лет.

[Шад]

Но мы почему-то игнорируем эти обстоятельства и возвратные (бэк-мутации) не присутствуют ни на дереве ISOGG, ни на дереве YFull. Или я не прав?

Нет. Посмотрите R1a1-M459 на дереве YFull. Снипы с воскл.знаками. На дереве ISOGG они уже много-много лет.

В текущей версии дерева ISOGG снипов с восклицательными знаками нет.
https://isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpR.html

В YFull визуально просматриваются только известный Page65.2! (Page65.2/PF6234/SRY1532.2/SRY10831.2) - просьба подсказать в каких субкладах R-M459 их ещё можно их увидеть. Да и в других гаплогруппах тоже.
В любом случае, исключение не отменяет общего подхода - снипы с бэк-мутацией это сейчас скорее экзотика и если они где-то и попадаются, то только благодаря особому вниманию лиц, курирующих отдельную гаплогруппу/субклад. А ведь их должно быть столько же, сколько и "положительных" мутаций, отличающихся от референса.

[Шад]

Получен комментарий от уважаемого Семаргла.

Если по тезисам, то так:
1. Неверно утверждать, что мутация и обратная мутация снипа равновероятны в отношении всех локусов Y-хромосомы.
2. Для каждого гаплотипа определяющая его цепочка мутаций и соответствующее ей количество снипов, в которых произошли мутации, несопоставимы с общим количеством снипов.
3. Таким образом, вероятность обратной мутации (бэк-мутации, изменения аллельного значения с мутировавшего на референсное) несопоставимо меньше, чем вероятность мутации из референсного состояния.
4. Абсолютное большинство бэк-мутаций таковыми не являются и их появление чаще всего связано с некорректной интерпретаций данных. Хотя каждый случай имеет смысл разбирать индивидуально.

[Истяк]

...........
Вообще говоря, ввиду случайности процесса мутации, снипы (как и STR) должны изменять аллельные значения "в обоих направлениях" одинаково часто. То есть как от предкового значения (ANC) к измененному (DER), так и обратно.
В свое время для этих целей ISOGG даже вводил обозначение "!" к имени снипа чтобы подчеркнуть, что он менял значение не в направлении ANC->DER, а наоборот.
Но мы почему-то игнорируем эти обстоятельства и возвратные (бэк-мутации) не присутствуют ни на дереве ISOGG, ни на дереве YFull. Или я не прав?

О! как …..
То-то у потомков Истяка великого родословная не ложилась в "науку"…



То что DYS389i = 12 у первого в строке - это обратная мутация я установил несколько лет тому назад,
но смущало наличие  DYS389i = 12 у нескольких разных ветвей с БОП пределах 500 лет.

Стало быть  DYS389i до 12 мутировал у каждой ветви самостоятельно и значение  DYS389i = 14 для DYS389i = 12 является предковым.

Вопрос.
У всех ветвей R1a 12 маркерная панель на столько слабая, что даже FTDNA не берется по ней гаплогруппу предсказать или
это только до R-Y5977 дошла такой потрепанной?

Не совсем в тему, но обратной мутации по STR не нашел.